SARS-CoV-2 Omicron کے خلاف مونوکلونل اینٹی باڈیز کا ان سلیکو تجزیہ

رابطہ:joanna.jia@wecistanche.com/ واٹس ایپ: 008618081934791

خلاصہ

Omicron کو WHO نے 26 نومبر 2021 کو VOC کے طور پر نامزد کیا تھا، اس کی ترتیب کو پہلی بار جمع کرنے کے صرف 4 دن بعد۔ تاہم، موجودہ اینٹی باڈیز اور ویکسین پر Omicron کا اثر نامعلوم ہے اور تشخیص ابھی چند ہفتے دور ہیں۔ ہم نے ایپیٹوپس کے خلاف اومیکرون مختلف حالتوں میں تغیرات کا تجزیہ کیا۔ ہمارے ڈیٹا بیس میں، 120 اینٹی باڈیز کے 132 ایپیٹوپس کو پانچ گروپوں میں درجہ بندی کیا گیا ہے، یعنی NTD، RBD-1، RBD-2، RBD-3، اور RBD-4۔ Omicron اتپریورتن NTD، RBD-1، RBD-2، اور RBD-3 میں تمام ایپیٹوپس کو متاثر کرتی ہے، ان اتپریورتنوں سے کوئی اینٹی باڈی ایپیٹوپس نہیں بچتا ہے۔ 120 میں سے صرف چار اینٹی باڈیز اومیکرون اسپائیک میں تغیرات کے خلاف مکمل مزاحمت فراہم کر سکتی ہیں کیونکہ ان تینوں گروہوں میں موجود تمام اینٹی باڈیز میں ایک یا زیادہ ایپیٹوپس ہوتے ہیں جو ان تغیرات سے متاثر ہوتے ہیں۔ EUA کے تحت تمام اینٹی باڈیز میں سے، Etesevimab، Bamlanivimab، Casirivimab، Imdevima، Cilgavimab، Tixagevimab، Sotrovimab، اور Regdanvimab کی غیر جانبداری کی صلاحیت مختلف ڈگریوں تک کم ہو سکتی ہے۔ ہمارے تجزیہ سے پتہ چلتا ہے کہ Omicron کے موجودہ علاج کے اینٹی باڈیز پر Omicron سپائیک اتپریورتنوں کا اثر موجودہ پر بھی لاگو ہو سکتا ہے۔COVID-19 ویکسینز.

مطلوبہ الفاظ: SARS-CoV-2;omicron اینٹی باڈی ویکسین

1 سکول آف بایومیڈیکل سائنسز، لی کا شنگ فیکلٹی آف میڈیسن، یونیورسٹی آف ہانگ کانگ،

ہانگ کانگ، چین؛ yefanhu@connect.hku.hk

2 شعبہ طب، لی کا شنگ فیکلٹی آف میڈیسن، یونیورسٹی آف ہانگ کانگ،

Hong Kong, China; tyaucc@hku.hk

3 CAS کلیدی لیبارٹری آف کوانٹیٹیو انجینئرنگ بیالوجی، شینزین انسٹی ٹیوٹ آف سنتھیٹک بائیولوجی،

شینزین انسٹی ٹیوٹ آف ایڈوانسڈ ٹیکنالوجی (SIAT)، چینی اکیڈمی آف سائنسز،

شینزین 518055، چین؛ jc.hu@siat.ac.cn

4 شعبہ مائکرو بایولوجی، لی کا شنگ فیکلٹی آف میڈیسن، یونیورسٹی آف ہانگ کانگ،

Hong Kong, China; hinchu@hku.hk

5 گوانگ ڈونگ ہانگ کانگ مشترکہ لیبارٹری برائے آر این اے میڈیسن، سن یات سین یونیورسٹی،

گوانگزو 510120، چین

1. تعارف

کرنٹ کے دورانکورونا وائرس کی بیماری 2019(COVID-19) شدید ایکیوٹ ریسپائریٹری سنڈروم کورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) کی وجہ سے ہونے والی وبائی بیماری، عالمی ادارہ صحت (WHO) SARS-CoV-2 کی مختلف حالتوں کا سراغ لگا رہا ہے۔ تشویش کی مختلف قسمیں (VOCs)، دلچسپی کی مختلف قسمیں (VOIs)، یا مختلف حالتیں زیر نگرانی (VUMs) [1]۔ پچھلے VOCs بشمول الفا (پینگو نسب B.1.1.7)، بیٹا (B.1.351)، گاما (P.1)، اور ڈیلٹا (B.1.617.2 اور AY) کو عام طور پر ان کے 3 سے 6 ماہ بعد نامزد کیا گیا تھا۔ سب سے پہلے اطلاع دی گئی. سب سے حالیہ VOC، Omicron (B.1.1.529 یا BA*) کا نام 26 نومبر 2021 کو رکھا گیا تھا، اس کی ترتیب پہلی بار جمع ہونے کے صرف 4 دن بعد [2]۔ فوری کارروائی کا اشارہ اومیکرون اسپائک میں غیر معمولی طور پر بڑی تعداد میں تغیرات کی نشاندہی کے ذریعے کیا گیا، جس میں N-ٹرمینل ڈومین (NTD) میں 10 اور رسیپٹر بائنڈنگ ڈومین (RBD) میں 15 تغیرات شامل ہیں [3]۔ جب کہ اس طرح کے اتپریورتن نمبروں نے علاج کے اینٹی باڈیز اور ویکسین پر اثرات کی توثیق میں تاخیر کی۔

