IFN-Induced PARPs—غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کے سینسر؟

خلاصہ: خلیات نے وائرل انفیکشن سے نمٹنے کے لیے مختلف حکمت عملی تیار کی ہے۔ وائرس کے خلاف دفاعی ردعمل شروع کرنے کی کلید غیر ملکی مالیکیولز کو ان کے اپنے سے الگ کرنے کی صلاحیت ہے۔ ایک مرکزی طریقہ کار میزبان پروٹین کے ذریعہ غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کا ادراک ہے جو بدلے میں ایک موثر مدافعتی ردعمل کا آغاز کرتا ہے۔ نیوکلک ایسڈ سینسنگ پیٹرن ریکگنیشن ریسیپٹرز تیار ہوئے ہیں، ہر ایک مخصوص خصوصیات کو نشانہ بناتا ہے تاکہ میزبان آر این اے سے وائرل کو امتیاز دے۔ یہ متعدد آر این اے بائنڈنگ پروٹینوں سے مکمل ہوتے ہیں جو غیر ملکی آر این اے کو سینس کرنے میں مدد کرتے ہیں۔ اس بات کے بڑھتے ہوئے شواہد موجود ہیں کہ انٹرفیرون-انڈیکیبل ADP-ribosyltransferases (ARTs؛ PARP9-PARP15) مدافعتی دفاع اور وائرسوں کے تناؤ میں معاون ہیں۔ تاہم، ان کی ایکٹیویشن، اس کے بعد کے اہداف، اور وائرس کے ساتھ مداخلت اور ان کے پھیلاؤ کے درست طریقہ کار ابھی تک زیادہ تر نامعلوم ہیں۔ اپنی اینٹی وائرل سرگرمیوں اور RNA سینسر کے طور پر اس کے کردار کے لیے سب سے زیادہ جانا جاتا ہے PARP13۔ اس کے علاوہ، PARP9 کو حال ہی میں وائرل RNA کے لیے ایک سینسر کے طور پر بیان کیا گیا ہے۔ یہاں ہم حالیہ نتائج پر تبادلہ خیال کریں گے جو تجویز کرتے ہیں کہ کچھ PARPs اینٹی وائرل فطری قوت مدافعت میں کام کرتے ہیں۔ ہم ان نتائج کو بڑھاتے ہیں اور اس معلومات کو ایک تصور میں ضم کرتے ہیں جو اس بات کا خاکہ پیش کرتا ہے کہ مختلف PARPs غیر ملکی RNA کے سینسر کے طور پر کیسے کام کر سکتے ہیں۔ ہم PARPs کی کیٹلیٹک سرگرمیوں، سبسٹریٹ کی خصوصیت، اور سگنلنگ کے حوالے سے RNA بائنڈنگ کے ممکنہ نتائج کے بارے میں قیاس آرائی کرتے ہیں، جن کے نتیجے میں مل کر اینٹی وائرل سرگرمیاں ہوتی ہیں۔

cistanche سپلیمنٹ کے فوائد - قوت مدافعت میں اضافہ

مطلوبہ الفاظ: ADP-ribosylation; میریلیشن؛ ہائیڈرولیس؛ انٹرفیرون میکروڈومین؛ PARP آر این اے وائرس

cistanche جڑی بوٹی کیا کرتی ہے - اینٹی- اشتعال انگیز

1. تعارف

حملہ آور وائرس کے خلاف ایک پیدائشی مدافعتی ردعمل قائم کرنے کے لیے، خلیات کو اپنے آپ کو غیر ملکیوں سے ممتاز کرنے کے قابل ہونے کی ضرورت ہے۔ یہ جزوی طور پر پروٹین کے ذخیرے کے ذریعہ فعال ہوتا ہے جو خاص طور پر غیر ملکی نیوکلک ایسڈ کو محسوس کرتے ہیں۔ یہ پروٹین نام نہاد پیٹرن ریکگنیشن ریسیپٹرز (PRRs) سے تعلق رکھتے ہیں جو پیتھوجین سے وابستہ مالیکیولر پیٹرن (PAMPs) کو پہچانتے اور باندھتے ہیں، بشمول مختلف پیتھوجین سے وابستہ نیوکلک ایسڈز [1–3]۔ عام طور پر، PAMP کے پابند ہونے پر ان PRRs کو ٹرانسکرپشن عوامل، جیسے انٹرفیرون ریگولیٹری عوامل 3 اور 7 (IRF3، IRF7) اور نیوکلیئر فیکٹر کپا B (NF-κB) کے ایکٹیویشن کے ذریعے نیچے کی طرف سگنلنگ کے واقعات کو متحرک کرنے کے لیے چالو کیا جاتا ہے۔ اس کے نتیجے میں ایک جین ایکسپریشن پروگرام فعال ہوتا ہے، جس میں انٹرفیرون (IFN) کے ساتھ ساتھ دیگر سائٹوکائن جین بھی شامل ہوتے ہیں۔ IFNs پیراکرین اور آٹوکرائن طریقے سے کام کرتے ہیں تاکہ انٹرفیرون محرک جینز (ISGs) کے اظہار کی حوصلہ افزائی کی جا سکے جس کے ذریعے ایک اینٹی پیتھوجینک حالت کو فروغ دیا جاتا ہے [1,3]۔ نیوکلک ایسڈ سینسنگ PRRs کو دو گروپوں میں تقسیم کیا جاسکتا ہے، استعمال شدہ کمپارٹمنٹ، اینڈوسومل اور سائٹوسولک نیوکلک ایسڈ سینسر۔ ٹول نما ریسیپٹرز (TLRs) کا ایک ذیلی سیٹ پہلے سب گروپ سے تعلق رکھتا ہے، جب کہ دوسرے گروپ میں retinoic acid-inducible gene I (RIG-I) جیسے ریسیپٹرز (RLRs)، پروٹین کناز آر (PKR)، 20-50 oligoadenylate شامل ہیں۔ سنتھیٹیز پروٹینز (OAS1-3)، نیوکلیوٹائڈ بائنڈنگ اولیگومرائزیشن ڈومین (NOD) نما ریسیپٹرز (NLRs)، میلانوما 2 (AIM2) نما ریسیپٹرز (ALRs) اور سائکلک GMP-AMP سنتھیس (cGAS) میں غیر حاضر [2 4-10]۔ ان کلاسیکی PRRs کے علاوہ، نیوکلک ایسڈ سینسر پروٹین یا آلاتی پروٹین کی بڑھتی ہوئی فہرست بیان کی گئی ہے۔ ان میں ہیلیکیسز، یوبیوکیٹین لیگاسس، اور اے ڈی پی رائبوسائلٹرانسفیریزس شامل ہیں، جو بعض نیوکلک ایسڈز کو محسوس کرسکتے ہیں، غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کی شناخت میں مدد کرسکتے ہیں، یا ثالثی کرسکتے ہیں، اور بہاو سگنلنگ کو تیز کرسکتے ہیں اور اس طرح اینٹی وائرل مدافعتی ردعمل [11–15] میں حصہ ڈالتے ہیں اور اس میں ترمیم کرتے ہیں۔ اپنے وائرل رائبونیوکلک ایسڈ (RNA) کے لیے سب سے زیادہ مشہور PARP13 ہے [11]۔ اس کے علاوہ، PARP9 کو حال ہی میں غیر ملکی RNA کے سینسر کے طور پر شناخت کیا گیا ہے [15]۔ PARP13 کے لیے، RNA بائنڈنگ کو زنک فنگر ڈومینز کے ذریعے سہولت فراہم کی جاتی ہے، جبکہ PARP9 کے لیے میکروڈومین کی شناخت وائرل RNA-بائنڈنگ ماڈیول کے طور پر کی گئی ہے۔ PARP9 اور PARP13 کا تعلق adenosine diphosphate (ADP)-ribosyltransferase diphtheria toxin-like (ARTD) خاندان سے ہے، جن میں سے پروٹین کا ایک چھوٹا ذیلی سیٹ IFNs کے لیے ان کی ردعمل کی وجہ سے پیدائشی قوت مدافعت سے جڑا ہوا ہے (PARPs پر مزید پڑھنے کے لیے بطور ISGs ہم ایک حالیہ بہترین جائزے کا حوالہ دیں [16])۔ یہ پروٹین ایک محفوظ شدہ ADP-ribosyltransferase (ART) ڈومین کا اشتراک کرتے ہیں، جو PARP13 کے علاوہ مونو-ADP-ribosylation (MARylation) سرگرمی رکھتے ہیں۔ یہ تمام PARPs اضافی پروٹین ڈومینز کی ایک رینج سے خصوصیت رکھتے ہیں، ان میں میکروڈومینز، RNA-پہچاننے والے ڈومینز، یا زنک فنگرز شامل ہیں۔ اگرچہ ان منسلک ڈومینز کے افعال بڑی حد تک نامعلوم ہیں، ان میں سے بہت سے آر این اے بائنڈنگ سے وابستہ ہیں۔ اس طرح، وہ ان پروٹینوں کو RNA سینسر کے طور پر کام کرنے کی ممکنہ صلاحیت فراہم کرتے ہیں جیسا کہ PARP9 اور PARP13 [11,15] کے لیے تجویز کیا گیا ہے۔ ایک ساتھ مل کر، ہم قیاس کرتے ہیں کہ IFN-inducible PARPs RNA-sensing PRRs کے طور پر کام کرتے ہیں اور ترتیب اور/یا ساخت کی خصوصیات کے حوالے سے معروف کلاسیکی PRRs کے RNA-بائنڈنگ طریقوں کو بڑھاتے ہیں۔ مزید یہ کہ، آر این اے بائنڈنگ ان کے عمل اور فعالیت کے طریقوں کو منظم کر سکتی ہے۔

2. کلاسیکی پیتھوجین ریکگنیشن ریسیپٹرز

2.1 تقسیم شدہ PRRs

پیتھوجینک نیوکلک ایسڈز کو سینس کرنے میں شامل ٹول نما رسیپٹرز TLR3 اور TLR7- 9 [4,17–19] ہیں۔ یہ TLRs ان کے این ٹرمینل نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ ایکٹوڈومین کے ساتھ اینڈوسوم کی جھلیوں میں ان ویسیکلز [4,17,18] کے اندر کا سامنا کرتے ہیں۔ نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ دو TLRs کے dimerization کو اکساتا ہے، جس پر متنوع سگنلنگ کے عمل شروع کیے جاتے ہیں [4]۔ ان کی لوکلائزیشن کی وجہ سے، یہ TLRs endocytosed یا phagocytosed پیتھوجینز کا جواب دینے کی اہلیت رکھتے ہیں جو کہ endosomal proteases اور nucleases کے عمل کے ذریعے اس کمپارٹمنٹ میں جدا ہو سکتے ہیں۔ نتیجے کے طور پر، پیتھوجین سے ماخوذ RNA یا deoxyribonucleic acid (DNA) کو پروسیس کیا جاتا ہے اور اسے بے نقاب کیا جاتا ہے، PAMPs فراہم کرتے ہیں جو اینڈوسومل TLRs [18] کے ساتھ تعامل کر سکتے ہیں۔ یہ اینٹی وائرل سگنلنگ کی پہلی لہر شروع کرتا ہے [4,18,19]۔ مختلف پیتھوجینز کی ایک وسیع رینج کی پہچان کو پورا کرنے کے لیے، ان TLRs نے نیوکلک ایسڈز [4,18,19] کے لیے مختلف ترجیحات تیار کی ہیں۔ TLR3 ایکٹوڈومین میں لیوسین سے بھرپور اعادہ اور RNA کے منفی چارج شدہ رائبوز فاسفیٹ ریڑھ کی ہڈی کے حصے کے طور پر مثبت چارج شدہ امینو ایسڈ کے درمیان الیکٹرو اسٹیٹک تعاملات پر مبنی ڈبل پھنسے ہوئے RNA پرجاتیوں کو پہچانتا اور باندھتا ہے۔ بائنڈنگ مخصوص آر این اے کی ترتیب سے آزادانہ طور پر ہوتی ہے [19]۔ حال ہی میں، سیلولر آر-لوپ سے ماخوذ RNA-DNA ہائبرڈز کے ذریعے اس کی ایکٹیویشن کا مظاہرہ کیا گیا ہے، جو بعد میں امیون سگنلنگ کو اکساتا ہے جس کے نتیجے میں IRF3 کو چالو کیا جاتا ہے [20]۔ تاہم، R-loop پروسیسنگ کو کس طرح منظم کیا جاتا ہے اور یہ ہائبرڈز، جو اصل میں نیوکلئس میں پیدا ہوتے ہیں، سائٹوسول تک کیسے پہنچتے ہیں یا یہاں تک کہ اس اینڈوسومل ریسیپٹر کو چالو کرنے کی صلاحیت رکھتے ہیں، یہ ابھی تک واضح نہیں ہے۔ قابل غور بات یہ ہے کہ وائرسوں کے درمیان R-Loop بنانے کے سلسلے کی بھی نشاندہی کی گئی ہے، لیکن آیا یہ واقعی R-Loop ڈھانچے کی تشکیل کرتے ہیں اور TLR3 ایکٹیویشن کو متحرک کرنے کے قابل ہیں اس کی تحقیقات کی ضرورت ہے [21]۔ TLR7 اور TLR8، جن کا گہرا تعلق ہے، سنگل سٹرینڈڈ RNA اور RNA خرابی کی مصنوعات کو سمجھتا ہے۔ TLR7 اور TLR8 دونوں میں دو آر این اے بائنڈنگ شکلیں ہیں، جن میں سے پہلا بالترتیب سنگل گوانوسین یا یوریڈین کو پہچانتا ہے، جب کہ دوسرے کو کچھ ترتیب کی مخصوصیت میں ثالثی کے لیے دکھایا گیا ہے۔ TLR7 ترجیحی طور پر polyU 3-mers کو باندھتا ہے، جبکہ TLR8 UG/UUG oligoribonucleotides [22,23] کو محسوس کرتا ہے۔ اس کے برعکس، TLR9 کو سنگل پھنسے ہوئے CpG موٹف پر مشتمل DNA [4,18] کا پابند دکھایا گیا ہے۔

