آٹوسومل ڈومیننٹ ٹیوبلو انٹرسٹیشل گردے کی بیماری کے ساتھ کلینکوپیتھولوجیکل طور پر تشخیص شدہ مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانا

تعارف

آٹوسومل ڈومیننٹ ٹیوبلوئنٹرسٹیشل کڈنی ڈیزیز (ADTKD)-MUC1 بنیادی طور پر MUC1 میں متغیر نمبر ٹینڈم ریپیٹ (VNTR) ریجن میں سنگل بیس داخل کرنے کی وجہ سے فریم شفٹ اتپریورتنوں کی وجہ سے ہوتا ہے۔ ویرینٹ ہاٹ اسپاٹ کی پیچیدگی کی وجہ سے، شارٹ ریڈ سیکوینسر (SRSs) کا استعمال کرتے ہوئے شناخت کرنا مشکل ہے۔ اگرچہ حالیہ مطالعات نے لانگ ریڈ سیکوینسر (LRSs) کی افادیت کا انکشاف کیا ہے، لیکن طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کا پھیلاؤ نامعلوم ہے۔ ہمارا مقصد SRS اور LRS کا استعمال کرتے ہوئے جاپانی آبادی میں ADTKD-MUC1 کے اس پھیلاؤ اور جینیاتی خصوصیات اور طبی توضیحات کو واضح کرنا ہے۔

طریقے

جنوری 2015 سے دسمبر 2019 تک، طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے 48 مریضوں میں SRS کا استعمال کرتے ہوئے جینیاتی تجزیہ کیا گیا۔ منفی SRS نتائج والے مریضوں میں LRS کا استعمال کرتے ہوئے اضافی تجزیے کیے گئے۔

نتائج

مختصر پڑھے جانے والے ترتیب کے نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ 1 مریض میں MUC1 کی مختلف حالتیں VNTR خطے کے دوسرے ریپیٹ یونٹ میں سائٹوسین کے اندراج کو پناہ دیتی ہیں۔ تاہم، گہرے VNTR علاقوں کو SRS کے ذریعے نہیں پڑھا جا سکتا ہے۔ لہذا، ہم نے 39 کیسوں کا طویل پڑھا ہوا ترتیب تجزیہ کیا اور 8 مریضوں میں MUC1 VNTR کی مختلف حالتوں کا پتہ لگایا (مجموعی طور پر، غیر متعلقہ خاندانوں سے 9 مریض)۔ خاندان سے متاثرہ مریضوں (n ¼ 31) کی شمولیت کے ساتھ، آخری مرحلے کے گردے کی بیماری (ESKD) کی نشوونما میں اوسط عمر 45 سال (95 فیصد CI: 40-40 سال) تھی۔

نتیجہ

جاپان میں، طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانے کی شرح 18.8 فیصد تھی۔ منفی SRS نتائج والے 20 فیصد سے زیادہ مریضوں میں LRS کے ذریعے MUC1 کی مختلف حالتوں کا پتہ چلا۔

مطلوبہ الفاظ

ADTKD؛ ADTKD-MUC1؛ طویل پڑھنے کی ترتیب؛ MCKD; این جی ایس؛ ایس ایم آر ٹی کی ترتیب۔

حاصل کرنے کے لیے یہاں کلک کریں۔Cistanche فوائد

ADTKD گردے کی موروثی بیماریوں کا ایک گروپ ہے جس کی خصوصیت پروگریسو ٹیوبلوانٹرسٹیشل فائبروسس اور نلی نما ایٹروفی ESKD کا باعث بنتی ہے۔ ADTKD کو بنیادی کارآمد جینیاتی نقائص کی بنیاد پر ذیلی قسموں میں تقسیم کیا جا سکتا ہے، بشمول UMOD، MUC1، REN، HNF1B، اور SEC61A1 میں غیر معمولیات۔ ADTKD کی عام یکجا کرنے والی خصوصیات کی غیر مخصوصیت کو دیکھتے ہوئے، بشمول پیشاب کی ہلکی تلچھٹ کی اسامانیتاوں اور ہلکے سے منفی پروٹینوریا، ADTKD کو انتہائی کم تشخیص سمجھا جاتا ہے۔

MUC1 ایک ٹرانس میمبرین گلائکوپروٹین ہے جو ہینلے کے لوپ کے موٹے چڑھتے ہوئے اعضاء کی apical جھلی میں ظاہر ہوتا ہے، ڈسٹل کنولیوٹڈ نلیاں، اور جمع کرنے والی نالیوں میں۔ ADTKD-MUC1 کی سب سے عام جینیاتی وجہ ایک فریم شفٹ ویرینٹ ہے جو MUC1 (OMIM 158340؛ 1q22) کے VNTR پولیمورفزم میں ایک واحد بیس کے داخل ہونے کی وجہ سے ہے جو کہ Exon 2.5 میں MUC1 پروٹین کی ترکیب کو ختم کر دیتا ہے اور VNTR خطے کے بعد۔ ایک نیا مختصر پروٹین (MUC1fs) بناتا ہے جس میں سی ٹرمینل ڈومین (شکل 1a) کی کمی ہے۔ MUC1fs پھر غیر معمولی انٹرا سیلولر پروٹین ٹرانسپورٹ کی وجہ سے سائٹوپلازم میں جمع ہوتا ہے۔ VNTR خطہ کافی حد تک انفرادی تغیرات کو ظاہر کرتا ہے کیونکہ یہ 60-نیوکلیوٹائڈ یونٹس پر مشتمل ہے جو 20 سے 125 بار دہراتے ہیں، ہر ایلیل کے ساتھ منفرد دہرایا جاتا ہے (شکل 1b)۔ لہذا، SRSs کا استعمال کرتے ہوئے جین کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانا مختلف ہاٹ اسپاٹ کی پیچیدگی کی وجہ سے چیلنجنگ رہا ہے۔