cistanche tcmمدافعتی کے لئے

یہاں، ہم اپنے SARS-CoVs-2 سپائیک اینٹی باڈی ڈیٹا بیس کا استعمال کرتے ہوئے ویکسینز اور اینٹی باڈیز پر Omicron اسپائیک میوٹیشن کے اثرات کا جائزہ لیتے ہیں۔ ہمارے تجزیہ سے پتہ چلتا ہے کہ Omicron کی تبدیلیاں NTD، RBD-1، RBD-2، اور RBD-3 میں تمام ایپیٹوپس کو متاثر کرتی ہیں، ان اتپریورتنوں سے کوئی اینٹی باڈی بائنڈنگ سائٹس نہیں بچتی ہیں۔ RBD-4 میں صرف چار اینٹی باڈیز اومیکرون اسپائک میں اتپریورتنوں کے خلاف مکمل مزاحمت فراہم کر سکتی ہیں۔ EUA کے تحت تمام اینٹی باڈیز میں سے، Etesevimab، Bamlanivimab، Casirivimab، Imdevima، Cilgavimab، Tix-Kageyama، Sotrovimab، اور Regdanvimab کی غیر جانبداری کی صلاحیت مختلف ڈگریوں تک کم ہو سکتی ہے۔ ہمارا تجزیہ تجویز کرتا ہے کہ Omicron اسپائک اتپریورتنوں کے ذریعہ موجودہ علاج کے اینٹی باڈیز پر Omicron کا اثر موجودہ COVID-19 ویکسینز پر بھی لاگو ہو سکتا ہے۔

2. طریقے

ہم نے پروٹین ڈیٹا بینک (PDB) میں جاری کردہ پروٹین ڈھانچے کے ساتھ 132 تصدیق شدہ تعمیری ایپیٹوپس جمع کیے یا ادب میں تشریح شدہ ایپیٹوپ پیروں کے نشانات۔ پروٹین ڈھانچے کے ساتھ اینٹی باڈیز کے لیے، ایپیٹوپ کی باقیات کا حساب IEDB طریقہ [6] کے بعد کیا گیا تھا۔ بصورت دیگر، حوالہ کے نتائج سے جزوی ایپیٹوپ پوزیشنیں جمع کی گئیں۔ ایپیٹوپ فٹ پرنٹس کے ساتھ تمام اینٹی باڈیز کی تفصیلات، PDB رسائی نمبر، اور حوالہ DOI نمبرز ٹیبل S1 میں دکھائے گئے ہیں۔ کچھ اینٹی باڈیز مختلف مطالعات میں مختلف ایپیٹوپس دکھاتی ہیں، اور ہم نے انہیں مختلف ایپیٹوپس کے طور پر دستاویز کیا ہے۔ ہم نے مائیکروسافٹ پاورپوائنٹ کا استعمال کرتے ہوئے اسپائک پروٹین ایپیٹوپس کو پلاٹ کیا۔

کوسٹینچ

ہمارے ڈیٹا بیس میں، 132 مونوکلونل اینٹی باڈی ایپیٹوپس کو پانچ اینٹی جینک گروپس میں درجہ بندی کیا جا سکتا ہے: NTD [4]، RBD-1، RBD-2، RBD-3، اور RBD{{6} } [5]۔ ان ایپیٹوپس میں۔ 19 اینٹی باڈیز کے ذریعے پہچانے گئے 19 ایپیٹوپس این ٹی ڈی اینٹی جینک گروپ میں ہیں، جب کہ آر بی ڈی میں، 114 ایپیٹوپس 102 اینٹی باڈیز سے منسلک ہیں جو اسپائیک پروٹین کے آر بی ڈی کو نشانہ بناتے ہیں۔ اینٹی جینک گروپ RBD-1، RBD-2، RBD-3، اور RBD-4 کے لیے بالترتیب 42، 35، 22، اور 14 دستاویزی ایپیٹوپس ہیں، یہاں، NTD epitopes coyering باقیات پر مشتمل ہے 14-20۔{21}}.32. 61. 64.66. 68,69,71,76,77,97,98, 124, 140,142-158, 180-183,185-187, 211-218۔{39}}.259.260۔ اور سپائیک پروٹین کے 262؛ RBD-1 میں باقیات کا احاطہ کرنے والے epitopes 403-408, 414-417, 420. 421. 432. 439-441 شامل ہیں۔ 443-450۔ 452۔ 453۔ 455-460۔ 470-479۔ 481-496۔ 498-505۔ اور 508;RBD-2 میں 372, 403, 405, 406, 408, 409, 414-417, 420, 421, 440, 444-446, 449,450,{73}} کا احاطہ کرنے والے epitopes شامل ہیں , 470,471,473-478,481-487,489,490, 492-496, 498, and 500-505;RBD-3 باقیات کو ڈھانپنے والے ایپیٹوپس پر مشتمل ہے 333-335, 337, 339-347، 349، 351، 354-361.67.368۔{92}}.378.408.409.414.417،436-439۔{99}}.455.456.470.472.473.475۔ 478-494، 498-506، 508، اور 509؛ اور RBD-4 باقیات کا احاطہ کرنے والے ایپیٹوپس پر مشتمل ہے 353-357, 359,360,366,369-372,374-386,388-390,392,394,396,404,405,408,409,{111}} 388-390 ، 437، 462-466، 468، 500-506.508،514-521، اور 523۔