cistanche سپلیمنٹ کے فوائد - مدافعتی نظام کو مضبوط کرنے کا طریقہ

2.2 سائٹوسولک PRRs

سائٹوسول میں وائرل نیوکلک ایسڈز کے کلیدی سینسر، وائرس کے انفیکشن پر موجود ہیں، RLRs [2,7,24] ہیں۔ ان سائٹوسولک ریسیپٹرز کا نامی رکن RIG-I ہے۔ اضافی ممبران میں میلانوما تفریق ایسوسی ایشن جین 5 (MDA5) اور لیبارٹری آف جینیٹکس اینڈ فزیالوجی 2 (LGP2) شامل ہیں۔ تینوں پروٹین مرکزی آر این اے-ہیلیکیس ڈومین کے ساتھ ایک جیسی ڈومین تنظیم کا اشتراک کرتے ہیں جو اپنے سی ٹرمینل ڈومین (سی ٹی ڈی) کے ساتھ مل کر آر این اے بائنڈنگ [2,7,24] میں ثالثی کرتا ہے۔ LGP2 کے برعکس، RIG-I اور MDA5 اپنے N-ٹرمنس پر دو کیسپیس ایکٹیویشن اور ریکروٹمنٹ ڈومینز (CARDs) کا اشتراک کرتے ہیں جو نیچے کی طرف سگنلنگ کے واقعات کو متحرک کرتے ہیں [2,7]۔ RIG-I کے معاملے میں، یہ CARDs intramolecularly helicase domain اور CTD کے ساتھ پابند ہیں، جو پروٹین کی بند شکل کو اکساتے ہیں اور اس طرح ligand [7,25] کی غیر موجودگی میں بہاو سگنلنگ کو روکتے ہیں۔ نیوکلک ایسڈ کی شناخت RIG-I کے ذریعہ ATP کے ہائیڈولیسس کو شامل کرتی ہے اور ایک کھلی شکل اور اس کے اولیگومرائزیشن میں تبدیلی کو اکساتی ہے۔ یہ نیوکلک ایسڈز کے ساتھ آر این اے بائنڈنگ حصے کے قریبی تعامل کی اجازت دیتا ہے جبکہ CARDs کو ڈائون اسٹریم سگنل کی نقل و حمل [7,24] کے لیے وائرس سگنلنگ (MAVS) کے مائٹوکونڈریل انٹرایکٹر کے ساتھ تعامل کرنے کے لیے جاری کیا جاتا ہے۔ RIG-I کے لیے دکھائی جانے والی یہ خودکار روک تھام MDA5 کے لیے نہیں ہوتی ہے۔ اس کے بجائے، MDA5 ایک کھلی اور لچکدار اور اس طرح غیر روکے ہوئے کنفارمیشن کو ظاہر کرتا ہے۔ اس میں RNA ligand [26–28] کی عدم موجودگی میں MDA5 کے اوور ایکسپریشن پر ڈاون اسٹریم سگنلنگ شامل ہے۔ CARDs کی کمی کی وجہ سے، LGP2 MAVS کے ذریعے ڈائون اسٹریم سگنلنگ کو براہ راست شروع نہیں کر سکتا۔ لیکن ایسا لگتا ہے کہ یہ MDA5 سگنلنگ کے ماڈیولر کے طور پر کام کرتا ہے۔ کم پروٹین کی سطح پر، LGP2 MDA5-RNA تعامل کو تیز اور مستحکم کرتا ہے، جبکہ LGP2 کی اعلی سطح MDA5 کی روک تھام کا باعث بنتی ہے [27,29,30]۔ خاندان کے تینوں افراد کے لیے، نیوکلک ایسڈز کی پہچان سنٹرل ہیلیکیس ڈومین اور CTD [2,7,24] کے ذریعے سہولت فراہم کی جاتی ہے۔ یہ پروٹین ڈومینز آر این اے مالیکیولز کے 50 سرے پر واقع بائیو کیمیکل خصوصیات کی سکیننگ کی سہولت فراہم کرتے ہیں۔ موازنہ ہیلیکیس ڈومینز اور CTDs کے اشتراک کے باوجود، RIG-I اور MDA5 RNAs [31] کے اندر قدرے مختلف خصوصیات کا احساس کرتے ہیں۔ RIG-I چھوٹے ڈبل سٹرینڈڈ (ds)RNAs یا ssRNAs کو ترجیح دیتا ہے اور اسے 5 0 -PPP-dsRNA یا 50 -pp-dsRNA کے ذریعے چالو کیا جاتا ہے، جب کہ 50 مونو فاسفوریلیٹڈ RNA RIG-I [32] کے ذریعے ناقابل شناخت رہتا ہے۔ مزید، پولی-U/UC یا AU علاقوں میں افزودہ RNAs کے ساتھ ساتھ سرکلر وائرل RNAs کو RIG-I [33–35] کے ذریعے پہچانا جاتا ہے۔ سرکلر آر این اے کے پابند ہونے کی تجویز آر این اے کی ساختی خصوصیات کے ذریعہ یا آلات آر این اے بائنڈنگ پروٹین کے ذریعہ ثالثی کرنے کی تجویز ہے، جن کی شناخت کی ضرورت ہے [33]۔ MDA5 ترجیحی طور پر طویل dsRNAs اور AU سے بھرپور خطوں سے منسلک ہوتا ہے [28,36,37]۔ LGP2 کو متنوع RNAs کی ایک وسیع رینج کا پتہ لگانے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ نہ تو فاسفوریلیشن کی حیثیت 50-کے اختتام اور نہ ہی RNA کی لمبائی LGP2 [38,39] کے ذریعہ شناخت اور پابند ہونے پر اثر انداز ہوتی ہے۔ پی کے آر یا او اے ایس فیملی پروٹینز 1–3 کے ذریعہ آر این اے سینسنگ اینٹی وائرل دفاعی ردعمل [9,10] میں حصہ ڈالنے کے لئے بھی جانا جاتا ہے۔ PKR ٹوپی سے آزاد انداز میں 30 bp سے زیادہ لمبے dsRNA مالیکیولز کو تسلیم کرتا ہے [40]، لیکن ssRNA اور ساختی 5'-PPP-RNA بائنڈنگ کو بیان کیا گیا ہے [41,42]۔ بائنڈنگ کو اس کے N-ٹرمینل ہاف میں واقع دو ٹینڈم RNA- بائنڈنگ ڈومینز کے ذریعے سہولت فراہم کی جاتی ہے، جو RNA بائنڈنگ پر PKR کی ڈائمرائزیشن اور اس کے بعد کناز ایکٹیویشن شروع کرتے ہیں [43]۔ OAS1-3 dsRNA سے منسلک ہوتا ہے [10,44–46]۔ dsRNA بائنڈنگ پر OAS1-3 20–50 فاسفوڈیسٹر سے منسلک oligoadenylates کی ترکیب کرتا ہے، جو dimerization کو متحرک کرنے اور اس کے نتیجے میں Ribonuclease (RNase) L کو چالو کرنے کے لیے دوسرے میسنجر کے طور پر کام کرتا ہے اور اس طرح RNA [10,47] کی کلیویج۔ Cleaved RNA کے ٹکڑے اینٹی وائرل سگنلنگ کو بڑھاوا دیتے ہیں کیونکہ وہ PRRs کے ذریعے محسوس کیے جاتے ہیں [9]۔ مدافعتی دفاع کی ایک اضافی لائن NLRs اور ALRs [1,6,48] کے ذریعہ ظاہر ہوتی ہے۔ ایکٹیویشن کے بعد، کچھ NLRs اور ALRs کو نام نہاد سوزشوں، ملٹی پروٹین انزیمیٹک کمپلیکس کی اسمبلی کو شروع کرتے ہوئے دکھایا گیا ہے جس میں وہ اولیگومرائز کرتے ہیں اور apoptosis سے وابستہ سپیک نما پروٹین کے ساتھ CARD (ASC) ڈومینز پر مشتمل ہوتے ہیں تاکہ پروٹولیٹک ایکٹیویشن کی ثالثی کی جا سکے۔ -1۔ یہ بدلے میں سائٹوکائنز جیسے انٹرلییوکن 1 (IL-1 ) اور IL-18 کی پختگی کو قابل بناتا ہے، اس طرح اینٹی وائرل مدافعتی ردعمل میں حصہ ڈالتا ہے۔ NLRs میں، NLRP3 کو متنوع RNAs [8,49] کی ایک وسیع رینج کے ذریعے چالو کیا گیا ہے۔ تاہم، RNAs کے ساتھ براہ راست تعامل کا مظاہرہ نہیں کیا گیا ہے۔ اس کے بجائے، NLRP3 آلاتی پروٹینوں کے ساتھ جمع ہوتا ہے، ان میں DExD/H-box RNA ہیلیکیسز یا TRIM ubiquitin ligases، جو RNA-sensing اور اس کے نتیجے میں inflammasome [8,49] کو چالو کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ NLRP3 کے برعکس، AIM2 ALRs کے نمائندے کے طور پر DNA [6,48,50] کے ذریعے فعال ہوتا ہے۔

AIM2 کے علاوہ، cGAS DNA کے سائٹوسولک سینسر کے طور پر کام کرتا ہے [5]۔ سی جی اے ایس کی مکمل ایکٹیویشن طویل ڈی این اے مالیکیولز کے پابند ہونے پر ہوتی ہے۔ یہ سی جی اے ایس کو کم کرنے کی اجازت دیتے ہیں، جو مکمل ایکٹیویشن کے لیے ایک شرط ہے۔ تاہم، cGAS کو مختلف قسم کے DNA مالیکیولز کو پہچانتے ہوئے دکھایا گیا ہے، ان میں dsDNA، ssDNA ثانوی ڈھانچے فراہم کرتے ہیں جن کے نتیجے میں dsDNA، یا RNA-DNA ہائبرڈ (جیسے، R-loops سے اخذ کیا گیا ہے)۔ پابند ہونے پر، سگنلنگ کو انٹرفیرون جینز (STING) کے محرک کی cGAMP ثالثی ایکٹیویشن کے ذریعے پھیلایا جاتا ہے، جس کے نتیجے میں IRF3 کو چالو کیا جاتا ہے [5]۔ اس طرح، سی جی اے ایس کو پیتھوجینک ڈی این اے کے ذریعے بلکہ سیلولر ڈی این اے کے ذریعے بھی چالو کیا جا سکتا ہے، مثال کے طور پر کروموزوم، مائیکرونوکلی، اور ڈی این اے کے بکھرنے کے نتیجے میں سائٹوسولک ڈی این اے کے جواب میں [51]۔ ان کلاسیکی PRRs کے علاوہ، غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کے لیے سینسر کے طور پر کام کرنے والے کئی اضافی میزبان عوامل کی نشاندہی کی گئی ہے، ان میں DExD/H باکس ہیلیکاسز، سہ فریقی موٹف فیملی (TRIM) ubiquitin ligases، اور مختلف اضافی RNA بائنڈنگ پروٹینز کی بڑھتی ہوئی تعداد [12– 14,52,53]۔ اس کے علاوہ، سکیوینجر ریسیپٹرز کے انتہائی متفاوت خاندان کو فطری استثنیٰ میں ملوث کیا گیا ہے اور کچھ ارکان کو غیر ملکی نیوکلک ایسڈز سے منسلک دکھایا گیا ہے [54]۔ ان میں سے کچھ آر این اے بائنڈنگ پروٹینز کے لیے، سہاروں کی تقریب کو شامل کیا گیا ہے [3,5,12]۔ وہ غیر ملکی RNA کو سمجھتے اور باندھتے ہیں، اور اسے RLRs کے سامنے پیش کرتے ہیں، اس طرح اینٹی وائرل سگنلنگ [3,5,12] میں حصہ ڈالتے اور بڑھاتے ہیں۔

مردوں کے لئے cistanche فوائد - مدافعتی نظام کو مضبوط

Cistanche Enhance Immunity مصنوعات دیکھنے کے لیے یہاں کلک کریں۔

【مزید پوچھیں】 ای میل:cindy.xue@wecistanche.com / واٹس ایپ: 0086 18599088692 / وی چیٹ: 18599088692