پچھلے مطالعات میں متبادل طریقوں کا استعمال کیا گیا ہے، بشمول ماس اسپیکٹومیٹری اور پروب ایکسٹینشن، جیسا کہ کہا گیا ہے، کارآمد قسموں کا پتہ لگانے کے لیے؛ تاہم، یہ طریقوں تکنیکی طور پر مطالبہ کر رہے ہیں. حالیہ مطالعات میں LRSs کی افادیت کا پتہ چلا ہے، جو MUC1 VNTR مختلف حالتوں کی شناخت کے لیے ایک واحد مالیکیول ریئل ٹائم (SMRT) ترتیب کا طریقہ استعمال کرتے ہیں۔ اس کے باوجود، جاپانی آبادی میں MUC1 VNTR کی مختلف حالتیں ابھی تک نمایاں نہیں ہوئی ہیں۔ اس کے علاوہ، طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کا پھیلاؤ نامعلوم ہے۔ لہذا، اس مطالعے کا مقصد جاپانی آبادی میں ADTKD-MUC1 کی جینیاتی خصوصیات اور طبی مظاہر سمیت اس پھیلاؤ کو واضح کرنا تھا۔ یہاں، ہم نے ADTKD-MUC1 کے ساتھ 9 مریضوں کی تشخیص کی جن میں 48 طبی طور پر مشتبہ ADTKD کیسوں میں سے ایک SRS (n ¼ 1) یا LRS (n ¼ 8) کا استعمال کرتے ہوئے VNTR مختلف حالتوں کا پتہ چلا۔

طریقے

1. شرکاء

جنوری 2015 اور دسمبر 2019 کے درمیان، ہم نے طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے 48 مریضوں میں جینیاتی تجزیہ کیا۔ شرکاء کو نامعلوم وجوہات کی وجہ سے گردوں کی خرابی تھی، پیشاب کی ہلکی سے منفی اسامانیتاوں کے ساتھ۔ مریضوں کو ADTKD ہونے کی طبی طور پر تشخیص کی گئی تھی اگر ان کی گردے کی دائمی بیماری اور/یا ہائپر یوریسیمیا کی مثبت خاندانی تاریخ تھی یا اگر گردے کی بایپسی پر پیتھولوجک نتائج سے یا تو میڈولری سسٹک کڈنی کی بیماری (ADTKD-MUC1 اور ADTKD-UMOD کے لیے پچھلی اصطلاح)، tubulointerstiters ورم گردہ، یا دائمی بیچوالا نقصان. ہم نے گردوں کی خرابی اور/یا غیر معمولی علامات والے مریضوں کو خارج کر دیا۔ ڈی این اے کے نمونوں کا سب سے پہلے ایس آر ایس کا استعمال کرتے ہوئے تجزیہ کیا گیا۔ اس کے بعد LRS کا استعمال کرتے ہوئے منفی SRS نتائج (n ¼ 39) والے مریضوں میں مزید تحقیقات کی گئیں۔ تمام نمونے اور طبی معلومات جاپانی ریفرل ہسپتالوں سے حاصل کی گئیں۔ جینیاتی تجزیے مریضوں اور/یا ان کے سرپرستوں سے تحریری باخبر رضامندی حاصل کرنے کے بعد کیے گئے تھے اگر مریض نابالغ تھا۔ اس مطالعہ کو کوبی یونیورسٹی اسکول آف میڈیسن (منظوری نمبر 301) کے ادارہ جاتی جائزہ بورڈ نے منظور کیا تھا۔