ہم نے ابتدائی اطلاع شدہ Omicron Spike کی ترتیب کو بطور حوالہ استعمال کیا (GISAID الحاق نمبر EPIISL_6590608 اور EPI_ISL_6754457)[2]۔ ہمارے تجزیہ میں، ایک اینٹی باڈی مکمل طور پر مزاحمت کرتا ہے۔ اومیکرون میں اتپریورتنوں میں اضافہ ہوتا ہے اگر ایپیٹوپس میں کسی تغیر کی نشاندہی نہیں کی جاتی ہے۔ بصورت دیگر، اینٹی باڈی متاثر ہو سکتی ہے۔

3. نتائج

اومیکرون اسپائیک میں تغیرات ممکنہ طور پر موجودہ ویکسینز اور اینٹی باڈی پر مبنی علاج کی تاثیر میں کمی سے وابستہ ہیں۔ ہمارے SARS-CoV-2مون-کلونل اینٹی باڈی ڈیٹا بیس میں 120 اینٹی باڈیز (ٹیبل ایس 1) کی 132 ساخت کی تصدیق شدہ کنفارمیشنل ایپیٹوپ معلومات کے ساتھ، صرف چار اینٹی باڈیز اومیکرون اسپائک میں ہونے والے تغیرات کے خلاف مکمل مزاحمت فراہم کر سکتی ہیں، کیونکہ کوئی تغیرات نہیں تھے۔ ان اینٹی باڈیز سے منسلک ایپیٹوپس پر شناخت کی جاتی ہے۔ مونوکلونل اینٹی باڈی ایپیٹوپس کو پانچ اینٹی جینک گروپوں میں درجہ بندی کیا جاسکتا ہے: NTD [4]، RBD-1، RBD-2، RBD-3، اور RBD-4 [5] (شکل 1A-E)۔

تصویر 1. SARS-CoV-2 Omicron کے تغیرات اور دستاویزی مونوکلونل اینٹی باڈیز کے ایپیٹوپس۔ پانچ اہم اینٹی جینک سائٹس پر ایپیٹوپس (A) NTD، (B) RBD-1، (C) RBD-2، (D) RBD-3، اور (E) RBD{{ 6}} دکھائے گئے ہیں۔ Omicron اتپریورتنوں کی تعداد (# Omicron mut) ہر ایک ایپیٹوپ میں تغیرات کی تعداد کو ظاہر کرتی ہے۔ بلیک باکسز Omicron اسپائک اتپریورتنوں کی نشاندہی کرتے ہیں۔ سرخ خانے ان اینٹی باڈیز کو نشان زد کرتے ہیں جو Omicron کے خلاف اثر کو برقرار رکھ سکتے ہیں۔ ڈیشڈ سرخ باکس EY6A [7] کی ایک قسم کو نشان زد کرتا ہے جس میں مزاحمت ہوسکتی ہے۔ ایپیٹوپس کی درجہ بندی گرینی اے جے، ایٹ ال پر مبنی ہے۔ [5]۔ ایپیٹوپس اور جوڑی والے اینٹی باڈیز ٹیبل S1 میں درج ہیں۔ (F) ہنگامی استعمال کی اجازت (EUA) کے تحت علاج کے اینٹی باڈیز کی تفصیلی معلومات کا اس مطالعہ میں تجزیہ کیا گیا ہے۔

sistanch

ہم نے ان پہلے شناخت شدہ ایپیٹوپس کے خلاف اومیکرون اسپائک میں تغیرات کا تجزیہ کیا۔ ہمارے نتائج بتاتے ہیں کہ اومیکرون اسپائیک میں تغیرات ڈرامائی طور پر NTD، RBD{{0}}، اور RBD-3 کو متاثر کرتے ہیں کیونکہ ان تینوں گروپوں میں موجود تمام اینٹی باڈیز ایک یا زیادہ ایپیٹوپس پر مشتمل ہوتی ہیں جو ان تغیرات سے متاثر ہوتے ہیں۔ (شکل 1A-D)۔ ان گروپس میں اوسطاً 2۔{5}}(معیاری خرابی، sd 0.92)، 3.29(sd,1.79)، اور 5۔ 1.14(sd1.19) RBD-4 میں ہر ایک کے لیے۔ اہم بات یہ ہے کہ RBD-4 کو نشانہ بنانے والی 4 اینٹی باڈیز Omi-cron spike (Figure 1E) میں تغیرات کے خلاف مکمل مزاحمت ظاہر کرتی ہیں۔ ان میں سے تین، بشمول S304 [8]، COVOX-45 [9]، اور S2H97 [10]، epitopes پر مشتمل ہیں جو Omicron spike میں تغیرات سے متاثر نہیں ہوتے ہیں۔ ان میں سے زیادہ تر اینٹی باڈیز میں متعدد SARS-CoV-2 VOCs، SARS.CoV-1، یا یہاں تک کہ پین-آربو وائرس کے خلاف کراس ری ایکٹیویٹی کی اعلی طاقت کا مظاہرہ کیا گیا ہے۔ تاہم، دوسرا NE C126، ایک غیرجانبدار اینٹی باڈی نہیں ہے، حالانکہ یہ تشویش کے اسپائک پروٹین کی کئی اقسام سے منسلک ہو سکتا ہے [11]۔ اس کے باوجود، یہ دلچسپ بات ہے کہ تمام اینٹی باڈیز جن میں اومیکرون میوٹیشنز کے خلاف مکمل مزاحمت ہوتی ہے، RBD-4 اینٹی جینک گروپ کو نشانہ بناتے ہیں۔