3. PARP13- وائرل RNA کا ایک سینسر

ان سکیفولڈنگ پروٹینوں میں سے ایک جس کا اوپر حوالہ دیا گیا ہے، جو کہ پیدائشی مدافعتی ردعمل میں شامل ہے، زنک فنگر اینٹی وائرل پروٹین (ZAP) ہے، جسے PARP13 (شکل 1) بھی کہا جاتا ہے۔ اگرچہ اس میں اتپریرک سرگرمی نہیں ہے، یہ اپنی موثر اینٹی وائرل سرگرمی کے لیے جانا جاتا ہے [11]۔ PARP13 چار مختلف isoforms میں موجود ہے، جو متبادل splicing اور polyadenylation [11,16] سے پیدا ہوتا ہے۔ دو بہترین مطالعہ شدہ آئسفارمز PARP13.1 (ZAPL) اور PARP13.2 (ZAPS) ہیں، مؤخر الذکر میں PARP جیسے ڈومین کی کمی ہے [11]۔ جب کہ PARP13.1 کا جزوی طور پر اظہار ہوتا ہے، PARP13.2 انٹرفیرون سگنلنگ [55] پر آمادہ ہوتا ہے۔ انٹرفیرون میسنجر RNA (mRNA) کے 30 غیر ترجمہ شدہ خطوں (30 UTR) کے ساتھ تعامل کو PARP13.2 کے لیے بیان کیا گیا ہے، جس کو IFN سگنلنگ [55] پر منفی تاثرات کے ردعمل میں شامل سمجھا جاتا ہے۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ PARP13.2 کو RIG-I کے ساتھ مل کر پایا گیا جب 50 -PPP-ڈبل سٹرینڈڈ RNA (dsRNA) کے ساتھ حوصلہ افزائی کی گئی اور ایسا لگتا ہے کہ وہ انٹرفیرون کی پیداوار کو فروغ دینے میں کردار ادا کرتا ہے [56]۔ PARP13 کے تمام isoforms میں RNA- بائنڈنگ ڈومین (RBD) ہوتا ہے جس میں چار CH زنک فنگر (ZnF) شکلیں ہوتی ہیں، جن میں سے دوسرا CpG-dinucleotides [11,57] کے لیے اعلی تعلق کے ساتھ اس کی ہائیڈروفوبک بائنڈنگ جیب کے لیے جانا جاتا ہے۔ دیگر ZnFs نامعلوم ترتیبوں کے RNA کے لیے کمزور وابستگی ظاہر کرتے ہیں [11]۔ PARP13 dimerize کرنے کے قابل ہے، اور یہاں تک کہ ہدف RNA پر PARP13 کی ملٹیمرائزیشن کو پیتھوجینز کے خلاف موثر دفاع کے لیے تجویز کیا گیا ہے [11]۔ حال ہی میں، ایک شدید ایکیوٹ ریسپائریٹری سنڈروم کورونا وائرس ٹائپ 2 (SARS-CoV-2) RNA انٹرایکوم اسکرین نے PARP13 کے ساتھ ساتھ اس کے cofactor TRIM25 کی شناخت کی ہے تاکہ وائرل RNA [58] سے براہ راست منسلک ہو سکے۔ PARP13.1 اور PARP13.2 کے ایکٹوپک اظہار کے بعد، PARP13.2 لیکن PARP13.1 کا اینٹی وائرل اثر ظاہر ہوا، جیسا کہ SARS-CoV-2 غیر ساختی پروٹین 12 (nsP12) میں نمایاں کمی سے ظاہر ہوتا ہے۔ آر این اے کی سطح، وائرل آر این اے پر منحصر آر این اے پولیمریز کو انکوڈنگ [58]۔ اس کے برعکس، Nchioua اور ساتھیوں نے SARS-CoV-2 مکمل لمبائی والے RNA کے جمع ہونے میں کمی کی اطلاع صرف PARP13.1 اوور ایکس درستگی کے تجربات میں بتائی [59]۔ تاہم، دونوں آئسوفارمز کے لیے، SARS-CoV-2 ساختی اسپائیک- اور نیوکلیو کیپسڈ پروٹین کی RNA کی سطح میں کمی دیکھی گئی [59]۔ سیلولر لوکلائزیشن میں فرق ان نتائج کا سبب بن سکتا ہے، کیونکہ PARP13.2 میں ایک پھیلا ہوا سائٹوپلاسمک تقسیم ہے، جبکہ PARP13.1 S-farnesylated ہو سکتا ہے، جو اسے endolysosomes یا endoplasmic reticulum (ER) [11] میں مقامی بناتا ہے۔ SARS-CoV-2 نقل کے لیے ER سے ماخوذ ڈبل میمبرین ویسکلز بناتا ہے [60]۔ درحقیقت، بعد میں یہ ظاہر کیا گیا کہ SARS-CoV-2 کشیدگی [61] کے لیے PARP13.1 کی S-farnesylation کی ضرورت ہے۔ انفلوئنزا اے وائرس (IAV) کے خلاف بھی اینٹی وائرل سرگرمی بیان کی گئی ہے۔ جبکہ PARP13.1 وائرل پروٹین ایکسپریشن کو ماڈیول کرنے لگتا ہے، PARP13.2 کو IAV RNA [11,62] کو براہ راست نشانہ بنانے کے لیے بیان کیا گیا ہے۔ لیو اور ساتھیوں نے رپورٹ کیا کہ PARP13.1 IAV پولیمریز پروٹینز کے پولی-ADP-ribosylation (PARylation) کو فروغ دیتا ہے، جو ان کے بعد میں ہر جگہ اور انحطاط کا باعث بنتا ہے [62]۔

تاہم، جیسا کہ PARP13 کی کوئی اتپریرک سرگرمی کی اطلاع نہیں ہے، اس عمل میں ایک اور ADP-ribosylating پروٹین کو شامل کرنے کی ضرورت ہے۔ چھوٹا isoform، PARP13.2، IAV بنیادی RNA پولیمریز 2 (PB2) mRNA سے منسلک ہونے کے قابل ہے اور اس کے انحطاط کا باعث بنتا ہے اور ساتھ ہی اس کے ترجمہ کو روکتا ہے [63]۔ اس عمل کا مقابلہ IAV کے غیر ساختی پروٹین 1 (NS1) پروٹین سے ہوتا ہے، جو PARP13.2 [63] کے ذریعے وائرل RNA بائنڈنگ کو روکنے کے لیے پایا گیا تھا۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ NS1 mRNA بھی PARP13.2 [63] سے متاثر نہیں ہوتا۔ ممکنہ طور پر، یہ NS1 RNA کے اندر ثانوی ڈھانچے سے منسوب کیا جا سکتا ہے، جو بالوں کے پنوں کو بنانے کے لیے ظاہر کیا گیا ہے جس کے نتیجے میں اس RNA کے بڑے حصے ڈبل پھنسے ہوئے ہیں [64]۔ PARP13 کے ذریعے محدود وائرسوں کی ایک اور جینس الفا وائرسز ہیں جیسے سنڈبیس وائرس، جو PARP13.1 کے ذریعے اسٹریس گرینولز (SGs) [55] میں نشانہ بنایا جاتا ہے۔ حال ہی میں، مختلف گروہوں نے کرسٹلائزیشن کے تجربات میں پایا کہ PARP13 کی WWE2 جیب پولی-ADP-ribose (PAR) زنجیروں کی ADP-ribose (ADPr) - moiety [65,66] سے منسلک کرنے کے قابل ہے۔ Xue اور ساتھیوں نے بھی وٹرو میں ان نتائج کی تصدیق کی اور اس پابندی کے لیے WWE2 ڈومین، W611 اور Q668 میں دو امینو ایسڈز کے ضروری کردار کا انکشاف کیا۔ مزید، انہوں نے یہ ظاہر کیا کہ PARP13 کے ZnF5، WWE1، اور WWE2 مل کر ایک ڈومین بناتے ہیں جسے انہوں نے مرکزی ڈومین (CD) کہا ہے اور یہ CD خلیوں میں PAR سے منسلک ہے۔ PARP13، PARP13.1 کا طویل آئسفارم بھی خلیوں میں PAR کو باندھنے کے لیے دکھایا گیا تھا، حالانکہ الگ تھلگ CD [66] کی طرح مؤثر طریقے سے نہیں۔ یہ بائنڈنگ سٹریس گرینولز (SGs) میں ایک اہم کردار ادا کرتی ہے، جہاں PAR بائنڈنگ PARP13-CD اور PARP13.1 دوبارہ لوکلائزیشن [66] کے لیے ایک شرط ہے۔ اس کے علاوہ، پی اے آر کے پابند PARP13.1 کی تغیراتی خرابی اس کی اینٹی وائرل سرگرمی کو کم کرنے کے لیے پائی گئی [66]۔ تناؤ کے دانے داروں کی لوکلائزیشن کو PARP13.2 کے لیے بھی بیان کیا گیا ہے، جو کہ تناؤ پر تیزی سے PARylated ہے [67]۔ اس طرح، کشیدگی کے دانے دار (SGs) RNA، PAR، اور PARP13 [66,68] کو جمع کرنے کی اجازت دیتے ہیں۔ چاہے کلسٹرنگ PARP13 کی اینٹی وائرل سرگرمی میں حصہ ڈالتی ہے، یعنی RNA انحطاط کو فروغ دینا یا ترجمہ کو روکنا اس پر توجہ دینے کی ضرورت ہوگی۔ قابل ذکر بات یہ ہے کہ PARP13 کی طرح اضافی PARP پروٹینز SGs کے ساتھ منسلک ہوتے ہوئے دکھائے گئے ہیں، جو کہ SG کی تشکیل اور/یا فنکشن میں PARPs کے ایک مربوط عمل یا ہم آہنگی کے کردار کی تجویز کرتے ہیں۔ اسی طرح کی سمت کی طرف اشارہ کرنا یہ ہے کہ PARP13، اگرچہ خود اتپریرک سرگرمی کا فقدان ہے، ADP-ribosylated ہے اور اس لیے اسے دوسرے PARP خامروں کے ساتھ قریبی تعامل کرنا چاہیے [67]۔ یہ ADP-ribosylation PARP13 فنکشن کو کنٹرول کر سکتا ہے جیسے کہ PARP7 کے لیے دکھایا گیا ہے، جو ZnFs میں سیسٹین کی باقیات کو میریلیٹ کرتا ہے، اس طرح PARP13 کی RNA کے ساتھ تعامل کرنے کی صلاحیت میں مداخلت کرتا ہے [16]۔ ہم PARP پروٹین کے ساتھ ساتھ دیگر PRRs اور بہاو اثر کرنے والوں کے درمیان بہت سے اضافی تعاملات کی توقع کرتے ہیں۔ اس طرح، PARPs نیوکلک ایسڈز کی موثر شناخت اور پیتھوجینز کے خلاف دفاع کے لیے کس طرح ہم آہنگی پیدا کرتے ہیں، پیدائشی مدافعتی دفاع کے میدان میں دلچسپ سوالات ہیں۔

4. PARPs کا IFN-منظم ذیلی طبقہ

4.1 PARP فیملی

ڈومین تنظیم اور ساختی تجزیہ کی بنیاد پر PARP13 ADP-ribosyltransferases diphtheria toxin-like (ARTDs) کے خاندان کو تفویض کیا گیا ہے، جس میں مجموعی طور پر 17 اراکین شامل ہیں [69–71]۔ وہ سب ایک انتہائی محفوظ ART ڈومین کا اشتراک کرتے ہیں، جو PARP13 کے استثناء کے ساتھ ان پروٹینوں کو ADP-ribosylation کو متحرک کرنے کے قابل بناتا ہے۔ ADP-ribosylation ایک ریورس ایبل پوسٹ ٹرانسلیشنل ترمیم (PTM) ہے، جس کی خصوصیت ایک یا کئی ADP-ribose moieties کو سبسٹریٹ میں شامل کرنا ہے [70]۔ اتپریرک ٹرائیڈ کی امینو ایسڈ کی ساخت کی بنیاد پر انفرادی انزائمز یا تو PARylation (PARP1، PARP2، TNKS1، اور TNKS2) یا میریلیشن (PARP3، PARP4، PARP7-PARP12، PARP14-PARP{19}PARP ) [70,72]۔ ایسا کرنے کے لیے، وہ نکوٹینامائڈ اڈینائن ڈینیوکلیوٹائڈ (NAD+) کو ایک کوفیکٹر کے طور پر استعمال کرتے ہیں اور ADP-ribose کو منتقل کرتے ہیں، یا تو ایک واحد حصہ (MARylation) یا ایک تکراری عمل (PARylation) میں نیکوٹینامائڈ [70] کے اجراء کے ساتھ ایک سے زیادہ یونٹس۔ PARP13 خاندان کا واحد فرد ہے جس میں ADP-ribosylation سرگرمی کی کمی ہے کیونکہ NAD+ [73] کو مناسب طریقے سے باندھنے میں ناکامی کی وجہ سے۔ مندرجہ ذیل میں، ہم انٹرفیرون-ریسپانسیو PARPs (PARP9-15؛ شکل 1) [16]، MARylation، اور PARPs کے اس ذیلی سیٹ کی (ممکنہ) نیوکلک ایسڈ سینسنگ صلاحیتوں پر توجہ مرکوز کریں گے۔