2. مختصر پڑھنے کی ترتیب

Genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes using the QuickGene Mini 80 system (Wako Pure Chemical Industries, Ltd., Tokyo, Japan). For targeted sequencing using an SRS, samples were prepared using HaloPlex (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) according to the manufacturer's instructions. Paired-end sequencing was performed on the MiSeq platform (Illumina, San Diego, CA). HaloPlex was used for targeted sequencing of 128 genes (version 2, Supplementary Table S1), 172 genes (version 4, Supplementary Table S2), 159 genes (version 5, Supplementary Table S3), 164 genes (version 6, Supplementary Table S4), 181 genes (version 7, Supplementary Table S5), and 183 genes (version 8, Supplementary Table S6) associated with congenital anomalies of the kidney and urinary tract, cystic kidneys, ADTKD, and nephronophthisis. The HaloPlex version used for each patient is found in Supplementary Table S7. Reads were aligned to the reference human genome (GRCh37/Hg19) using SureCall 4.0, which is a desktop application combining algorithms for end-to-end next-generation sequencing data analysis from alignment to categorization of mutations (Agilent Technologies). We excluded called variants with minor allele frequencies >عوامی طور پر دستیاب انسانی تغیرات کے ڈیٹا بیس میں 1 فیصد، جیسے کہ درج ذیل: انسانی جینیاتی تغیرات کا ڈیٹا بیس (http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/SnpDB/)، gnomAD (https://gnomad.broadinstitute .org/)، اور 1000 جینوم پروجیکٹ (1000G) ڈیٹا بیس (https://www. internationalgenome.org/data)۔ کمپیوٹیشنل پیشین گوئی سافٹ ویئر، SIFT (https://sift.bii.astar.edu.sg/)، PolyPhen-2 (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/) کا استعمال کرتے ہوئے امیدوار کی مختلف حالتوں کا انتخاب کیا گیا تھا۔ ، میوٹیشن ٹیسٹر (http://www.mutationtaster.org/)، اور CADD (https://cadd.gs.washington.edu/snv)، اور پھر اس کی درجہ بندی پیتھوجینک، ممکنہ پیتھوجینک، یا غیر یقینی اہمیت کے مطابق امریکن کالج آف میڈیکل جینیٹکس اینڈ جینومکس کے رہنما اصول۔9

3. لائبریری کی تیاری اور طویل پڑھنے کی ترتیب (SMRT ترتیب)

ایمپلی کنز کو مساوی تناسب میں جمع کیا گیا تھا اور مینوفیکچرر کی ہدایات کے مطابق SMRTbell ایکسپریس ٹیمپلیٹ پری کٹ 2 کا استعمال کرتے ہوئے SMRTbell ترتیب لائبریریوں کے لیے تیار کیا گیا تھا۔{1}} (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA)۔ اس کے بعد، ترتیب لائبریری کے دونوں سروں پر اڈاپٹر کے ساتھ ترتیب پرائمر ورژن 2 اور DNA پولیمریز کو منسلک کرکے ایک ترتیب ٹیمپلیٹ بنایا گیا، اور ٹیمپلیٹ کو SMRT سیل پر لوڈ کیا گیا۔ SMRT کی ترتیب کو PacBio Sequel II سسٹم کا استعمال کرتے ہوئے Sequel II Sequencing Kit 2 کے ساتھ انجام دیا گیا۔{4}}۔ ترتیب وار ڈیٹا کا تجزیہ SMRT لنک ورژن 9 کے ساتھ کیا گیا۔{6}}۔{7}}، اور انتہائی درست اتفاق رائے حاصل کیے گئے۔ اس کے بعد، تجزیہ کے آلے "pbaa" کا استعمال کرتے ہوئے ترتیب کلسٹرنگ کا انعقاد کیا گیا، جو دہرائی جانے والی ترتیبوں کا تجزیہ کرنے کے لیے موزوں ہے۔ لائبریری کی تیاری، ترتیب، اور SMRT ترتیب کے بائیو انفارمیٹکس کے تجزیے تاکارا بائیو (Kusatsu، Shiga، Japan) کے ذریعے کیے گئے۔ نیوکلیوٹائڈ کی ترتیب، پڑھنے کی تعداد، اور ایلیل فریکوئنسی کو ہر مریض کے لیے ایکسل فائل میں مرتب کیا گیا تھا (ڈیٹا ظاہر نہیں کیا گیا)۔ ہر ایک شناخت شدہ ترتیب کے لیے، ہم نے دستی طور پر ترتیب کو ہر 60 بیس فی سطر پر از سر نو تشکیل دیا، جیسا کہ کربی وغیرہ نے بیان کیا ہے (شکل 1b)۔ پیچیدہ VNTR ترتیب میں ممکنہ PCR کی غلطیوں کی وجہ سے، ہر مریض میں ایک سے زیادہ تسلسل کا پتہ چلا۔ بائیو اینالائزر (ضمنی جدول S8) کا استعمال کرتے ہوئے حاصل کردہ ایمپلیونز کے الیکٹرو فیروگرامس کے ساتھ LRS کے نتائج کا موازنہ کرکے درست ترتیب کی نشاندہی کی گئی۔ زیادہ تر معاملات میں، سب سے زیادہ پڑھنے والے سب سے اوپر 2 سلسلے درست ہونے کا تعین کیا گیا تھا۔ تاہم، بعض صورتوں میں، پڑھنے کی تیسری یا کم ترین عام تعداد کے ساتھ ترتیب درست ہونے کا تعین کیا گیا تھا اگر ان کے سائز بائیو اینالائزر (SC449, SC511, SC534, SC560, SC566, SC593, SC616, SC449, SC511, SC534, SC560, SC593, SC616, اور SC639) طویل ایللیس کے پی سی آر ایمپلیفیکیشن کی ناکارہ ہونے کی وجہ سے جب 2 ایللیس کے VNTR خطے کا سائز نمایاں طور پر مختلف تھا۔