ہنگامی استعمال کی اجازت (EUA) کے تحت تمام اینٹی باڈیز میں سے، ہمارا ڈیٹا بیس Etesevimab (LY-CoVO16)[12]، Bamlanvimab (LY-CoV555)[13]، Casirivimab (REGN10933)، Imdevimab (REGN109487) کی غیرجانبداری کی صلاحیت کو تجویز کرتا ہے۔ Cilgavimab (AZD1061)۔ Tixagevimab (AZD8895)[15]، Sotrovimab (Vir-7831 یا S309) [8,16]، اور Reg Animal (CT-P59)[17] Omicron میں وسیع تغیرات کی وجہ سے مختلف ڈگریوں تک نم ہو سکتے ہیں۔ سپائیک (شکل 1F)۔ مطالعہ کے علاوہ RBD میں ایک ہی اتپریورتن کے ایک الگ اثر کی اطلاع دی گئی ہے، اور کچھ اینٹی باڈیز ڈرامائی طور پر ایک ہی اتپریورتن سے متاثر ہوئے ہیں [18]۔ مثال کے طور پر، صرف K417N Etesevimab کی غیرجانبدار سرگرمی کو نم کرتا ہے، اور E484A باملانیوماب کو نمایاں طور پر کمزور کرتا ہے۔ Imdevimab کی طرف سے حوصلہ افزائی کی جانے والی غیرجانبداری کو مکمل طور پر G446S کے ذریعے تباہ کیا جاتا ہے [18]۔ دیگر اینٹی باڈیز ایک سے زیادہ اتپریورتنوں سے متاثر ہوتی ہیں، جب کہ اس اتپریورتن کے مشترکہ اثر کا اندازہ صرف ایک اتپریورتن اثر کی بنیاد پر لگایا جا سکتا ہے۔ Regdanvimab کو Omicron میں K417N, E484A, Q493Rand Y505H کے ذریعے ایک ساتھ نم کیا جا سکتا ہے۔ Omicron میں Casirivimab کی طرف سے حوصلہ افزائی کی جانے والی غیرجانبداری K417N, E484A، اور Q493R سے مجموعی طور پر متاثر ہو سکتی ہے، حالانکہ ہر اتپریورتن antigenicity کو اعتدال سے تبدیل کرتی ہے۔ خوش قسمتی سے، دو اینٹی باڈیز صرف Omicron سپائیک میں ہونے والے تغیرات سے متاثر ہو سکتی ہیں۔ Sotrovimab صرف G339D اور N440K سے کمزور ہو سکتا ہے۔ Cilgavimab N440K اور G446S سے اعتدال سے متاثر ہو سکتا ہے۔ Omicron مختلف قسم سے لڑنے کے لئے موجودہ علاج کے اینٹی باڈی-کاک ٹیل کو اپ ڈیٹ کرنا فوری ہے۔

4. بحث

اس مطالعے میں، ہم نے 120 معروف اینٹی باڈیز کے 132 ایپیٹوپس کے خلاف اومیکرون مختلف حالتوں میں تغیرات کا تجزیہ کیا۔ ہمارے تجزیہ نے تجویز کیا کہ پانچ میں سے چار اینٹی جینک گروپس اومیکرون تغیرات سے متاثر ہوتے ہیں۔ RBD-4 antigenic گروپ میں صرف چار اینٹی باڈیز Omicron spike میں تغیرات کے خلاف پوری طرح مزاحم رہ سکتی ہیں۔ چونکہ ڈبلیو ایچ او [19] کی طرف سے منظور شدہ تمام ہنگامی استعمال کی فہرست (EUL) ویکسینز میں اسپائک پروٹین اوپر دیے گئے اینٹی باڈیز کو شامل کرنے کے لیے ایک جیسی/ایک جیسی ساختی بنیاد رکھتی ہے، ہمارا تجزیہ تجویز کرتا ہے کہ Omicron اسپائک کے ذریعے موجودہ علاجاتی اینٹی باڈیز پر Omicron کے اثرات۔ تغیرات کا اطلاق کرنٹ پر بھی ہو سکتا ہے۔COVID-19 ویکسینز.