4.2 میریلیشن کا ضابطہ اور تبلیغ

دیگر PTMs کی طرح میریلیشن کو پڑھنے اور سگنل کو پھیلانے کی ضرورت ہے۔ PARP14 کے میکروڈومینز 2 اور 3 کی شناخت میریلیشن [70,74,75] کے قارئین کے طور پر کی گئی ہے۔ مزید، میریلیشن ایک مکمل طور پر الٹ جانے والا PTM دکھاتا ہے جسے ہائیڈرولائٹک سرگرمی کے ذریعے فعال کیا گیا ہے جو کچھ میکروڈومینز کے پاس ہے [70]۔ میریلیشن کے سیلولر صاف کرنے والوں میں MacroD1، MacroD2، اور TARG1 شامل ہیں۔ De-MARylation ان کے فعال میکروڈومین [70] کے ذریعے فعال ہے۔ میکروڈومین فولڈ زندگی کی تمام انواع کے درمیان انتہائی محفوظ ہے اور متعدد مثبت معنوں میں سنگل پھنسے ہوئے ((+)ss) RNA وائرس کے غیر ساختی پروٹین میں بھی سرایت کرتا ہے [16,76,77]۔ متعدد وائرل میکروڈومینز کی میریلیشن کو واپس کرنے کی صلاحیت کے ساتھ فطری IFN سسٹم کے ذریعے MARylating PARPs کی شمولیت IFN-inducible PARPs کے اینٹی وائرل کردار کی نشاندہی کرتی ہے۔ مزید، یہ دکھایا گیا ہے کہ PARPs مضبوط مثبت انتخاب کے تحت تیار ہوئے ہیں، اس کے علاوہ پیدائشی قوت مدافعت میں ایک فنکشن کی طرف اشارہ کرتے ہیں [78,79]۔ تاہم، میکانزم کے بارے میں بصیرت اور IFN-inducible PARPs کے عین کام کے بارے میں معلوم نہیں ہے۔ ایک امکان کہ IFN-inducible PARPs اینٹی وائرل ردعمل میں حصہ ڈال سکتے ہیں وہ ہے غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کی پہچان۔ جیسا کہ پہلے بیان کیا گیا ہے، اڈاپٹر پروٹین جیسے DExD/H باکس ہیلیکیسز یا PARP13 اسکافولڈز کے طور پر کام کر سکتے ہیں جو نیوکلک ایسڈز اور انفیکٹر پروٹین کو قریب لاتے ہیں۔ اسی طرح، IFN-responsive PARPs سہاروں کے طور پر کام کر سکتے ہیں اس طرح کلاسیکی PRRs میں سے ایک کے ذریعے RNA کی شناخت میں مدد کر سکتے ہیں۔ اس کے علاوہ، ان کی میریلیشن سرگرمی فطری مدافعتی ردعمل کو ٹھیک کرنے کے لیے ضابطے کی ایک اور سطح کا اضافہ کر سکتی ہے۔ ایسے اشارے ہیں کہ وائرل RNA کی موجودگی ان انزائمز کی میریلیشن سرگرمی کو متحرک کر سکتی ہے [80,81]۔ یہ فرض کرتے ہوئے کہ آر این اے بائنڈنگ اتپریرک سرگرمی کا تعین کرتی ہے، یہ اتپریرک سرگرمی کو الگ الگ ذیلی جگہوں پر بھیجنے کی بھی اجازت دے سکتا ہے۔ یہ وائرل اور میزبان دونوں عوامل ہو سکتے ہیں۔ مزید برآں، تبدیل شدہ خصوصیت پروٹین کے استحکام کو بھی متاثر کر سکتی ہے، مثال کے طور پر آٹوموڈیفیکیشن کو کم کرکے، اس طرح بعض PARP انزائمز [82] کو استحکام فراہم کرتا ہے۔ مزید برآں، وائرل آر این اے میریلیشن کے لیے سبسٹریٹ کی نمائندگی کر سکتا ہے، کیونکہ آر این اے کی شناخت وٹرو اور خلیات دونوں میں ہوئی ہے [83,84]۔

4.3 IFN ریگولیٹڈ PARPs کی ڈومین آرگنائزیشن

قابل غور بات یہ ہے کہ IFN-responsive PARPs تمام ڈسپلے ڈومین اور motifs جو ممکنہ طور پر نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ میں ملوث ہیں (شکل 1)۔

شکل 1. IFN- جوابی PARPs کا ڈومین فن تعمیر۔ تمام IFN- جوابی PARP فیملی ممبران اپنے C-ٹرمنس پر محفوظ ADP-ribosyltransferase (ART) ڈومین پر مشتمل ہیں۔ PARP13 کے علاوہ دیگر PARPs کے ART ڈومین میں میریلیشن سرگرمی ہے [72,73]۔ PARP9، PARP14، اور PARP15 میں میکروڈومین (MD) کی تکرار ہوتی ہے، یا تو 2 جیسا کہ PARP9 اور PARP15 کے معاملے میں شکل 1۔ IFN- جوابی PARPs کا ڈومین فن تعمیر۔ تمام IFN- جوابی PARP فیملی ممبران اپنے C-ٹرمنس پر محفوظ ADP-ribosyltransferase (ART) ڈومین پر مشتمل ہیں۔ PARP13 کے علاوہ دیگر PARPs کے ART ڈومین میں میریلیشن سرگرمی ہے [72,73]۔ PARP9، PARP14، اور PARP15 میں میکروڈومین (MD) کی تکرار ہوتی ہے، یا تو PARP9 اور PARP15 کے معاملے میں 2، یا تین جیسا کہ PARP14 کے لیے دیکھا گیا ہے۔ تین میکروڈومینز کے علاوہ، PARP14 اپنے N-ٹرمینس پر دو RNA-recognition motifs (RRM) سے بھی لیس ہے، جو RNA-بائنڈنگ میں ثالثی کے لیے جانا جاتا ہے۔ اسی طرح، PARP10 اپنے N-ٹرمنس پر دو RRMs رکھتا ہے۔ PARP11-PARP14 ہاربر ون (PARP11, PARP14) یا دو WWE (PARP12, PARP13) ماڈیولز، جو پولی-ADP-ribose بائنڈنگ کی سہولت کے لیے جانا جاتا ہے۔ این ٹرمینل طور پر PARP12 اور PARP13 دونوں ونگڈ-ہیلکس نما (WH-l) DNA-بائنڈنگ ڈومینز پر مشتمل ہوتے ہیں جس کے بعد پانچ زنک فنگر موٹیفز (ZF) ہوتے ہیں، جو نیوکلک ایسڈ کے پابند ہونے کے لیے جانا جاتا ہے۔ PARP10 منفرد ہے، کیونکہ یہ خاندان کا واحد فرد ہے جو ubiquitin-interaction motifs (UIMs) سے لیس ہے، جس میں سے یہ اپنے C-ٹرمینل ہاف (BioRender.com کے ساتھ تخلیق کردہ) میں تین رکھتا ہے۔

PARP12 PARP13 کے مجموعی ڈومین ڈھانچے سے مشابہت رکھتا ہے اور اسی طرح کئی ZnFs سے لیس ہے۔ ان ڈومینز کو دیگر افعال کے علاوہ نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ ماڈیولز کے طور پر اچھی طرح سے بیان کیا گیا ہے، اور جیسا کہ میزبان پیتھوجین تعاملات میں وسیع پیمانے پر شامل ہیں [85]۔ یہ سوالات کو بھڑکاتا ہے کہ PARP12 کے ZnFs کو کون سا فنکشن تفویض کیا جا سکتا ہے اور کیا یہ RNA سینسنگ میں شامل ہیں۔ اس بات کے جمع ہونے والے ثبوت موجود ہیں کہ میکروڈومین ایک اضافی نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ ماڈیول کی نمائندگی کرتے ہیں۔ حال ہی میں، PARP9 کو اس کے پہلے میکروڈومین [15] کے ذریعے ثالثی وائرل RNA کا پابند دکھایا گیا ہے۔ TARG1 کے ساتھ ساتھ [86] کے لیے RNA کے پابند ہونے کی صلاحیت کا مظاہرہ کیا گیا ہے۔ نیوکلک ایسڈز کے لیے بائنڈنگ ماڈیول کے طور پر میکروڈومین بھی کچھ وائرل میکروڈومینز (MDs) کے نتائج سے قائم کیا گیا ہے۔ چکن گونیا وائرس (CHIKV) یا وینزویلا انسیفلائٹس وائرس (VEEV) کے vMD کو ssRNA [87] کو باندھتے ہوئے دکھایا گیا ہے، جب کہ SARS-Coronavirus کے دوسرے اور تیسرے vMD (SARS منفرد ڈومینز، SUD) کو G-quadruplexes کو باندھنے کے لیے دکھایا گیا ہے۔ [88,89]۔ PARP9 کے علاوہ، PARP14 اور PARP15 کا تعلق میکروڈومین پر مشتمل IFN- محرک PARPs سے ہے۔ جبکہ PARP14 macro2 اور macro3 کے ساتھ ساتھ PARP15 macro2 کو MAR [75,90] سے منسلک کرنے کے لیے شناخت کیا گیا ہے، دونوں پروٹینوں کے اندر پہلے میکروڈومین کا کام اب بھی غیر محفوظ ہے۔ تاہم، ترتیب کے موازنہ کی بنیاد پر وہ فائیلوجنیٹک طور پر ایس ایس آر این اے وائرس کے ذریعے انکوڈ کیے گئے ہائیڈرولائٹک میکروڈومینز سے قریب تر ہیں، ہو سکتا ہے کہ وہ آر این اے بائنڈنگ میں بھی قابلیت کا اندازہ لگا سکیں (شکل 2)۔ اپنے میکروڈومینز کے علاوہ، PARP14 اپنے N-ٹرمینس کے قریب دو RNA-پہچاننے والی شکلیں (RRMs) دکھاتا ہے، جو ایک اندرونی طور پر خراب علاقے (IDR، PONDR کا استعمال کرتے ہوئے امینو ایسڈ کی ترتیب کے تجزیہ کے مطابق) اس کے دیگر فعال ڈومینز سے الگ ہوتے ہیں۔ یہ PARP10 کا بھی معاملہ ہے (PONDR کے ذریعے تجزیہ) (شکل 1)۔ RRMs بلکہ IDRs انفرادی طور پر یا باہمی تعاون سے RNA بائنڈنگ [91–93] میں ثالثی کر سکتے ہیں۔ عام طور پر، ایک سے زیادہ RRMs مل کر کام کرتے ہیں اس طرح مناسب RNA بائنڈنگ اور RNA کی خصوصیت فراہم کرتے ہیں [94]۔ PARPs کے اس ذیلی سیٹ کے نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ طریقوں کا جائزہ لینا دلچسپی کا باعث ہوگا۔ کیا یہ ڈومینز واقعی غیر ملکی نیوکلک ایسڈز کو مضبوط اینٹی وائرل ردعمل میں حصہ ڈالنے کا احساس رکھتے ہیں؟

Figure 2. Phylogenetic tree of humans and some selected viral macrodomains. Amino acid sequences (>sp|O75367|184-370_MacroH2A1.1; >sp|Q9P0M6|184-370_MacroH2A1.2; >sp|Q9P0M6|184 -370_MacroH2A2; >sp|Q86WJ1|704-897_ALC1; >sp|Q9Y530|2-152_TARG; >sp|Q8IXQ6|107- 296_PARP9-macro1; >sp|Q8IXQ6|306-487_PARP9-macro2; >sp|Q460N5|791-978_PARP14- macro1; >sp|Q460N5|1003-1190_PARP14-macro2; >sp|Q460N5|1216-1387_PARP14-macro3; >sp|Q460N3|78-267_PARP15-macro1; >sp|Q460N3|293-464_PARP15-macro2; >sp|Q9BQ69|141- 322_MacroD1; >sp|A1Z1Q3|59-240_MacroD2; >sp|Q9NXN4|43-223_GDAP2; >sp|P36328|1330- 1489_VEEV-macro; >sp|Q8JUX6|1334-1493_CHIKV-macro; >sp|Q8QZ73|1335-1493_MAYVmacro; >sp|P0DTD1|1025-1194_SARSCoV2-macro1; >sp|P0DTD1|1231-1359_SARSCoV2- macro2; >sp|P0DTD1|1367-1494_SARSCoV-macro3; >sp|Q9WC28|775-921_HEV-macro; >sp|K9N7C7|1110-1276_MERS-macro1; >سپ

4.4 IFN-منظم PARPs بطور میزبان پابندی کے عوامل

جیسا کہ پہلے ہی کہا جا چکا ہے، PARP12 کے پاس PARP13 جیسی ڈومین تنظیم ہے لیکن اس کا ART ڈومین انزیمیٹک سرگرمی دکھاتا ہے [16] (شکل 1)۔ جب کہ PARP13 پہلے سے ہی پیدائشی مدافعتی ردعمل میں PRR کے طور پر اپنے کردار کے لیے جانا جاتا ہے، اسی طرح کا فعل PARP12 [11,96] کے لیے وضع کیا جا سکتا ہے۔ تاہم، اب تک تجرباتی طور پر PARP12 RNA بائنڈنگ کی تصدیق نہیں ہوسکی ہے، لیکن PARP12 سے SGs [67,97,98] میں بھرتی ہونے کے شواہد موجود ہیں۔ ایس جیز تناؤ پر منحصر رکے ہوئے ٹرانسلیشن کمپلیکس اور PAR [67,99] کی وجہ سے mRNA میں افزودہ کنڈینسیٹ ہیں۔ ان کنڈینسیٹس میں PARP12 کا لوکلائزیشن اس کے ZnFs اور WWE ڈومینز پر منحصر ہے، یہ تجویز کرتا ہے کہ RNA اور PAR دونوں کو ممکنہ طور پر پابند کرنے کی صلاحیت PARP12 کو SGs [97,98] میں لوکلائز کرنے پر اکساتی ہے۔ قابل غور بات یہ ہے کہ RNA بائنڈنگ کی طرح، PARP12 کے WWE ڈومین کی طرف سے PAR بائنڈنگ کو تجرباتی طور پر توثیق نہیں کیا گیا ہے۔ SG بیالوجی گرینولز میں PARP12 کا ایک فعال کردار ابھی تک ملنا باقی ہے، لیکن جیسا کہ SGs کو وائرل انفیکشن کے لیے پہلی لائن کے ردعمل کے طور پر زیر بحث لایا جاتا ہے، ان کنڈینسیٹس کا ضابطہ اور/یا ترمیم PARP12 کے اینٹی وائرل ایکشن کا ایک طریقہ ہو سکتا ہے [100 ] یہ بتانے کے قابل ہے کہ PARP13 اور PARP12 کے علاوہ، PARP14 اور PARP15 کو بھی ایس جی پروٹین کے طور پر شناخت کیا گیا ہے، کم از کم جب زیادہ اظہار خیال کیا جائے [67]۔ یہ تجزیہ کرنا دلچسپ ہوگا کہ آیا PARP12، PARP13 کے مشابہ، RNA ٹرن اوور اور/یا ترجمہ کو منظم کرتا ہے اور آیا یہ وائرل RNAs تک محدود ہے یا متاثرہ اور اس طرح دباؤ والے خلیوں میں میزبان mRNAs کے لیے بھی متعلقہ ہو سکتا ہے۔ PARP12 کے لیے RNA-بائنڈنگ پروٹین کے بطور ثبوت کی ایک اضافی لائن حالیہ SARS-CoV-2 تحقیق سے اخذ کی گئی ہے۔ SARS-CoV-2 RNA جینوم کے ساتھ تعامل کرنے والے میزبان عوامل کی شناخت نے PARP12 اور PARP13 کو تعامل کرنے والے پروٹین کے طور پر ظاہر کیا [58,101]۔