Cistanche پاؤڈر اور Cistanche اقتباس

بحث

ہمارے بہترین علم کے مطابق، یہ MUC1 VNTR مختلف حالتوں کے جینیاتی تجزیے کی پہلی رپورٹ ہے جو کہ جاپانی گروہ میں SRS اور LRS کے امتزاج کا استعمال کرتے ہوئے پتہ چلا ہے۔ ہم نے غیر متعلقہ خاندانوں کے 9 مریضوں میں MUC1 VNTR تغیرات کی نشاندہی کی۔ مزید برآں، طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانے کی شرح 18.8 فیصد تھی۔

ویرینٹ ہاٹ اسپاٹ کی پیچیدگی کی وجہ سے، SRS کا استعمال کرتے ہوئے معمول کے جینیاتی تجزیہ کے ذریعے MUC1 VNTR کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانا مشکل ہے، اور دیگر طریقے، جیسے کہ سنیپ شاٹ کا طریقہ یا ماس اسپیکٹومیٹری، کی عام طور پر ضرورت ہوتی ہے۔ بدقسمتی سے، یہ طریقے تکنیکی طور پر مانگتے ہیں اور دنیا بھر میں صرف چند لیبارٹریوں میں کیے جاتے ہیں۔ 5,6 وینزیل ایٹ ال.7 نے SMRT کی ترتیب کا انعقاد کیا اور سنیپ شاٹ کے طریقہ کار کا استعمال کرتے ہوئے پہلے سے MUC1 VNTR مختلف حالتوں کے ساتھ 9 خاندانوں کے یورپی شرکاء میں تمام تشخیص کی تصدیق کی۔ Wang et al.8 نے ایک بڑے چینی خاندان میں MUC1 VNTR تغیرات کا پتہ لگانے کے لیے SMRT ترتیب کی افادیت کا بھی انکشاف کیا۔ اس کے باوجود، ان کے مطالعہ کے ڈیزائن کی وجہ سے، ان 2 مطالعات نے طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 VNTR کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانے کی شرح کا تعین نہیں کیا۔ اس مطالعہ میں، ہم نے واضح کیا کہ طبی طور پر مشتبہ ADTKD والے مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتوں کی تشخیصی شرح 18.8 فیصد تھی، جو زیادہ درست امکانات کو آسان بنا سکتی ہے، خاص طور پر جینیاتی مشاورت کے دوران۔

ADTKD-MUC1 کے پھیلاؤ سے متعلق ڈیٹا محدود ہے، حالانکہ پچھلے مطالعات نے ریاست ہائے متحدہ امریکہ اور آئرلینڈ میں 0.7 سے 4 فی ملین کے پھیلاؤ کا انکشاف کیا ہے۔ UMOD فی ملین 9، تجویز کرتا ہے کہ ADTKD-UMOD سب سے زیادہ کثرت سے ہونے والی نان پولی سسٹک گردے کی بیماری ہے۔ 14 ہمارے مطالعے میں، 9 مریضوں میں MUC1 کی مختلف حالتیں تھیں، جب کہ 6 میں UMOD کی مختلف قسمیں تھیں، تجویز کرتا ہے کہ ADTKD-MUC1 سب سے عام بیماری کی ذیلی اقسام میں سے 1 ہو سکتا ہے۔ ADTKD

MUC1 VNTR خطے کی ساختی پیچیدگی کے باوجود، SRS 3 مریضوں میں مختلف حالتوں کا پتہ لگا سکتا ہے، جن میں سے سبھی میں ایک ہی تغیر پایا جاتا ہے: ایک سائٹوسین کو 7 لگاتار سائٹوزائنز میں 60- نیوکلیوٹائڈ یونٹ کے آخر میں داخل کیا گیا VNTR. یہ خیال کیا گیا تھا کہ MUC1 VNTR کے اتھلے حصے میں مختلف حالتیں (VNTR کے تیسرے اعادہ تک) قابل شناخت ہوں گی حالانکہ SRS تجزیہ کے نمونے کی تیاری کے حصے کے طور پر DNA بکھرا ہوا تھا (100-200 بیس جوڑی فی پڑھ)۔ Yamamoto et al.15 نے MUC1 VNTR ریجن سے پہلے واقع ایک اور فریم شفٹ اتپریورتن کی نشاندہی کی جو ایک SRS (پوری exome ترتیب) کا استعمال کرتے ہوئے ہے۔ یہ اتپریورتن ایک غیر معمولی طور پر کٹا ہوا پروٹین بھی اسی طرح پیدا کرتا ہے جیسا کہ VNTR کے اندر موجود تغیر پذیر ہوتا ہے۔