ہمارا تجزیہ SARS-CoV-2 کے نئے ابھرنے والے مختلف قسم کا سامنا کرتے وقت وائرل سے بچنے کے تخمینے کے لیے ایک نئی بصیرت فراہم کرتا ہے۔ ماضی کے مطالعے نے غیر جانبداری کے تجربات کو درست تاریخ کے متغیر فرار کے لیے استعمال کیا۔ درست نتائج حاصل کرنے کے لیے تجرباتی توثیق کے لیے چند ہفتے درکار ہوتے ہیں۔ وبا کے دوران اس طرح کی تاخیر عوام کے لیے نقصان دہ ہو سکتی ہے ہمارا تجزیہ عوامی خوف و ہراس کو ختم کرنے کے لیے تیز اور درست پیشین گوئیاں پیش کر سکتا ہے۔ تاہم، ماضی کی مختلف حالتوں نے اسپائیک میں صرف ایک یا دو اہم تغیرات کو متاثر کیا، جو اتپریورتنوں کے مشترکہ اثر کی گہری سمجھ کو محدود کرتا ہے۔ ہمارے تجزیہ میں، مشترکہ اثر کا جامع تجزیہ فراہم کرنا مشکل ہے۔ مزید درست اندازے کے لیے، متعلقہ ڈیٹا دستیاب ہونے پر مستقبل میں متعدد تغیرات کے امتزاج اثر کو ماڈل بنایا جانا چاہیے۔

ہمارے تجزیے نے Omicron مختلف قسم کی antigenic شفٹ کا اندازہ لگایا۔ ہمارے ڈیٹا بیس میں، SARS-CoV-2 کے اسپائیک پروٹین میں پانچ بڑے اینٹی جینک گروپس ہیں۔ چونکہ اومیکرون اسپائک میں تغیرات نے چار بڑے اینٹی جینک گروپس کو مکمل طور پر متاثر کیا، اس سے ظاہر ہوتا ہے کہ SARS-CoV-2 کے اصل تناؤ کے مقابلے میں Omicron اسپائک کی اینٹی جینسٹی ڈرامائی طور پر تبدیل ہو گئی ہے۔ اینٹی جینک بڑھے ہوئے ماضی کے VOCs نے زیادہ سے زیادہ دو اینٹی جینک گروپوں کو متاثر کیا [5]۔ الفا اور ڈیلٹا کی مختلف حالتوں نے بالترتیب RBD-1 اور RBD-3 کو متاثر کیا، جبکہ بیٹا اور گاما نے RBD-1 اور RBD-2 [5] دونوں کو متاثر کیا۔ یہاں، Omicron ویریئنٹ نے ایک ہی وقت میں NTD، RBD-1، RBD-2، اور RBD-3 کی اینٹی جینسٹی کو مکمل طور پر تبدیل کر دیا (شکل 1)۔ ہمارے نتیجے نے تجویز کیا کہ اومیکرون اتپریورتنوں کے ذریعہ پیدا ہونے والی اینٹی جینک شفٹ نے مکمل طور پر نئی اینٹی جینک خصوصیات کے ساتھ ایک اسپائک پروٹین بنایا۔ ہمارے فوری تجزیے کے باوجود، Omicron کے antigenic drift یا شفٹ کے ساتھ ساتھ ان تغیرات کے دیگر اثرات کو درست کرنے کے لیے مزید تفصیلی تجربات کیے جانے چاہئیں۔

ہماری تلاشیں اگلی نسل کی ویکسین اور علاج کے اینٹی باڈیز کی نشوونما کے لیے تیزی سے رہنما خطوط فراہم کر سکتی ہیں۔ متعدد اتپریورتنوں کے ساتھ اومیکرون اسپائک مصنوعی طور پر بنائے گئے نیوٹرلائزیشن مزاحم پولیموٹینٹ [20] میں ان لوگوں سے زیادہ مماثلت کو ظاہر کرتا ہے، جس نے ویکسین اور ماضی کے انفیکشن، اور یہاں تک کہ ویکسینیشن کے بعد انفیکشن سے تحفظ کو نمایاں طور پر کمزور کیا ہے۔ Omicron یا مستقبل میں ابھرتی ہوئی دیگر اقسام کے خطرے کے تحت، SARS-CoV کے خلاف اگلی نسل کی ویکسین یا اینٹی باڈی پر مبنی علاج کی ترقی کو SARS-CoV کے خلاف وسیع تر غیر جانبدارانہ سرگرمیوں کے ساتھ مؤثر مزاحیہ ردعمل کو مدنظر رکھنا چاہیے{{9 }} تازہ ترین وائرل ارتقاء سے باخبر رہنے پر مبنی مختلف حالتیں۔ ہمارے تجزیے نے Omicron اسپائک ٹارگٹ RBD میں تغیرات کے خلاف مکمل مزاحمت کے ساتھ تمام اینٹی باڈیز ظاہر کیں-4لیکن EUA ٹارگٹ RBD کے تحت کوئی اینٹی باڈیز نہیں-4(شکل 1E)۔مستقبل میں، علاج کے اینٹی باڈیز کے کاک ٹیل کے ساتھ، یہ ایک سے زیادہ اتپریورتنوں کی وجہ سے وائرل فرار کے خطرے کو کم کرنے کے لیے ہر بڑے اینٹی جینک گروپ کے خلاف متعدد اینٹی باڈیز کا استعمال کرنا بہتر ہے۔