درحقیقت، PARP12 کی شناخت کچھ وائرسوں کے لیے پابندی کے عنصر کے طور پر کی گئی ہے [81,102,103]۔ ایک ممکنہ طریقہ کار جس پر تبادلہ خیال کیا جا رہا ہے وہ ہے سیلولر ٹرانسلیشن کی ماڈیولیشن کے ذریعے الفا وائرس کی نقل کو محدود کرنا [102]۔ VEEV انفیکشن پر، PARP12 رائبوزوم اور متعدد پروٹینوں کے ساتھ پیچیدہ معلوم ہوتا ہے جو ترجمہ میں کردار ادا کرتے ہیں [102]۔ یہ ایس جی بیالوجی اور/یا ان کنڈینسیٹس کی ماڈیولیشن کا لنک بھی فراہم کر سکتا ہے کیونکہ وہ رکے ہوئے ٹرانسلیشن کمپلیکس میں افزودہ ہوتے ہیں [100]۔ اس کے علاوہ، PARP12 اپنے WWE ڈومینز [104,105] کے ذریعے PARP11 کے ساتھ تعامل پر حقیقت میں Zika وائرس (ZIKV) کی نقل کو محدود کرتا ہے۔ یہاں، وائرل غیر ساختی پروٹین NS1 اور NS3 کے PARylation کو فروغ دے کر پابندی کے اثر کو پروٹیزومل انحطاط [104,105] کے لیے نشانہ بنایا جاتا ہے۔ یہ PARP13.1 کے لیے دکھائے گئے عمل کے موڈ سے مشابہت رکھتا ہے جس میں IAV پروٹینز کو PAR کے ذریعے پروٹاسومل انحطاط کے لیے بنایا گیا ہے [62]۔ ایک بار پھر، غالباً دیگر PARP انزائمز بھی اس عمل میں شامل ہیں، کیونکہ PARylation نہ تو PARP12 اور نہ ہی PARP11 [72] کے ذریعے اتپریرک ہوتا ہے۔ PARP11 کی شناخت IFN سگنلنگ کے ریگولیٹر کے طور پر کی گئی ہے۔ یہ ایک ubiquitin E3 ligase -TrcP کے میریلیشن کو متحرک کرتا دکھایا گیا ہے۔ اس کے نتیجے میں IFN/رسیپٹر 1 (IFNAR1) کی ہر جگہ اور ٹرن اوور PARP11 [106] کے ذریعہ IFN سگنلنگ کے فیڈ بیک کنٹرول کی نشاندہی کرتا ہے۔ PARP9، PARP14 اور PARP15 کے ساتھ، میکروڈومین پر مشتمل PARPs میں سے ایک ہے [16] (شکل 1)۔ تاہم، آج تک، یہ PARP9 کے لیے مکمل طور پر واضح نہیں ہوسکا ہے، چاہے اس میں ADP-ribosylating سرگرمی ہے یا نہیں [16]۔ PARP9 میکروڈومینز کی شناخت ڈی این اے کو پہنچنے والے نقصان [107,108] پر PARylating enzyme PARP1 کے ساتھ PARP9 اجتماعی عمل کو فعال کرنے کے لیے پابند کرنے کے لیے کی گئی ہے۔ مزید برآں، PARP9 کے لیے ایک اینٹی وائرل کردار پر تبادلہ خیال کیا گیا ہے۔ ڈینڈریٹک خلیوں میں، انفلوئنزا اے، ایک مائنس اسٹرینڈ آر این اے وائرس، PARP9 [15] کے اظہار کو اکساتا ہے۔ مزید، زنگ اور ساتھیوں نے مائنس سینس آر این اے وائرس ویسیکولر اسٹومیٹائٹس وائرس اور چوہوں میں ڈی ایس آر این اے ریووائرس انفیکشن کے خلاف PARP9 کے حفاظتی اثر کی اطلاع دی، جبکہ یہ اثر DNA-وائرس ہرپس سمپلیکس وائرس قسم 1 (HSV-1 کے ساتھ نہیں ہوتا ہے۔ ) [15]۔ انہوں نے PARP9 کا پہلا میکروڈومین 1100 بیس پیئرز (bp) سے لے کر 1400 bp (ٹیبل 1) تک وائرل dsRNA کے پابند ہونے کے لیے ضروری پایا۔ مزید برآں، PARP9 phosphoinositide-3-kinase/protein kinase B (PI3K/AKT) سگنلنگ پاتھ وے [15] کو چالو کرکے ٹائپ-I IFN کی پیداوار میں خاطر خواہ تعاون کرتا ہے۔ تاہم، بہت سے عملوں کے لیے، PARP9 E3 ubiquitin ligase کے ساتھ ایک heterodimer بناتا ہے E3 ubiquitin ligase L (DTX3L) کو حذف کرتا ہے۔ وہ ایک ساتھ مل کر ڈی این اے کو پہنچنے والے نقصان کی مرمت اور اینٹی وائرل دفاع میں کردار ادا کرتے ہیں [15,108]۔ DTX3L/PARP9 heterodimer منتخب طور پر ubiquitin [108] کو میریلیٹ کرنے کی صلاحیت رکھتا ہے۔ مصنفین تجویز کرتے ہیں کہ یہ ترمیم PARP9 [108] کی اتپریرک سرگرمی پر منحصر ہے۔ روسو اور ساتھیوں نے پایا کہ DTX3L/PARP9 heterodimer ISGs کی شمولیت پر ADP-ribosylation میں مرکزی کردار ادا کرتا ہے۔ ایسا لگتا ہے کہ یہ خود PARP9 سرگرمی سے آزاد ہے، جو کہ دیگر MARylating PARPs کے ساتھ ممکنہ کراسسٹالک یا ان پروٹینوں کی مشترکہ کارروائی کا مشورہ دیتا ہے۔ مجموعی طور پر میریلیشن میں اضافہ SARS-CoV-2 nsP3 macrodomain1 [109,110] کی ہائیڈرولیز سرگرمی سے الٹا ہے۔ 2016 میں، Iwata اور ساتھیوں نے ٹرانسکرپشن 1 (STAT1) اور STAT6 کے سگنل ٹرانسڈیوسر اور ایکٹیویٹر کو PARP14 کے ذریعے وٹرو میں ADP-ribosylated پایا، یہ عمل PARP9 کے ذریعے دبایا گیا ہے۔ انہوں نے مزید دعوی کیا کہ STAT1 فاسفوریلیشن کو PARP14 ثالثی STAT1 ADP-ribosylation [111] کے ذریعہ روکا جاسکتا ہے۔ مزید برآں، میکروفیجز میں PARP14 کا ایک سوزش آمیز کردار، interleukin (IL)-4 ردعمل کو فروغ دیتا ہے اور IFN- حوصلہ افزائی ردعمل کو دباتا ہے، مشاہدہ کیا گیا [111]۔ اگرچہ اس کام کو سخت تنقید کا سامنا کرنا پڑا ہے [112]، کم از کم PARP{102}}PARP14 تعامل کی تصدیق دوسرے گروہوں کے تعاون سے مدافعتی تجربات میں ہوئی ہے [113]۔ Grunewald اور ساتھیوں کا مشورہ ہے کہ PARP14 IFN ردعمل دونوں کو منظم کر سکتا ہے، ADP-ribosylation پر منحصر ہے، لیکن اس کی اتپریرک سرگرمی [114] سے بھی آزاد ہے۔ مزید، انہوں نے Parp14 کی روک تھام اور دستک ڈاؤن تجربات میں ماؤس ہیپاٹائٹس وائرس (MHV) کی بڑھتی ہوئی وائرل نقل کا مشاہدہ کیا، جو PARP14 کی اینٹی وائرل صلاحیتوں کی تجویز کرتا ہے [114]۔ چکن گونیا وائرس (CHIKV) کے لیے وائرل کراس لنکنگ اور ٹھوس فیز پیوریفیکیشن (VIR-CLASP) کے تجربات میں، PARP14 اور PARP9 کی شناخت CHIKV-RNA انٹرایکٹرز کے طور پر کی گئی تھی [115]۔ اس کے برعکس، IAV جینوم کے انٹرایکٹرز کے لیے ایک اسکرین نے مونو-ARTDs میں سے کسی کے تعامل کو ظاہر نہیں کیا [115]۔ PARP14 میں تین میکروڈومینز ہیں اور macro2 اور macro3 کو MARylated PARP10 سے منسلک کرنے کی اطلاع دی گئی ہے لیکن ایسا لگتا ہے کہ ان میں ہائیڈرولیز سرگرمی کی کمی ہے اور اس لیے انہیں میریلیشن [75] کے قارئین کے طور پر سمجھا جاتا ہے۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ PARP14 macrodomain1 کو کم از کم ترتیب کی سطح پر، SARS-CoV-2 میکروڈومین (شکل 2) [116,117] سے مشابہت کے لیے بیان کیا گیا ہے۔ PARP14 PARP خامروں میں سب سے بڑا ہے اور اس کے N-ٹرمینس پر ایک RNA ریکگنیشن موٹف (RRM) ہے جس کے بعد ایک طویل اندرونی طور پر بے ترتیب خطہ ہے، جس کا کام ابھی تک نامعلوم ہے [118]۔ PARP14 Lipopolysaccharide (LPS) محرک (ٹیبل 1) [119] پر tristetraprolin (TTP) کے ساتھ ہم آہنگی میں ٹشو فیکٹر mRNA کے 3'UTR سے منسلک ہے۔ تاہم، PARP14 کے کون سے ڈومینز اس تعامل میں شامل ہیں یا اگر PARP14-ثالثی ADP-ribosylation اس تعامل میں تعاون کرتا ہے تو اس کا تعین ہونا باقی ہے [119]۔ PARP14 کے نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ کی اطلاع بھی ریلی اور ساتھیوں نے دی ہے، جنہوں نے PARP14 (ٹیبل 1) کے ذریعے پہچانے گئے دو پوٹیٹو ڈی این اے موٹیفز پائے۔ یہ شکلیں انٹرلییوکن-4 (Il-4) اور Il-5 کے فروغ دینے والے علاقے میں موجود ہیں اور PARP14 کا T مددگار ٹائپ 2 (Th2) سائٹوکائنز کے اظہار میں ایک کردار ہوتا ہے۔ 120]۔ چوہوں [121] میں الرجک رد عمل میں PARP14 کے کردار سے متعلق نتائج سے اس کی مزید تائید ہوتی ہے۔ PARP14 بنیادی طور پر سائٹوسول میں مقامی پایا گیا تھا اور ایل پی ایس کے علاج پر نیوکلئس میں منتقل ہوتا ہے [113]۔ ایسا لگتا ہے کہ یہ دوسرے پروٹینوں کی نیوکلئس میں نقل مکانی میں بھی شامل ہے، خاص طور پر وہ جو IFN inducible ہیں [113]۔ PARP10 ہیماٹوپوائٹک خلیوں میں بہت زیادہ اظہار کیا جاتا ہے، پیدائشی استثنیٰ [122] میں فعال کردار کی حمایت کرتا ہے۔ PARP12 کی طرح، PARP10 کو وائرل نقل کے لیے محدود دکھایا گیا ہے [81,102,103]۔ اتاشیوا اور ساتھیوں نے ظاہر کیا کہ VEEV جینوم کے اندر دوسرے ذیلی جینومک پروموٹر سے PARP10 کا اظہار ترجمہ کی روک تھام میں ہوتا ہے [102]۔ تاہم، PARP10 ترجمہ میں کس طرح مداخلت کرتا ہے یہ کھلا رہتا ہے۔ اسی طرح، کیا ترجمہ کی یہ ممکنہ ترمیم اس کی اینٹی وائرل سرگرمی کو تسلیم کرتی ہے، یہ واضح نہیں ہے۔