ہمارے مطالعے میں، MUC1 VNTR مختلف حالتوں کے ساتھ 9 مریضوں میں سے 7 کا ایک ہی 60- نیوکلیوٹائڈ یونٹ ترتیب تھا جو داخل کردہ سائٹوسین (ٹیبل 2) کو پناہ دیتا ہے۔ پچھلے مطالعات میں جس میں MUC1 VNTR کے لیے طویل پڑھے جانے والے ترتیب جینیاتی تجزیہ کیا گیا تھا، ایک ہی قسم کا پتہ 9 خاندانوں میں ایک یورپی کوہورٹ7 اور ایک بڑے چینی خاندان میں پایا گیا تھا۔ "27dupC" کے طور پر بیان کیا گیا ہے۔ 12 Olinger et al.16 نے اطلاع دی ہے کہ 27dupC ویرینٹ کا پھیلاؤ یورپ اور ریاستہائے متحدہ میں ADTKD کی 2 رجسٹریوں میں 93.5 فیصد تھا۔ ان نتائج سے، ہمارے اعداد و شمار نے اشارہ کیا کہ 27dupC متغیر جاپانی گروہ میں سب سے عام MUC1 اتپریورتن تھا۔

Cistanche سپلیمنٹس

VNTR کی تکرار کی تعداد 20 سے 253 بتائی گئی ہے۔ تاہم، ہمارے مطالعے میں، VNTR ریپیٹ نمبر 30 سے ​​82 تک تھا، 80 فیصد ایللیس کے 30 سے ​​36 ریپیٹ ہوتے ہیں۔ یورپ میں ہونے والی ایک پچھلی تحقیق میں بتایا گیا ہے کہ 30 سے ​​36 تکرار والے ایللیس کا فیصد 39 فیصد تھا، جو جاپانی آبادی کی نسلی یکسانیت کی بنیاد پر ہو سکتا ہے۔ موجودہ مطالعے سے انکشاف ہوا ہے کہ ADTKD-MUC1 والے مریضوں میں ESKD کی نشوونما کی درمیانی عمر 45 سال (95 فیصد CI: 40-50 سال) تھی، بشمول ایک جاپانی گروہ (9 خاندانوں، n ¼ 31) میں خاندانی متاثرہ مریض۔ پچھلی تحقیق میں 147 افراد کا جائزہ لیا گیا، جن میں MUC1 اتپریورتنوں کے مریض اور ان کے متاثرہ خاندان کے افراد شامل تھے، اور انکشاف کیا کہ ESKD کی نشوونما کی اوسط عمر 44.9 15.4 سال تھی۔ ADTKD-MUC1 والے 104 مریضوں کی عمر 36 سال تھی (انٹرکوارٹائل رینج: 30–46 سال)، جس کی وضاحت متاثرہ خاندان کے ایسے افراد کے اخراج سے کی جا سکتی ہے جنہوں نے جینیاتی تجزیہ نہیں کیا تھا۔ MUC1 کی مختلف حالتوں کے ساتھ، 8,17,18 اگرچہ موڈیفائر جینز یا دیگر عوامل کا وجود نامعلوم ہے۔ اسی مطالعہ کی مدت میں، ہم نے 19 مریضوں میں HNF1B، ADTKD کے لیے ایک کارآمد جین میں تغیرات کا بھی پتہ چلا۔ بہر حال، طبی طور پر مشتبہ HNF1B اتپریورتنوں والے مریضوں کو رجسٹریشن کے وقت ہمارے مطالعے سے خارج کر دیا گیا تھا، کیونکہ ان میں سے زیادہ تر مریض ADTKD-MUC1 والے مریضوں سے طبی لحاظ سے ممتاز تھے کیونکہ گردوں کے پیشاب کی نالی کے نظام میں مورفولوجک اسامانیتاوں اور/یا ایک آٹوسومل غالب خاندانی تاریخ۔ ابتدائی طور پر شروع ہونے والی ذیابیطس اور/یا ہائپو میگنیسیمیا، اور ہم نے پہلے اس مریض کی آبادی کے بارے میں اطلاع دی ہے۔ 19 درحقیقت، گردے کی بیماری: عالمی نتائج کو بہتر بنانا اتفاق رائے کی رپورٹ اور ADTKD کے حالیہ جائزے نے تجویز کیا کہ ADTKD-HNF1B کی اصطلاح صرف ان صورتوں کے لیے مخصوص کی جانی چاہیے۔ جس میں گردے کا ٹیوبلوانٹرسٹیشل فبروسس سب سے اہم مظہر ہے کیونکہ صرف چند کیسز ہی ٹیوبولوئنٹرسٹیشل بیماری کے ساتھ ہوتے ہیں۔ اس کے باوجود، 111 ADTKD-REN مریضوں کی طبی خصوصیات پر ایک حالیہ بین الاقوامی ہم آہنگی کے مطالعے میں بتایا گیا ہے کہ تقریباً 70 فیصد مریضوں کو گردے کی دائمی بیماری یا گاؤٹ کے لیے طبی اداروں کو پیش کیا گیا تھا۔ مریض لیکن اس کی شدت نسبتاً ہلکی تھی۔ یعنی عمر کے لیے ہیموگلوبن کی سطح 9.6، 10.1، اور 10.5 جی/ڈی ایل تھی۔<10 years, 10 to <15 years, and 15 to <20 years, respectively.21 Although hypotension was not reported in the article, the severity of hyperkalemia was mild and the mean serum potassium level in patients who were not taking fludrocortisone was 4.8 mEq/l.21 Childhood anemia, hypotension, or hyperkalemia may often be overlooked, and they are not always specific to ADRKD-REN; thus, we did not exclude participants with these findings. ADTKD-SEC61A1 is much rare than other ADTKD subtypes, with 6 families reported as of date.22 Patients harboring SEC61A1 mutation present with specific features, such as intrauterine growth retardation, cleft palate, congenital anemia, neutropenia, and immunodeficiency.3,22 Although the clinical manifestations of ADTKD-REN have not been completely clarified owing to the small number of reported cases, patients presenting with these specific features can be clearly distinguished from those with ADTKD-MUC1.