اہم بات یہ ہے کہ SARS-CoV-2اسپائیک پروٹین کے علاوہ دیگر اینٹیجنز کو نشانہ بنانے والے دیگر علاج یا حفاظتی اینٹی باڈیز کا استعمال کرنا ضروری ہے۔ یہاں تک کہ سپائیک پروٹین کے لیے بھی، زیادہ تر محققین صرف RBD ڈومین پر توجہ مرکوز کرتے ہیں۔ ہمارے ڈیٹا بیس (ٹیبل S1) میں، نصف سے زیادہ اینٹی باڈیز (120 میں سے 69) محض RBD-1 یا RBD-2اینٹی جینک گروپ کو نشانہ بناتے ہیں۔ ماضی میں اسپائیک پروٹین یا RBD کو نشانہ بنانے والے اینٹی باڈیز کا زیادہ فوکس کرنا موجودہ وقت میں Omicron کے وائرل فرار کا باعث بن سکتا ہے۔ یہ ممکن ہے کہ اسپائیک پروٹین پر ارتقائی دباؤ کے نتیجے میں متعدد ممالک میں بڑے پیمانے پر ویکسینیشن کے بعد ایک سال کے اندر اومیکرون کی مختلف حالتوں کی موجودگی ہو۔ یہ بہتر ہے کہ مستقبل میں دیگر اینٹی جینز، جیسے نیوکلیو کیپسڈ یا دیگر اوپن ریڈنگ فریموں سے اینٹی جینز پر زیادہ توجہ دیں۔ متعدد اینٹی باڈیز جو متعدد اینٹیجنز کو نشانہ بناتی ہیں وہ ممکنہ اینٹی جینک تبدیلی یا ابھرتی ہوئی SARS-CoV-2 مختلف حالتوں میں بڑھنے کو کم کر سکتی ہیں۔

اس کے علاوہ، ٹی سیلز سے حفاظتی استثنیٰ کو نظر انداز نہیں کیا جانا چاہیے، کیونکہ صحت کی دیکھ بھال کرنے والے کارکنوں [21] اور ٹی سیل ویکسینز [22] کے شواہد بتاتے ہیں کہ Tcell ایپیٹوپس بھی SARS-CoV کے خلاف مدافعتی ردعمل پیدا کرنے کے لیے امید افزا اہداف فراہم کر رہے ہیں-2 . ایک طویل عرصے سے متعدی بیماریوں کے خلاف ویکسین کی تیاری میں ٹی سیل ایپیٹوپس کو نظر انداز کیا گیا ہے۔ حالیہ برسوں میں، ٹی سیل ایپیٹوپس کو کینسر کی ویکسین میں استعمال کیا گیا ہے اور ابتدائی مرحلے کے کلینیکل ٹرائل میں امید افزا اثر دکھایا گیا ہے [23]۔ چونکہ ٹی سیل ایپیٹوپس کو اصل اینٹیجنز میں مقامی ساخت کے بغیر پہچانا جاتا ہے، اس لیے ٹی سیل ایپیٹوپ پر مبنی ویکسین وائرس سے بچاؤ کے خلاف تحفظ کی اضافی پرتیں پیش کر سکتی ہیں [21]۔ مستقبل میں، بی سیل اور ٹی سیل دونوں کو اکسانے والی ویکسین تیار کرنا بہتر ہے۔ اینٹی جینک تبدیلی یا ابھرتی ہوئی مختلف حالتوں کے بڑھنے سے حفاظت کے لیے استثنیٰ۔

آخر میں، ہمارے تجزیے نے 120 اینٹی باڈیز پر اومیکرون تغیرات کے اثرات کا تیزی سے اندازہ لگایا۔ اومیکرون تغیرات نے اسپائیک میں پانچ بڑے اینٹی جینک گروپوں میں سے چار کو متاثر کیا۔ ہمارے نتائج نے مزید ظاہر کیا کہ چار اینٹی باڈیز SARS.CoV-2 Omicron ویرینٹ کے خلاف موثر رہ سکتی ہیں۔ آخر کار، ہمارا مطالعہ متغیر اینٹی جینک ارتقاء کی مستقبل کی نگرانی اور اگلی نسل کی ویکسین اور علاج کے اینٹی باڈیز کی ترقی کی رہنمائی کر سکتا ہے۔

کوسٹینچ

حوالہ جات

1. عالمی ادارہ صحت۔ SARS-CoV-2 متغیرات کا سراغ لگانا۔

2. سانگ، اے کے ایل؛ چینگ، پی کے سی؛ ماک، جی سی کے؛ لیونگ، پی کے ایل؛ Yip، PCW؛ لام، ای ٹی کے؛ این جی، کے ایچ ایل؛ Chan, RCW غیر معمولی SARS-CoV-2 تناؤ کے لیے اسپائیک پروٹین کی تبدیلیوں کی ایک بڑی تعداد ہانگ کانگ میں پائی گئی۔ جے کلین ویرول۔ 2022، 20، 105081۔