ٹیبل 1۔ کلاسیکی PRRs اور IFN- ریگولیٹڈ PARPs کے RNA- پابند طریقوں کا جائزہ۔

حال ہی میں، CHIKV کے غیر ساختی پروٹین (nsP) 2 کی شناخت PARP10 سبسٹریٹ کے طور پر کی گئی ہے۔ میریلیشن این ایس پی 2 کی پروٹولوٹک سرگرمی کو متاثر کرتی ہے، جو نقل کے لیے ضروری ہے [81]۔ CHIKV nsPs کا ترجمہ پولی پروٹینز کے طور پر کیا جاتا ہے جسے انفرادی nsPs میں پروسیس کرنے کی ضرورت ہوتی ہے، جو بعد میں فنکشنل ریپلیکشن کمپلیکس کی تشکیل کرتے ہیں [123]۔ اس طرح، PARP10 کی اینٹی وائرل سرگرمی کم از کم جزوی طور پر وائرل پروٹین کی ترمیم اور ضابطے کے ذریعے ثالثی کی جا سکتی ہے۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ CHIKV-nsP2 کی MARylation صرف اس وقت دیکھی گئی جب ان وٹرو ٹرانسکرائبڈ RNA ریپلکن کی منتقلی کے ذریعے وائرل انفیکشن کی نقل کرتے ہوئے۔ GFP-nsP2 اور PARP10 کا پلازمیڈ پر مبنی ہم آہنگی میریلیشن [81] کو دلانے کے لئے کافی نہیں تھا۔ اسی طرح کے نتائج ADP-ribosylation کا مطالعہ کرتے ہوئے murine ہیپاٹائٹس وائرس (MHV) سے انفیکشن کے تناظر میں دیکھے گئے، ایک کورونا وائرس۔ MHV کا نیوکلیو کیپسڈ (N) پروٹین صرف MHV انفیکشن پر ADP-ribosylated پایا گیا تھا اور جب خلیوں میں ظاہری طور پر ظاہر کیا گیا تھا تو اس میں ترمیم میں ناکامی ہوئی تھی [80]۔ یہ نتائج قیاس آرائیوں کو فروغ دیتے ہیں۔ کیا وائرل RNA کی موجودگی PARP10 کے ساتھ ساتھ دیگر PARPs کی مکمل ایکٹیویشن کے لیے ضروری ہے؟ N-terminally PARP10 کے پاس N-ٹرمینس کے قریب دو RRMs ہیں۔ اس کے بعد اندرونی طور پر خراب، گلائسین سے بھرپور ڈومین (شکل 1) آتا ہے۔ آیا یہ نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ کو قابل بناتے ہیں اس سوال کو حل کرنے کے لیے تحقیقات کی ضرورت ہے کہ آیا PARP10 PRR کے طور پر کام کر سکتا ہے۔ جیسا کہ اوپر بتایا گیا ہے، RNA کی شناخت میریلیشن [83,84,124,125] کے ذیلی ذخیرے کے طور پر کی گئی ہے۔ PARP10 کے ساتھ ساتھ PARP15 کے الگ تھلگ کیٹلیٹک ڈومینز وٹرو میں ssRNA کے ٹرمینل 50 فاسفیٹ کو ماریلیٹ کرنے کے قابل ہیں۔ تاہم، ان پروٹینوں کی مکمل لمبائی کی مختلف حالتیں وٹرو میں ایسا کرنے میں ناکام رہیں [83,84]۔ ADP-ribosyltransferase جس کی شناخت MARylate RNA کو وٹرو اور خلیوں میں مکمل لمبائی والے پروٹین کے طور پر کی گئی ہے، TRPT-1 ہے۔ 50 - P-RNA کا میریلیشن ترجمہ کو روکنے کے لیے دکھایا گیا ہے [84]۔

4.5 وائرل RNA کے سینسر کے طور پر IFN- ریگولیٹڈ PARPs پر تناظر

cistanche tubulosa - مدافعتی نظام کو بہتر بنانا

ان نتائج سے کیا اخذ کیا جا سکتا ہے؟ بالکل واضح طور پر، PARPs اینٹی وائرل دفاع میں شامل ہیں۔ IFN-responsive PARP انزائمز کے اس ذیلی سیٹ کو پیدائشی استثنیٰ سے جوڑنے کے بڑھتے ہوئے ثبوت موجود ہیں، جیسا کہ حالیہ جائزوں میں خلاصہ کیا گیا ہے [16,109,118]۔ تاہم چونکہ یہ ایک ابھرتا ہوا اور تیزی سے ترقی کرتا ہوا تحقیقی میدان ہے، اس لیے کافی کھلے سوالات ہیں جن پر توجہ دی جائے اور ان کا جواب دیا جائے۔ IFNs کے ذریعہ شامل کرنے کے علاوہ، ہم مشکل سے یہ سمجھتے ہیں کہ ان PARP جینوں کے اظہار اور انکوڈ شدہ پروٹین کے کام کو کس طرح منظم کیا جاتا ہے۔ ان کی اتپریرک سرگرمی کو کس طرح منظم کیا جاتا ہے؟ کیا MAR سرگرمی کے درست ضابطے کی ضرورت ہے؟ ان پروٹینوں کا ٹرن اوور کیسے حاصل ہوتا ہے؟ متنوع پروٹین ڈومینز کے افعال کیا ہیں جن سے یہ PARP پروٹین لیس ہیں؟ کیا ان مختلف ڈومینز کے درمیان کراسسٹالک ہے اور، اس پر توسیع کرتے ہوئے، کیا وہ MAR سرگرمی سے الگ فعالیت فراہم کرتے ہیں؟ مزید یہ کہ، انفرادی انزائمز کس طرح ایک مضبوط اینٹی وائرل ردعمل کے قیام میں تعاون کرنے کے لیے ہم آہنگی پیدا کرتے ہیں؟ سبسٹریٹ مالیکیولز (پروٹین یا نیوکلک ایسڈ) کیا ہیں جو ایک یا دوسرے روگزن کے خلاف مدافعتی ردعمل کو ٹھیک کرنے کے لیے ہیں؟ مخصوصیت کیسے حاصل کی جاتی ہے؟ اس آخری حصے میں، ہم ان سوالات کے ممکنہ جوابات پر قیاس کرنا چاہتے ہیں۔ ان کی ڈومین تنظیم (شکل 1) کی بنیاد پر، ہم قیاس کرتے ہیں کہ PARPs کا یہ ذیلی سیٹ غیر ملکی لیکن ممکنہ طور پر سیلولر نیوکلک ایسڈز کے ساتھ بھی تعامل کرتا ہے۔ وائرل RNAs بہت سارے ثانوی ڈھانچے کی نمائش کرتے ہیں، جو RNA کی ترتیب اور/یا ترمیم کے ساتھ پہچاننے اور پابند کرنے کی اجازت دے سکتے ہیں [126,127]۔ یہ پیچیدہ ثانوی ڈھانچے، زیادہ تر وائرل RNAs کے 5'UTR اور 3'UTR میں واقع ہیں، انہیں بہت سے ssRNA سینسروں کے ذریعے پہچاننے سے بچاتے ہیں [128]۔ اس کے علاوہ، وائرس نے مختلف حکمت عملی تیار کی ہے، جیسے کیپ چھیننا (میزبان mRNA سے ٹوپی چوری کرنا) یا کلاسیکی PRRs [129] کے ذریعے پہچان سے بچنے کے لیے ٹوپی کی نقل۔ اس طرح، یہ قابل فہم ہے کہ PARPs، جیسے PARP9، کام میں آتے ہیں (شکل 3)۔ RNA کو پابند کرنے سے، وہ کلاسیکی PRRs کو چالو کرنے میں مدد کر سکتے ہیں، جیسا کہ PARP13 کے لیے RIG-I [11] کے ساتھ کنسرٹ میں دکھایا گیا ہے۔

شکل 3. غیر ملکی RNA کے سینسر کے طور پر IFN- ریگولیٹڈ PARPs اور اس تعامل کے ممکنہ نتائج۔

سوزش کی ایکٹیویشن کا براہ راست تعلق ابھی تک واضح نہیں کیا گیا ہے، لیکن NLRP3، جو RNAs کی ایک وسیع رینج پر چالو ہوتا ہے، مکمل طور پر لوازماتی پروٹینز پر انحصار کرتا ہے، کیونکہ اس میں کوئی اندرونی RNA- پابند کرنے کی صلاحیت نہیں ہے [49]۔ ایسے حالات میں، PARPs نیوکلک ایسڈز کو محسوس کرنے کے لیے عمل میں آ سکتے ہیں اور اس کے نتیجے میں PRR ایکٹیویشن سے منسلک اور ثالثی کر سکتے ہیں۔ یہ میریلیشن کے ذریعے کنٹرول کیا جا سکتا ہے۔ درحقیقت، NLRP3 کا ADP-ribosylation پہلے ہی دکھایا جا چکا ہے۔ PARP1 کی طرف سے PARylation اس کے ایکٹیویشن اور اس کے نتیجے میں سوزش کی اسمبلی [130] میں معاون ہے۔ بیکٹیریل ٹاکسن کے ذریعہ NLRP3 کی مزید میریلیشن کا مظاہرہ کیا گیا ہے تاکہ سوزش کو چالو کرنے میں مدد ملے [131]۔ یہ جانچنا دلچسپ ہوگا کہ آیا IFN- ریگولیٹڈ PARPs RNA- سینسنگ اور سوزش کے عمل کو ختم کر سکتے ہیں اور کیا یہ میریلیشن سے آزاد ہے۔ آر این اے بائنڈنگ PARP انزائمز کی ایکٹیویشن کو متحرک کر سکتی ہے اور مخصوصیت میں حصہ ڈال سکتی ہے، جیسا کہ CHIKV-nsP2 یا MHV کے N-پروٹین کے نتائج سے تجویز کیا گیا ہے (شکل 3) [80,81]۔ ان مطالعات میں، وائرل پروٹین میں تبدیلی صرف انفیکشن کے بعد دیکھی جا سکتی ہے اور اس طرح وائرل RNA کی موجودگی۔ نیوکلک ایسڈ پر منحصر انزائم ایکٹیویشن کا تصور طویل عرصے سے PARP1 کے لیے جانا جاتا ہے، جو ZnF III اور ART ڈومین [132] کے درمیان کراس اسٹالک کی وجہ سے صرف Nicked DNA کی موجودگی پر مکمل طور پر فعال ہوتا ہے۔ اس طرح کے ڈومین کراسسٹالک IFN ریگولیٹڈ PARPs کے لیے بھی اچھی طرح سے قابل تصور ہے۔ ایکٹیویشن کا ایک اور طریقہ، اگرچہ اس وقت انتہائی قیاس آرائی پر مبنی ہے، اس کا موازنہ کیا جا سکتا ہے کہ کس طرح RIG-I کو چالو کیا جاتا ہے [25]۔ PARP10 اور PARP14 میں موجود RRMs اور طویل اندرونی طور پر خراب گلائسین سے بھرپور خطہ ایک غیر فعال تشکیل میں حصہ ڈال سکتا ہے، جو اس وقت کھلتا ہے جب پروٹین RNA کے ساتھ تعامل کرتے ہیں (شکل 3)۔ اس طرح کی زیادہ کھلی تشکیل اس کے بعد اتپریرک سرگرمی اور/یا ذیلی جگہوں کی شناخت کی اجازت دے سکتی ہے۔ اس طرح، یہ واضح کرنا دلچسپ ہوگا کہ آیا اس طرح کے انٹرمولیکولر تعاملات ہوتے ہیں اور ان کو کیسے منظم کیا جاتا ہے۔ مزید، حال ہی میں PARP انزائمز کی بے ضابطگی پر تبادلہ خیال کیا گیا ہے [133]۔ ہم آہنگی کو شریک عوامل سے دور کیا جا سکتا ہے۔ مثال کے طور پر، HPF-1 PARP1 سرگرمی کو سیرین میں ترمیم کی طرف ہدایت کرتا ہے اور DTX3L کو PARP9 کیٹلیٹک سرگرمی [108,134] سے نوازنے کے لیے تبادلہ خیال کیا گیا ہے۔ ایک دلچسپ خیال یہ ہے کہ شریک عوامل کے طور پر کام کرنے والے پروٹین کے علاوہ، RNA بھی مخصوصیت کا اظہار کر سکتا ہے اس طرح ذیلی ذخیرے کے ممکنہ ذخیرے کو منتقل کر سکتا ہے (شکل 3)۔ اس کو مزید سوچتے ہوئے، RNA بائنڈنگ کے نتیجے میں آٹوموڈیفیکیشن کی بجائے مخصوص سبسٹریٹ ترمیم بھی ہو سکتی ہے۔ مزید برآں، کچھ PARPs کی اتپریرک سرگرمی کی روک تھام کو ان کے استحکام میں اضافہ کرنے کے لیے دکھایا گیا ہے، جس سے یہ ظاہر ہوتا ہے کہ آٹو ترمیم پروٹاسومل انحطاط کو اکساتی ہے [82]۔ اس طرح، ان PARPs کی آر این اے بائنڈنگ سبسٹریٹ کی خصوصیت میں تبدیلیوں کی وجہ سے آٹوموڈیفیکیشن کو کم کر سکتی ہے، اس طرح IFN- جوابی PARPs کے استحکام کو فروغ دیتا ہے۔ پروٹین میں یہ اضافہ پیتھوجین نیوکلک ایسڈز کو پہچاننے کی سیلولر صلاحیت کو بڑھانے کے لیے اہم ہو سکتا ہے۔ مزید برآں، ایک بار جب انفیکشن کا تناؤ حل ہو جاتا ہے اور خلیات سے غیر ملکی RNA کا خاتمہ ہو جاتا ہے، PARPs اپنے انحطاط کو فروغ دیتے ہوئے، خودکار ترمیم پر واپس آ جائیں گے۔ اس طرح، اس طرح کا منظر ابتدائی طور پر بڑھاتا ہے اور بعد میں پیدائشی مدافعتی ردعمل کے بروقت بند ہونے میں حصہ لیتا ہے، اس طرح قوت مدافعت کو ختم کرنے کی حقیقت کی وجہ سے زہریلے اثرات کو روکتا ہے۔ پی پی اے آر پی انزائمز کی آر این اے بائنڈنگ صلاحیتیں وائرل ترجمہ میں مداخلت کر سکتی ہیں۔ الفا وائرس، مثال کے طور پر، اعلیٰ سی پی جی مواد پر مشتمل ہوتا ہے اور اس لیے PARP13 [129] کے ذریعے پہچانا اور نشانہ بنایا جاتا ہے۔ بدلے میں PARP13 کو یوکرائیوٹک ٹرانسلیشن انیشیشن فیکٹر 4G (eIF-4G) اور eIF-4A [129] کے ساتھ تعامل کرتے ہوئے دکھایا گیا۔ میکروڈومین سے وابستہ PARPs SARS-CoV-2 RNA ترجمہ میں مداخلت کر سکتے ہیں۔ SARS-CoV-2 nsP3 ER سے حاصل شدہ ڈبل میمبرین ویسیکلز [60] میں مقامی بناتا ہے۔ nsP3 کا SUD، دو وائرل میکروڈومینز اور ڈومین سے پہلے والے ubiquitin-like 2 (Ubl2) اور papain-like protease 2 (PL2pro) (DPUP) پر مشتمل ہے، کو رائبوزوم اور پولیڈینیلیٹ بائنڈنگ پروٹین کے ساتھ بات چیت کرتے ہوئے دکھایا گیا ہے۔ PAIP1) [128]۔ یہ تعامل وائرل ترجمہ کے لیے اہم سمجھا جاتا ہے۔ مزید برآں، SUD میں میکروڈومین G-quadruplexes کو باندھنے کے قابل ہونے کے لیے جانا جاتا ہے اور، macro3 کی صورت میں، شاید پولی-A [128]۔ وائرل RNA کا nsP3 SUD میکروڈومینز سے منسلک ہونا انہیں انسانی میکروڈومینز کی پہچان سے بھی بچا سکتا ہے۔ تاہم، یہ مفروضہ اب بھی کافی مبہم ہے، کیونکہ یہ ابھی تک نہیں دکھایا گیا ہے کہ وائرل RNA CoV-2 SUD MDs سے منسلک ہوتا ہے، اور نہ ہی یہ کہ انسانی MD یہاں وائرل RNA کے ساتھ منسلک ہونے کے قابل ہوں گے۔ متبادل کے طور پر، وائرل میکروڈومینز mRNAs کی میزبانی کا پابند ہو سکتے ہیں اور اس طرح nsP1 [128] کے ساتھ مل کر ان کے ترجمے میں رکاوٹ بن سکتے ہیں۔ تاہم، دونوں صورتوں میں SUD سے متصل وائرل میکرو 1 N-ٹرمینل کی قربت کو نوٹ کرنا بھی دلچسپ ہے۔ میکرو 1 میں ہائیڈرولیس سرگرمی ہے، یہ تجویز کرتی ہے کہ PARPs یا ADP-ribosylation ان کے ترجمے میں مداخلت کرکے وائرس کو کم کرنے میں ملوث ہیں [135]۔ وائرل RNA بذات خود ایک سبسٹریٹ ہو سکتا ہے (شکل 3)۔ ان وٹرو اسٹڈیز پوری لمبائی PARP10 یا PARP15 [84] کے ذریعہ میریلیشن کو ظاہر کرنے میں ناکام رہی۔ تاہم، ان وٹرو تجربات میں استعمال ہونے والے 5'-P-RNA-Stretch کی مصنوعی نوعیت کو دیکھتے ہوئے، PARP انزائمز کے ذریعے RNA میں ترمیم کو خارج نہیں کیا جا سکتا۔ ایک بار پھر، RNA کی ساختی اور/یا ترتیب کی شکلیں بائنڈنگ اور میریلیشن کی سرگرمی اور/یا خصوصیت کو تبدیل کرنے کے لیے اہم ہو سکتی ہیں، جن پہلوؤں کو مستقبل کی تحقیق کے ذریعے واضح کیا جانا ہے۔ PARPs کے درمیان تعامل اور تعاون بھی RNA کے ذریعے ثالثی کر سکتا ہے۔ ان میں سے کئی PARPs، کم از کم جب حد سے زیادہ ظاہر ہوتے ہیں تو خلیات میں کنڈینسیٹس بنتے ہیں [136]۔ آر این اے بہت سے کنڈینسیٹس میں ایک سہار کے طور پر اہم کردار ادا کرتا ہے۔ MARylation RNA کے علاوہ ان PARPs کو ایسے کنڈینسیٹس میں بھرتی کرنے کی اجازت دے سکتا ہے۔ TARG1 کے ساتھ مطالعہ کی بنیاد پر، RNA بائنڈنگ اور APD-ribose بائنڈنگ خاص نہیں ہیں، یہ تجویز کرتے ہیں کہ میکروڈومینز MAR سگنلز کے ساتھ ساتھ RNA کو ایک ہی وقت میں پہچاننے کے قابل ہو سکتے ہیں [86]۔ غیر ملکی RNA کے سینسر کے طور پر PARPs کے اس قیاس آرائی پر مبنی خیال اور اس RRNA تعامل کے ممکنہ نتیجے کے بعد، اب بھی ایک واضح سوال کا جواب دینا باقی ہے۔ کیا IFN ریگولیٹڈ PARPs کو سخت ضابطے کی ضرورت ہے؟ چونکہ وہ پیدائشی استثنیٰ میں ملوث ہیں، کیا ڈی ریگولیشن یا متحرک تبدیلیاں PARPs کو خود کار قوت مدافعت سے جوڑتی ہیں؟ قابل غور بات یہ بھی ہے کہ PARP انزائمز ایک دو دھاری تلوار کے طور پر کام کر سکتے ہیں، نہ صرف ایک اینٹی وائرل کردار ادا کرتے ہیں بلکہ کچھ وائرسز کے ذریعے ان کا استحصال بھی کیا جاتا ہے۔ ایسا ہی ایک امیدوار PARP11 ہو سکتا ہے، IFN سگنلنگ [106] کے جوابی توازن کے طور پر۔