Cistanche tubulosa

ADTKD-MUC1 کے مالیکیولر اور سیلولر میکانزم پر حالیہ مطالعات نے انکشاف کیا ہے کہ یہ حالت ایک زہریلا پروٹینوپیتھی ہے جو غلط فولڈ MUC1 پروٹین کے انٹرا سیلولر جمع ہونے کی وجہ سے ہوتی ہے۔ ، lysosomes کے خفیہ راستے کو دوبارہ روٹ کرنے کے لئے، MUC1fs کو ناک ان چوہوں اور مریض آرگنائڈز میں ختم کیا گیا تھا اور BRD4780 کی علاج کی صلاحیت کو اجاگر کیا گیا تھا۔ اس کے مطابق، مؤثر علاج کے ایجنٹوں کی نشوونما کے لیے MUC1 کی مختلف حالتوں کی درست تشخیص اہم ہو سکتی ہے۔ ہمارے مطالعے میں کئی حدود تھیں۔ سب سے پہلے، ہمارے مطالعے کے تمام شرکاء جاپانی تھے، اور مطالعہ کی مختصر مدت کی وجہ سے ہمارے نمونے کا سائز چھوٹا تھا۔ اس مطالعے کی سابقہ ​​نوعیت کو دیکھتے ہوئے، ہم طولانی طبی معلومات، جیسے کہ گردوں کی تشخیص حاصل کرنے میں بھی ناکام رہے۔ دوسرا، سنگل بیس اندراجات بغیر تغیرات کے ایللیس میں بھی دیکھے گئے۔ اعلی غلطی کی شرح کی وجہ سے، LRS کا استعمال کرتے ہوئے سنگل نیوکلیوٹائڈ مختلف حالتوں یا انڈیلز کا پتہ لگانے کے لیے اعلیٰ معیار کی اسمبلی حاصل کرنا مشکل تھا۔ تمام مختلف قسم کے جینیاتی تغیرات کا پتہ لگانے کے لیے ترتیب دینے والی ٹیکنالوجیز کو یکجا کرنا ضروری تھا، جس سے منصوبوں کی لاگت اور پیچیدگی میں اضافہ ہوتا ہے۔ اس طرح، PacBio نے ایک نیا ترتیب سازی کا نظام وضع کیا، جس کا نام سرکلر کنسنسس سیکوینسنگ ہے۔ سرکلر اتفاق رائے کی ترتیب 99.8 فیصد درستگی اور 13.5 کلوبیس کی اوسط لمبائی کے ساتھ اعلیٰ مخلص ریڈز تیار کرتی ہے، جس سے ترتیب کی غلطی کی شرح میں زبردست کمی واقع ہوتی ہے۔ لہذا، ترتیب کی درستگی میں بہتری پر غور کرتے ہوئے، سنگل بیس کے اندراج ممکنہ طور پر پی سی آر کی خرابی کی وجہ سے ہوئے تھے۔ اگرچہ KOD ہاٹ سٹارٹ ڈی این اے پولیمریز کو انتہائی مشکل اہداف کو بڑھانے کے لیے بہتر بنایا گیا تھا، 26 دیگر ڈی این اے پولیمریز، جن کی وفاداری KOD سے زیادہ ہے (مثال کے طور پر، فیوژن)، پی سی آر کی خرابی کی شرح کو کم کرنے میں کردار ادا کر سکتی ہے۔27 حالیہ مطالعات میں کلسٹرڈ باقاعدگی سے انٹر اسپیسڈ شارٹ پیلینڈرومک ریپیٹس/Cas9 سسٹم کا استعمال کرتے ہوئے ہدف شدہ افزودگی کے لیے ایک ایمپلیفیکیشن فری پروٹوکول ملا ہے۔28,29 یہ نیا طریقہ ممکنہ طور پر بہتر نتائج فراہم کرے گا۔ تیسرا، ہم نے کسی متبادل طریقہ کی توثیق نہیں کی ہے جو تشخیص میں سہولت فراہم کر سکے، جیسے کہ گردے کے نمونوں یا پیشاب سے حاصل ہونے والے خلیوں کا مدافعتی نظام۔ کربی ایٹ ال، 5 جنہوں نے سب سے پہلے ADTKD-MUC1 کے لیے کارآمد اتپریورتن کی اطلاع دی، نے MUC1 اتپریورتنوں والے مریضوں سے گردوں کے نمونوں کا امیونو ہسٹو کیمیکل تجزیہ کیا۔ انہوں نے اطلاع دی کہ، اگرچہ عام کنٹرولوں میں امیونوسٹیننگ کے نتیجے میں غیر مخصوص داغ پڑتے ہیں، لیکن MUC1 اتپریورتنوں والے مریضوں نے Henle کے لوپ، ڈسٹل نلیاں اور جمع کرنے والی نالیوں میں ایک مخصوص انٹرا سیلولر سٹیننگ پیٹرن کی نمائش کی۔ 11,13,18,30 Yamamoto et al.15 نے پیشاب کے اخراج میں اتپریورتی MUC1 پروٹین کا پتہ لگایا۔ اگرچہ ADTKD-MUC1 کے طبی مظاہر غیر مخصوص ہیں، لیکن یہ غیر جینیاتی تجزیے طبی تشخیص کی حمایت کر سکتے ہیں۔ اس طرح، ہمارے مطالعے کے نتائج کے ساتھ مل کر ان غیر جینیاتی تجزیوں کی افادیت کی تصدیق کرنا ضروری ہے۔ آخر میں، ہمارے مطالعہ سے پتہ چلتا ہے کہ SRS اور LRS کے ساتھ مجموعہ جینیاتی تجزیہ جاپانی گروہ میں MUC1 VNTR کی مختلف حالتوں کا پتہ لگانے کے لیے مفید ہے اور یہ کہ ADTKD-MUC1 کا پھیلاؤ اس آبادی میں زیادہ ہو سکتا ہے۔ SRS اور LRS کا استعمال کرتے ہوئے امتزاج جینیاتی تجزیہ سے ADTKD-MUC1 کی تشخیص کی شرح میں بہتری آنے کا امکان ہے اور یہ علاج کے بہترین طریقوں کی نشوونما میں معاون ثابت ہو سکتا ہے۔