3. عالمی ادارہ صحت۔ Omicron کی درجہ بندی (B.1.1.529): SARS-CoV-2 تشویش کا مختلف قسم۔

4. ٹونگ، پی. گوتم، اے. ونڈسر، آئی ڈبلیو؛ Travers, M.; چن، وائی؛ گارسیا، این. وائٹ مین، این بی؛ McKay, LGA; طوفان، N. ویسمین، ڈی آر؛ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 اسپائک کے ارتقاء کی پہچان کے لیے میموری B سیل کا ذخیرہ۔ سیل 2021, 184, 4969–4980.e15۔

5. گرینی، اے جے؛ سٹار، TN؛ بارنس، CO؛ Weisblum, Y.; شمٹ، ایف۔ کاسکی، ایم. گیبلر، سی۔ Hatziioannou, T.; Bieniasz, PD; بلوم، جے ڈی؛ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 RBD میں میوٹیشنز کا نقشہ بنانا جو اینٹی باڈیز کے مختلف طبقوں کے ذریعہ پابند ہونے سے بچ جاتا ہے۔ نیٹ۔کمیون۔ 2021، 12، 4196۔ https://doi.org/10.1038/s41467-021-24435-8۔

6. Ponomarenko، J.؛ پاپانجیلوپولوس، این۔ Zajonc, DM; پیٹرز، بی؛ سیٹ، اے. Bourne, PE IEDB-3D: امیون ایپیٹوپ ڈیٹا بیس کے اندر ساختی ڈیٹا۔ نیوکلک ایسڈ Res. 2011, 39, D1164–D1170۔

7. Dejnirattisai، W.؛ چاؤ، ڈی. Supasa، P.؛ لیو، سی. مینٹزر، اے جے؛ جن، ایچ ایم؛ Zhao, Y.; ڈیویسٹین، ایچ ایم؛ Tuekprakhon, A.; Nutella, R.; ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 کے P.1 تناؤ کے ذریعے اینٹی باڈی کی چوری۔ سیل 2021, 184, 2939–2954.e9۔

8. پنٹو، ڈی. پارک، وائی جے؛ بیلٹرامیلو، ایم؛ دیواریں، اے سی؛ ٹورٹوریکی، ایم اے؛ بیانچی، ایس. جیکونی، ایس. Culap, K.; زٹا، ایف۔ کورٹی، ڈی۔ ET رحمہ اللہ تعالی. ایک انسانی مونوکلونل SARS-CoV اینٹی باڈی کے ذریعے SARS-CoV-2 کی کراس نیوٹرلائزیشن۔ فطرت 2020، 583، 290–295۔

9. چن، RE؛ ژانگ، ایکس۔ کیس، جے بی؛ ونکلر، ای ایس؛ لیو، وائی؛ VanBlargan, LA; لیو، جے؛ ایریکو، جے ایم؛ Xie, X.; ڈائمنڈ، ایم ایس؛ ET رحمہ اللہ تعالی. مونوکلونل اور سیرم سے ماخوذ پولی کلونل اینٹی باڈیز کے ذریعے نیوٹرلائزیشن کے لیے SARS-CoV-2 کی مختلف حالتوں کی مزاحمت۔ نیٹ میڈ. 2021، 27، 717–726۔

10. سٹار، TN؛ Czudnochowski, N.; لیو، زیڈ؛ زٹا، ایف۔ پارک، وائی جے؛ Addetia, A.; پنٹو، ڈی. بیلٹرامیلو، ایم؛ Hernandez, P.; Snell, G.; ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 RBD اینٹی باڈیز جو زیادہ سے زیادہ وسعت اور مزاحمت سے بچنے کے لیے۔ فطرت 2021، 597، 97–102۔

11. چن، ای سی؛ گلچک، پی. زوسٹ، ایس جے؛ سوریا دیورا، این. ونکلر، ای ایس؛ کیبل، سی آر؛ برنسٹین، ای. چن، RE؛ سوٹن، RE؛ کرو جونیئر، جے ای؛ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 سپائیک پروٹین کے لیے کنورجنٹ اینٹی باڈی ردعمل صحت یاب اور ویکسین شدہ افراد میں۔ سیل Rep.2021, 36, 109604.

12. سٹار، TN؛ گرینی، اے جے؛ Dingens, AS; بلوم، جے ڈی SARS-CoV-2 RBD اتپریورتنوں کا ایک مکمل نقشہ جو مونوکلونل اینٹی باڈی LY-CoV555 اور LY-CoV016 کے ساتھ اس کی کاک سے بچ جاتا ہے۔ سیل کے نمائندے میڈ۔ 2021، 2، 100255۔

13. جونز، BE؛ براؤن-آگسبرگر، پی ایل؛ کاربیٹ، کے ایس؛ ویسٹینڈورف، K.؛ ڈیوس، جے؛ Cujec، TP؛ Wiethoff, CM; بلیک بورن، جے ایل؛ ہینز، بی اے؛ فوسٹر، ڈی. ET رحمہ اللہ تعالی. نیوٹرلائزنگ اینٹی باڈی، LY-CoV555، غیر انسانی پریمیٹ میں SARS-CoV-2 انفیکشن سے بچاتا ہے۔ سائنس ترجمہ میڈ. 2021، 13، eabf1906۔