cistanche tubulosa - مدافعتی نظام کو بہتر بنائیں

5. نتائج

پچھلے سالوں نے ثبوت کی کئی لائنیں تخلیق کی ہیں جو اس بات کی نشاندہی کرتی ہیں کہ MARylating ARTDs کا ذیلی سیٹ پیدائشی استثنیٰ میں کردار ادا کرتا ہے۔ پروٹین کے ساتھ اور حال ہی میں RNA بھی MARylation ممکنہ میکانزم کے ذیلی حصے ہیں اور یہ کہ وہ کس طرح ایک مضبوط اینٹی وائرل ردعمل دیتے ہیں اس پر تبادلہ خیال اور جائزہ لیا جا رہا ہے۔ اے آر ٹی ڈومین اور کیٹلیٹک سرگرمی کے ذریعہ ماڈیولیشن کے علاوہ، مختلف دیگر ڈومینز کے ممکنہ کردار، جن کے ساتھ IFN-ریگولیٹڈ PARPs لیس ہیں، اینٹی وائرل سرگرمیوں میں ان کے ممکنہ تعاون کے لیے توجہ میں آ رہے ہیں۔ یقینی طور پر، ہم ان PARP پروٹینز کے افعال کی ضروری تفصیلات کو سمجھنے سے بہت دور ہیں تاکہ وہ پیدائشی قوت مدافعت میں ان کے ملوث ہونے کی ایک جامع تصویر کھینچ سکیں۔ بہر حال، اس جائزے میں، ہم اس بات کے امکانات پیش کرتے ہیں کہ کس طرح ART ڈومین کے علاوہ اضافی ڈومینز پیدائشی مدافعتی سگنلنگ میں حصہ ڈال سکتے ہیں۔ ان کے افعال کے بارے میں مزید مکمل تفہیم حاصل کرنا اور وائرل اور میزبان عوامل، پروٹین اور RNA دونوں کے ساتھ باہمی تعامل، یقینی طور پر فارماسولوجیکل مداخلت کے لیے نئے نقطہ آغاز کی وضاحت کرے گا۔

حوالہ جات

1. کارٹی، ایم. گائے، سی۔ بووی، AG پیدائشی استثنیٰ کے ذریعے وائرل انفیکشنز کا پتہ لگانا۔ بائیو کیم۔ فارماکول۔ 2021، 183، 114316۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

2. چاؤ، کے ٹی؛ گیل، ایم، جونیئر؛ Loo, YM RIG-I اور دیگر RNA سینسر اینٹی وائرل امیونٹی میں۔ انو Rev. Immunol. 2018، 36، 667–694۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

3. کہا، ای اے؛ ٹریمبلے، این. البلوشی، ایم ایس؛ الجبری، ع۔ Lamarre، D. ہمارے خلیات کے ذریعے دیکھے گئے وائرس: وائرل RNA سینسر کا کردار۔ J. Immunol. Res. 2018، 2018، 9480497۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

4. فٹزجیرالڈ، کے اے؛ کاگن، جے سی ٹول نما رسیپٹرز اور قوت مدافعت کا کنٹرول۔ سیل 2020، 180، 1044–1066۔ [کراس ریف]

5. ہافنر، کے پی؛ ہورننگ، V. مالیکیولر میکانزم اور cGAS-STING سگنلنگ کے سیلولر افعال۔ نیٹ Rev. Mol. سیل بائیول۔ 2020، 21، 501–521۔ [کراس ریف]

6. لوگرین، جے؛ مارٹنن، ایف اے آئی ایم 2 سوزش: پیتھوجینز اور سیلولر رکاوٹوں کا سینسر۔ امیونول۔ Rev. 2018, 281, 99–114. [کراس ریف]

7. ریہونکل، جے۔ گیک، MU RIG-I-جیسے رسیپٹرز: RNA سینسنگ میں ان کا ضابطہ اور کردار۔ نیٹ Rev. Immunol. 2020، 20، 537–551۔ [کراس ریف]

8. زاؤ، سی.؛ Zhao, W. NLRP3 انفلاماسوم - اینٹی وائرل جوابات میں ایک کلیدی کھلاڑی۔ سامنے والا۔ امیونول۔ 2020، 11، 211۔ [کراس ریف]

9. شلی، ایم؛ ہارٹ مین، جی. نیوکلک ایسڈ سینسنگ میں خود کو غیر خود سے امتیاز کرنا۔ نیٹ Rev. Immunol. 2016، 16، 566–580۔ [کراس ریف]

10. Schwartz, SL; کون، اینٹی وائرل پروٹین 20 -50 -اولیگواڈینیلیٹ سنتھیٹیس کا GL RNA ریگولیشن۔ ولی انٹر ڈسپِسِپ۔ Rev. RNA 2019, 10, e1534. [کراس ریف]

11. فیکریلی، ایم. نیل، ایس جے ڈی؛ سوانسن، وزیراعلیٰ نے ZAP اینٹی وائرل سسٹم کے ذریعے وائرل جین کے اظہار اور نقل کی پابندی کو نشانہ بنایا۔ انو Rev. Virol. 2021، 8، 265–283۔ [کراس ریف]

12. اوشیومی، ایچ۔ کوواکی، ٹی. Seya, T. Cytoplasmic وائرل RNA سینسر کے آلات کے عوامل اینٹی وائرل پیدائشی مدافعتی ردعمل کے لیے درکار ہیں۔ سامنے والا۔ امیونول۔ 2016، 7، 200۔ [کراس ریف]

13. Su, C.; تانگ، YD؛ زینگ، C. DExD/H-box helicases: antiviral innate immunity میں ملٹی فنکشنل ریگولیٹرز۔ سیل مول لائف سائنس. 2021، 79، 2۔ [کراس ریف]

14. ولیمز، ایف پی؛ Haubrich, K.; پیریز بورراجیرو، سی۔ ہیننگ، جے. یوبیوکیٹین لیگیسس کے TRIM خاندان میں ابھرتے ہوئے RNA- پابند کردار۔ بائول کیم 2019، 400، 1443–1464۔ [کراس ریف]

15. زنگ، جے؛ ژانگ، اے. Du, Y.; فینگ، ایم. منزے، ایل جے؛ لیو، وائی جے؛ لی، ایکس سی؛ ژانگ، Z. پولی (ADP-ribose) پولیمریز 9 (PARP9) کی شناخت ڈینڈریٹک خلیوں میں RNA وائرس کے لیے ایک نان کینونیکل سینسر کے طور پر۔ نیٹ کمیون 2021، 12، 2681۔ [کراس ریف]

16. لوشر، بی. Verheirstraeten، M. کریگ، ایس. کورن، پی. ہوسٹ-وائرس انٹرفیس پر انٹرا سیلولر مونو-ADP-ribosyltransferases۔ سیل مول لائف سائنس. 2022، 79، 288۔ [کراس ریف]

17. دوان، ٹی. Du, Y.; زنگ، سی. وانگ، ایچ وائی؛ وانگ، RF ٹول لائک ریسیپٹر سگنلنگ اور سیل میں ثالثی استثنیٰ میں اس کا کردار۔ سامنے والا۔ امیونول۔ 2022، 13، 812774۔ [کراس ریف]

18. لنڈ، این اے؛ رایل، VE؛ پیسٹل، K.؛ لیو، بی؛ بارٹن، نیوکلک ایسڈ سینسنگ ٹول نما رسیپٹرز کا جی ایم ریگولیشن۔ نیٹ Rev. Immunol. 2022، 22، 224–235۔ [کراس ریف]

19. Vierbuchen, T.; سٹین، K.؛ ہائن، H. RNA اپنا نقصان اٹھا رہا ہے: صحت اور بیماری پر RNA- مخصوص ٹول نما رسیپٹرز کا اثر۔ الرجی 2019، 74، 223–235۔ [کراس ریف]

20. کراسلی، ایم پی؛ گانا، سی. Bocek, MJ; چوئی، جے ایچ؛ Kousorous, J.; ستھراچندا، اے۔ لن، سی. بریکنر، جے آر؛ بائی، جی؛ لینس، ایچ. ET رحمہ اللہ تعالی. R-loop سے ماخوذ سائٹوپلاسمک RNA-DNA ہائبرڈ مدافعتی ردعمل کو چالو کرتے ہیں۔ فطرت 2023، 613، 187–194۔ [کراس ریف]

21. وونگسورات، ٹی۔ گپتا، اے. Jenjaroenpun، P.؛ Owens, S.; Forrest, JC; Nookaew, I. ہزاروں وائرل جینومز میں R-loop-forming Sequences Analysis Herpesviruses میں ایک نئے عام عنصر کی نشاندہی کرتا ہے۔ سائنس Rep. 2020, 10, 6389۔ [CrossRef] [PubMed]