حوالہ جات

1. Eckardt KU، Alper SL، Antignac C، et al. آٹوسومل غالب tubulointerstitial گردے کی بیماری: تشخیص، درجہ بندی، اور انتظام - ایک KDIGO اتفاق رائے رپورٹ. کڈنی انٹ۔ 2015؛ 88:676–683۔ https://doi.org/10۔ 1038/ki.2015.28

2. بولر این اے، گولزیو سی، زیونا ایم، وغیرہ۔ Heterozygous نقصان کے فنکشن SEC61A1 اتپریورتنوں سے انیمیا کے ساتھ آٹوسومل غالب tubulo-interstitial اور glomerulocystic گردے کی بیماری ہوتی ہے۔ ایم جے ہم جینیٹ۔ 2016؛ 99:174–187۔ https://doi.org/ 10.1016/j.ajhg.2016.05.028

3. Devuyst O، Olinger E، Weber S، et al. آٹوسومل غالب tubulointerstitial گردے کی بیماری. نیٹ ریو ڈس پرائمرز۔ 2019؛ 5: 60۔ https://doi.org/10.1038/s41572-019-0109-9

4. پیٹن ایس، جینڈلر ایس جے، اسپائسر اے پی۔ اپکلا mucin، MUC1، دودھ، mammary gland اور دیگر بافتوں کا۔ بائیوکیم بایوفیس ایکٹا۔ 1995؛ 1241:407-423۔ https://doi.org/10.1016/0304-4157 (95)00014-3

5. Kirby A، Gnirke A، Jaffe DB، et al. میڈولری سسٹک کڈنی کی بیماری کی قسم 1 کا سبب بننے والے تغیرات MUC1 میں ایک بڑے VNTR میں پائے جاتے ہیں جو بڑے پیمانے پر متوازی ترتیب سے چھوٹ جاتے ہیں۔ نیٹ جینیٹ۔ 2013؛ 45: 299–303۔ https://doi.org/10.1038/ng.2543

6. Ekici AB، Hackenbeck T، Morinière V، et al. رینل فبروسس آٹوسومل ڈومیننٹ ٹیوبلوانٹرسٹیشل گردے کی بیماریوں کی عام خصوصیت ہے جو mucin 1 یا uromodulin میں تغیرات کی وجہ سے ہوتی ہے۔ کڈنی انٹ۔ 2014؛ 86:589–599۔ https://doi.org/10.1038/ki۔ 2014.72

7. وینزیل اے، الٹمولر جے، ایکیسی اے بی، وغیرہ۔ ADTKD-MUC1 میں سنگل مالیکیول ریئل ٹائم سیکوینسنگ VNTR کی مکمل اسمبلی اور کارآمد تغیرات کی درست پوزیشننگ کی اجازت دیتا ہے۔ سائنس کا نمائندہ 2018؛ 8:4170۔ https://doi.org/10.1038/s41598-018-22428-0

8. وانگ جی کیو، روئی ایچ ایل، ڈونگ ایچ آر، وغیرہ۔ ایک چینی خاندان کے فالو اپ تجزیہ کے ذریعے ADTKD-MUC1 کی تشخیص کے لیے SMRT کی ترتیب ایک موثر طریقہ ثابت ہوئی۔ سائنس کا نمائندہ 2020؛ 10:8616۔ https://doi.org/10.1038/s41598-020-65491-2