14. ہینسن، جے؛ بوم، اے. پاسکل، کے ای؛ روسو، وی. Giordano, S.; ولگا، ای. فلٹن، بی او؛ یان، وائی؛ کون، کے؛ پٹیل، کے. ET رحمہ اللہ تعالی. انسانی چوہوں اور صحت یاب ہونے والے انسانوں کے مطالعے سے ایک SARS-CoV-2 اینٹی باڈی کاک ٹیل ملتا ہے۔ سائنس 2020، 369، 1010–1014۔

15. ڈونگ، جے؛ زوسٹ، ایس جے؛ گرینی، اے جے؛ سٹار، TN؛ Dingens, AS; چن، ای سی؛ چن، RE؛ کیس، جے بی؛ سوٹن، RE؛ گلچک، پی. ET رحمہ اللہ تعالی. دو اینٹی باڈی کاک ٹیل کے ذریعہ SARS-CoV-2 ویرینٹ نیوٹرلائزیشن کی جینیاتی اور ساختی بنیاد۔ نیٹ مائکروبیول 2021، 6، 1233–1244۔

16. Piccoli, L.; پارک، Y.-J.؛ ٹورٹوریکی، ایم اے؛ Czudnochowski, N.; دیواریں، اے سی؛ بیلٹرامیلو، ایم؛ Silacci-Fregni, C.; پنٹو، ڈی. روزن، ایل ای؛ بوون، جے ای؛ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 سپائیک ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین پر نیوٹرلائزنگ اور امیونوڈومیننٹ سائٹس کی نقشہ سازی بذریعہ اسٹرکچر گائیڈڈ ہائی ریزولوشن سیرولوجی۔ سیل 2020, 183, 1024–1042.e21۔

17. کم، سی.؛ Ryu, D.-K.; لی، جے؛ Kim, Y.-I.؛ Seo, J.-M.; کم، وائی جی؛ جیونگ، جے ایچ؛ کم، ایم؛ Kim, J.-I.؛ کم، پی. ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 سپائیک پروٹین کے ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین کو نشانہ بنانے والا ایک علاج کو غیر جانبدار کرنے والا اینٹی باڈی۔ نیٹ کمیون 2021، 12، 288۔

18. گرینی، اے جے؛ سٹار، TN؛ گلچک، پی. زوسٹ، ایس جے؛ برنسٹین، ای. Loes, AN; ہلٹن، ایس کے؛ ہڈلسٹن، جے؛ Eguia, R.; کرافورڈ، KH؛ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 اسپائیک ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین جو اینٹی باڈی کی شناخت سے بچ جاتے ہیں میں میوٹیشنز کی مکمل میپنگ۔ سیل ہوسٹ مائکروب 2021, 29, 44–57.e9۔

19. ورلڈ ہیلتھ آرگنائزیشن۔ WHO EUL/PQ تشخیصی عمل کے اندر COVID-19 ویکسینز کی حیثیت۔ آن لائن دستیاب:

20. شمٹ، ایف. Weisblum, Y.; Rutkowska، M. پوسٹن، ڈی. ڈا سلوا، جے؛ ژانگ، ایف. بیڈنارسکی، ای. چو، اے. شیفر باباجیو، ڈی جے؛ گیبلر، سی۔ ET رحمہ اللہ تعالی. SARS-CoV-2 پولی کلونل نیوٹرلائزنگ اینٹی باڈی فرار میں اعلی جینیاتی رکاوٹ۔ فطرت 2021، 600، 512–516۔

21. Swadling, L.; Diniz, MO; شمٹ، این ایم؛ امین، او ای؛ چندرن، اے. شا، ای. پیڈ، سی. گبنس، جے ایم؛ لی برٹ، این. ٹین، اے ٹی؛ ET رحمہ اللہ تعالی. پہلے سے موجود پولیمریز کے مخصوص T خلیات اسقاط حمل سیرونگیٹیو SARS-CoV-2 میں پھیلتے ہیں۔ فطرت 2022، 601، 110-117۔

22. Heitmann, JS; بلیچ، ٹی. ٹینڈلر، سی. Nelde, A.; مارینجر، وائی۔ مارکوناتو، ایم؛ Reusch, J.; جیگر، ایس. ڈینک، ایم؛ ریکٹر، ایم. وغیرہ فطرت 2021، 601، 617–622۔

23. اوٹ، PA؛ Hu-Lieskovan, S.; Chmielowski, B.; گووندن، آر. نانگ، اے. بھردواج، این. مارگولن، K.؛ عواد، ایم ایم؛ Hellmann, MD; لن، جے جے؛ ET رحمہ اللہ تعالی. ایڈوانسڈ میلانوما والے مریضوں میں پرسنلائزڈ نیواینٹیجن تھراپی پلس اینٹی پی ڈی-1 کا فیز Ib ٹرائل،

غیر چھوٹے سیل پھیپھڑوں کا کینسر، یا مثانے کا کینسر۔ سیل 2020, 183, 347–362.e24۔