22. تنجی، ایچ. اوہٹو، یو۔ شیباٹا، ٹی. تاوکا، ایم. یاماوچی، وائی۔ Isobe, T.; Miyake، K.؛ شمیزو، T. ٹول نما رسیپٹر 8 سنگل پھنسے ہوئے RNA کی تنزلی کی مصنوعات کو محسوس کرتا ہے۔ نیٹ ساخت مول بائول 2015، 22، 109–115۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

23. ژانگ، زیڈ؛ اوہٹو، یو۔ شیباٹا، ٹی. Krayukhina, E.; تاوکا، ایم. یاماوچی، وائی۔ تانجی، ایچ. Isobe, T.; اچیاما، ایس. Miyake، K.؛ ET رحمہ اللہ تعالی. ساختی تجزیہ سے پتہ چلتا ہے کہ ٹول نما رسیپٹر 7 گوانوسین اور سنگل سٹرینڈڈ آر این اے کے لیے دوہری رسیپٹر ہے۔ استثنیٰ 2016، 45، 737–748۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

24. تھورسن، ڈی. وانگ، ڈبلیو. Galls, D.; گو، آر. Xu, L.; پائل، AM RIG-I ایکٹیویشن اور سگنلنگ کا مالیکیولر میکانزم۔ امیونول۔ Rev. 2021, 304, 154-168. [کراس ریف] [پب میڈ]

25. وانگ، ڈبلیو. پائل، AM RIG-I ریسیپٹر وائرل RNA ligands سے میزبان کو ممتاز کرنے کے لیے دو مختلف شکلیں اپناتا ہے۔ مول سیل 2022, 82, 4131–4144.e6۔ [کراس ریف]

26. برک، آئی سی؛ لی، وائی۔ موڈیز، Y. وائرل RNA کی پیدائشی مدافعتی شناخت کی ساختی بنیاد۔ سیل مائکروبیول 2013، 15، 386–394۔ [کراس ریف]

27. برنز، اے ایم؛ Horvath، RLR-ثالثی RNA کی شناخت اور اینٹی وائرل سگنلنگ میں MDA5 کے ساتھ CM LGP2 ہم آہنگی۔ سائٹوکائن 2015، 74، 198–206۔ [کراس ریف]

28. وو، بی؛ پیسلی، اے. رچرڈز، سی. یاو، ایچ. زینگ، ایکس۔ لن، سی. چو، ایف۔ والز، ٹی. Hur, S. MDA5 کے ذریعے dsRNA کی شناخت، فلیمینٹ کی تشکیل، اور اینٹی وائرل سگنل ایکٹیویشن کے لیے ساختی بنیاد۔ سیل 2013، 152، 276–289۔ [کراس ریف]

29. ساتوہ، ٹی. کاٹو، ایچ. کماگئی، وائی۔ یونیاما، ایم؛ ساتو، ایس. Matsushita, K.; Tsujimura, T.; فوجیتا، ٹی. اکیرا، ایس. Takeuchi, O. LGP2 RIG-I- اور MDA5-ثالثی اینٹی وائرل ردعمل کا ایک مثبت ریگولیٹر ہے۔ پروک ناٹل اکاد۔ سائنس USA 2010, 107, 1512-1517. [کراس ریف]

30. زو، Z. ژانگ، ایکس۔ وانگ، جی؛ ژینگ، ایچ. جینیات اور فزیالوجی کی لیبارٹری 2: اس RIG-I-جیسے رسیپٹر کے متنازعہ افعال میں ابھرتی ہوئی بصیرت۔ BioMed Res. انٹر 2014، 2014، 960190۔ [کراس ریف]

31. سانچیز ڈیوڈ، آر وائی؛ Combredet, C.; سیسمیرو، او۔ ڈیلیز، ایم اے؛ جگلا، بی۔ Coppee, JY; مورا، ایم؛ Guerbois Galla, M.; Despres، P.؛ ٹینگی، ایف۔ ET رحمہ اللہ تعالی. مختلف RIG-I-جیسے ریسیپٹرز پر وائرل RNA دستخطوں کا تقابلی تجزیہ۔ Elife 2016, 5, e11275. [کراس ریف]

32. رین، ایکس۔ لائنہن، ایم ایم؛ Iwasaki, A.; پائل، AM RIG-I منتخب طور پر 50 - مونو فاسفیٹ RNA کے خلاف امتیاز کرتا ہے۔ سیل کا نمائندہ 2019، 26، 2019–2027.e2014۔ [کراس ریف]

33. لی، ایکس۔ لیو، سی ایکس؛ زیو، ڈبلیو. Zhang, Y.; جیانگ، ایس. ین، کیو ایف؛ وی، جے؛ یاو، آر ڈبلیو؛ یانگ، ایل. چن، LL وائرل انفیکشن میں NF90/NF110 کے ساتھ کوآرڈینیٹڈ سرک آر این اے بائیوجنسیس اور فنکشن۔ مول سیل 2017, 67, 214–227.e217۔ [کراس ریف]

34. سیٹو، ٹی. اوون، ڈی ایم؛ جیانگ، ایف. Marcotrigiano، J.؛ Gale, M., Jr. ہیپاٹائٹس سی وائرس RNA کی ساخت پر منحصر RIG-I کی شناخت سے پیدا ہونے والی پیدائشی استثنیٰ۔ فطرت 2008، 454، 523–527۔ [کراس ریف]

35. شنیل، جی؛ لو، وائی ایم؛ Marcotrigiano، J.؛ Gale, M., Jr. HCV RNA کے پولی-U/UC ٹریکٹ کی یوریڈین کی ترکیب RIG-I کے ذریعے خود کو نہ پہچاننے کی وضاحت کرتی ہے۔ پی ایل او ایس پیتھوگ۔ 2012، 8، e1002839۔ [کراس ریف]

36. پیسلی، اے. جو، ایم ایچ؛ لن، سی. وو، بی؛ Orme-Johnson, M.; والز، ٹی. ہونگ، ایس. Hur، S. MDA5 filaments کے ذریعے وائرل dsRNA کی لمبائی کے امتیاز کے لیے Kinetic میکانزم۔ پروک ناٹل اکاد۔ سائنس USA 2012, 109, E3340–E3349۔ [کراس ریف]

37. پیسلی، اے. لن، سی. وو، بی؛ Orme-Johnson, M.; لیو، ایم؛ والز، ٹی. Hur، S. کوآپریٹو اسمبلی اور وائرل dsRNA کی شناخت کے لیے MDA5 filaments کی متحرک جداگانہ۔ پروک ناٹل اکاد۔ سائنس USA 2011, 108, 21010-21015. [کراس ریف]

38. Pippig, DA; Hellmuth, JC; Cui, S.; کرچوفر، اے. Lammens, K.; Lammens, A.; شمٹ، اے. Rothenfusser, S.; Hopfner، KP RIG-I فیملی ATPase LGP2 کا ریگولیٹری ڈومین ڈبل پھنسے ہوئے RNA کو محسوس کرتا ہے۔ نیوکلک ایسڈ Res. 2009، 37، 2014–2025۔ [کراس ریف]

39. اچیکاوا، ای. لیتھیئر، ایم. مالٹ، ایچ. برونیل، جے؛ Gerlier, D.; Cusack، S. dsRNA بائنڈنگ کا اینٹی وائرل پیٹرن ریکگنیشن ریسیپٹرز LGP2 اور MDA5 کا ساختی تجزیہ۔ مول سیل 2016، 62، 586–602۔ [کراس ریف]

40. لیمیر، PA؛ اینڈرسن، ای. لیری، جے؛ کول، dsRNA کے ذریعے PKR ایکٹیویشن کا JL میکانزم۔ جے مول بائول 2008، 381، 351–360۔ [کراس ریف]

41. زینگ، ایکس۔ Bevilacqua، پی سی ایکٹیویشن پروٹین کناز PKR کی مختصر ڈبل پھنسے ہوئے RNAs کے ذریعے واحد پھنسے ہوئے دم کے ساتھ۔ آر این اے 2004، 10، 1934–1945۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

42. Nallagatla, SR; ہوانگ، جے؛ ٹورونی، آر. زینگ، ایکس؛ کیمرون، عیسوی؛ Bevilacqua، PC 50 - مختصر اسٹیم لوپس کے ساتھ RNAs کے ذریعے PKR کی ٹرائی فاسفیٹ پر منحصر ایکٹیویشن۔ سائنس 2007، 318، 1455–1458۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

43. کول، JL PKR کی ایکٹیویشن: ایک کھلا اور بند کیس؟ ٹرینڈز بائیو کیم۔ سائنس 2007، 32، 57–62۔ [کراس ریف] [پب میڈ]

44. ڈونووان، جے؛ ڈفنر، ایم؛ Korennykh, A. انسانی oligoadenylate synthetase کے ذریعے سائٹوسولک ڈبل سٹرینڈڈ RNA کی نگرانی کے لیے ساختی بنیاد 1. Proc. ناٹل اکاد۔ سائنس USA 2013, 110, 1652-1657. [کراس ریف]

45. ابسن، ایم ایس؛ Gad, HH; تھاواچیلوام، کے. بوسن، ٹی. Despres، P.؛ Hartmann, R. 20 -50 - oligoadenylate synthetase 3 انزائمز RNase L ایکٹیویشن کے لیے درکار 20 -50 - oligoadenylates کی مضبوطی سے ترکیب کرتے ہیں۔ جے ویرول۔ 2014، 88، 14222–14231۔ [کراس ریف]

46. ​​کول، اے. ڈیو، ایس. بوائے، ای پی؛ Orriss, GL; Genung، M.؛ McKenna، SA انسانی 20 -50 - oligoadenylate synthetase 2 (OAS2) کے فعال ہونے پر ڈبل پھنسے ہوئے RNA خصوصیات کا اثر۔ بائیو کیم۔ سیل بائول 2020، 98، 70-82۔ [کراس ریف]

47. ہوانگ، ایچ. ذکیراج، ای. ڈونگ، بی؛ جھا، بی کے؛ ڈفی، این ایم؛ اورلیکی، ایس. تھیواکمارن، این۔ تالقدار، ایم۔ پیلن، ایم سی؛ Ceccarelli، DF؛ ET رحمہ اللہ تعالی. pseudokinase RNase L کی dimeric ساخت 2-5A سے منسلک ہے جو انٹرفیرون کی حوصلہ افزائی اینٹی وائرل سرگرمی کی بنیاد کو ظاہر کرتی ہے۔ مول سیل 2014، 53، 221–234۔ [کراس ریف]

48. آدمی، ایس ایم؛ کارکی، آر. کنیگنٹی، TD AIM2 انفیکشن، کینسر، اور خود سے قوت مدافعت میں سوزش: ڈی این اے سینسنگ، سوزش، اور پیدائشی قوت مدافعت میں کردار۔ یور J. Immunol. 2016، 46، 269–280۔ [کراس ریف]

49. Xiao, TS نیوکلک ایسڈ سینسنگ انفلاماسومز۔ امیونول۔ Rev. 2015, 265, 103–111. [کراس ریف]

50. کمار، V. دی ٹرنٹی آف cGAS، TLR9، اور ALRs گارڈینز آف دی سیلولر گلیکسی اگینسٹ ہوسٹ سے ماخوذ سیلف ڈی این اے۔ سامنے والا۔ امیونول۔ 2020، 11، 624597۔ [کراس ریف]

51. Krupina، K.؛ Goginashvili, A.; کلیولینڈ، ڈی ڈبلیو مائکرونیوکلی کی وجوہات اور نتائج۔ کرر رائے۔ سیل بائیول۔ 2021، 70، 91-99۔ [کراس ریف]

52. بوہن، جے اے؛ DaSilva, J.; Kharytonchyk, S.; مرسڈیز، ایم. ووسٹرز، جے۔ Telesnitsky, A.; Hatziioannou, T.; سمتھ، نیوکلک ایسڈ بائنڈنگ میں JL لچک APOBEC3H اینٹی وائرل سرگرمی کا مرکز ہے۔ جے ویرول۔ 2019، 93، ای01275-19۔ [کراس ریف]

53. فلام، اے۔ شروڈر، M. DExD/H-box RNA ہیلیکیسز اینٹی وائرل فطری قوت مدافعت اور وائرل نقل کے لیے ضروری میزبان عوامل کے ثالث کے طور پر۔ بائیوکیم۔ بائیوفیس۔ ایکٹا 2013، 1829، 854–865۔ [کراس ریف]

54. کینٹن، جے؛ نیکولائی، ڈی۔ Grinstein, S. Scavenger receptors in homeostasis and immunity. نیٹ Rev. Immunol. 2013، 13، 621–634۔ [کراس ریف]

55. Schwerk، J.؛ Soveg, FW; ریان، اے پی؛ تھامس، کے آر؛ ہیٹ فیلڈ، ایل ڈی؛ Ozarkar, S.; Forero, A.; کیل، AM؛ رابی، جے اے؛ تو، L. ET رحمہ اللہ تعالی. RNA بائنڈنگ پروٹین isoforms ZAP-S اور ZAP-L میں الگ الگ اینٹی وائرل اور مدافعتی ریزولوشن کے افعال ہوتے ہیں۔ نیٹ امیونول۔ 2019، 20، 1610-1620۔ [کراس ریف]

56. Hayakawa, S.; شیراتوری، ایس. یاماتو، ایچ. کامیاما، ٹی. Kitatsuji، C.؛ کاشیگی، ایف۔ گوٹو، ایس. کامیوکا، ایس. فوجیکورا، ڈی۔ یامادا، ٹی. ET رحمہ اللہ تعالی. ZAPS اینٹی وائرل ردعمل کے دوران RNA ہیلیکیس RIG-I کے ذریعہ ثالثی سگنلنگ کا ایک طاقتور محرک ہے۔ نیٹ امیونول۔ 2011، 12، 37–44۔ [کراس ریف]