9. رچرڈز ایس، عزیز این، بیل ایس، وغیرہ۔ ترتیب کی مختلف حالتوں کی تشریح کے لیے معیارات اور رہنما اصول: امریکن کالج آف میڈیکل جینیٹکس اینڈ جینومکس اور ایسوسی ایشن فار مالیکیولر پیتھالوجی کی مشترکہ متفقہ سفارش۔ جینیٹ میڈ۔ 2015؛ 17:405–424۔ https://doi.org/10.1038/ gim.2015.30

10. Kanda Y. طبی اعدادوشمار کے لیے آزادانہ طور پر دستیاب استعمال میں آسان سافٹ ویئر "EZR" کی تحقیقات۔ بون میرو ٹرانسپلانٹ۔ 2013؛ 48:452–458۔ https://doi.org/10.1038/bmt.2012.244

11. Robinson JT، Thorvaldsdóttir H، Winckler W، et al. انٹیگریٹیو جینومکس ناظر۔ نیٹ بائیو ٹیکنالوجی۔ 2011؛ ​​29:24-26۔ https://doi org/10.1038/nbt.1754

12. Zivná M، Kidd K، P ristoupilová A، et al. غیر حملہ آور امیونو ہسٹو کیمیکل تشخیص اور ناول MUC1 اتپریورتنوں کا سبب بنتا ہے آٹوسومل ڈومیننٹ ٹیوبلو انٹرسٹیشل گردے کی بیماری [شائع شدہ اصلاح J Am Soc Nephrol میں ظاہر ہوتی ہے۔ 2020؛ 31: 892]۔ جے ایم سوک نیفرول۔ 2018؛ 29:2418–2431۔ https://doi.org/ 10.1681/ASN.2018020180

13. Cormican S، Connaughton DM، Kennedy C، et al. آئرلینڈ میں آٹوسومل ڈومیننٹ ٹیوبلو انٹرسٹیشل کڈنی ڈیزیز (ADTKD)۔ رین فیل۔ 2019؛ 41:832–841۔ https://doi.org/10.1080/ 0886022X.2019.1655452

14. Gast C، Marinaki A، Arenas-Hernandez M، et al. آٹوسومل غالب tubulointerstitial گردے کی بیماری - UMOD سب سے زیادہ بار بار غیر پولی سسٹک جینیاتی گردے کی بیماری ہے۔ بی ایم سی نیفرول۔ 2018؛ 19:301۔ https://doi.org/10.1186/s12882-018- 1107-y

15. یاماموتو ایس، کیموری جے وائی، یوشیمورا ٹی، وغیرہ۔ MUC1 میں ایک ناول فریم شفٹ اتپریورتن کے ساتھ ADTKD فیملی کا تجزیہ اتپریورتی MUC1 پروٹین کی خصوصیت کو ظاہر کرتا ہے۔ نیفرول ڈائل ٹرانسپلانٹ۔ 2017؛ 32:2010-2017۔ https://doi.org/10۔ 1093/ndt/gfx083

16. Olinger E، Hofmann P، Kidd K، et al. UMOD اور MUC1 میں اتپریورتنوں کی وجہ سے آٹوسومل غالب tubulointerstitial گردے کی بیماری کا کلینیکل اور جینیاتی سپیکٹرا۔ کڈنی انٹ۔ 2020؛ 98:717–731۔ https://doi.org/10.1016/j.kint.2020.04.038

17. Bleyer AJ، Kmoch S، Antignac C، et al. MUC1 اتپریورتن کی متغیر طبی پیش کش جس کی وجہ سے میڈولری سسٹک کڈنی کی بیماری کی قسم 1۔ Clin J Am Soc Nephrol۔ 2014؛ 9:527– 535۔ https://doi.org/10.2215/CJN.06380613

18. ایاسرہ این، بلیچ جی، میکیل آر، وغیرہ۔ آٹوسومل غالب tubulointerstitial گردے کی بیماری: ADTKD-UMOD اور ADTKD-MUC1 والے مریضوں کی طبی پیشکش۔ ایم جے کڈنی ڈس۔ 2018؛ 72:411–418۔ https://doi.org/10.1053/j.ajkd.2018.03۔ 019

Eri Okada1,2 , Naoya Morisada1,3 , Tomoko Horinouchi1 , Hideki Fujii4 , Takayuki Tsuji5 , Masayoshi Miura6 , Hideyuki Katori7 , Masashi Kitagawa8 , Kunio Morozumi9 , Takanobu Naokiumaura , Yu1010 ناگائی 1، اتسوشی کونڈو 1، یویا اوٹو 1، شنیا Ishiko1، Rini Rossanti1، Nana Sakakibara1، China Nagano1، Tomohiko Yamamura1، Shingo Ishimori1، Joichi Usui2، Kunihiro Yamagata2، Kazumoto Iijima13,14، Toshiyuki Imasawa15 اور Kandaizu15