Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) قسم II اور چھوٹے گردے سے وابستہ PCNT جین میں ناول فریم شفٹ ویرینٹ

خلاصہ

پس منظر:Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Type II ایک آٹوسومل ریسیسیو حالت ہے جس میں عوارض کے ایک متفاوت گروپ کو شامل کیا جاتا ہےسڈول ترقی کی روک تھامبونے پن، مائیکرو سیفلی، اور متعدد طبی پیچیدگیوں کا باعث بنتا ہے۔اعصابی امراض. Biallelic روگجنک متغیراتpericentrin جین (PCNT) میں اس کے روگجنن میں ملوث کیا گیا ہے.

کیس کی پیشکش:ہم نے ایک 2 سال اور 6 ماہ کے لڑکے کی تشخیص کا پتہ لگانے کے لیے مکمل ایکسوم ترتیب کا مظاہرہ کیا جس نے ترقی کی منازل طے کرنے میں شدید ناکامی، مائیکرو سیفلی، اور MOPD قسم II کی تجویز کردہ چہرے کے جیسٹالٹ کے ساتھ پیش کیا جس میں خصوصیات شامل تھیں جیسےretrognathia, چھوٹے کان,بڑی ناک کے ساتھ نمایاں ناک کی جڑ, microdontia, ویرل کھوپڑی کے بال, دو طرفہ پانچویں انگلی clinodactyly. اس کے پاس ایک چھوٹا آسٹیم سیکنڈم ایٹریل سیپٹل خرابی اور دو طرفہ طور پر چھوٹے گردے تھے۔ Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Type II کی تصدیق PCNT جین c میں ایک پیتھوجینک کمپاؤنڈ heterozygous frameshift variant کی بنیاد پر کی گئی۔{0}}delAA|ص Asn1687fs (ناول ویرینٹ) اور c.9535dup (p. Val3179fs)۔ اس کے والدین مختلف حالتوں کے لیے متضاد کیریئرز پائے گئے۔

نتیجہ:ہم پی سی این ٹی جین میں ایک نوول فریم شفٹ ویرینٹ اور مائیکرو سیفالک آسٹیوڈیسپلاسٹک پرائمورڈیل ڈورفزم (ایم او پی ڈی) ٹائپ II کے لئے پہلے سے غیر رپورٹ شدہ فینوٹائپ کی اطلاع دیتے ہیں۔

پس منظر

Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Type II (OMIM #210720) طبی لحاظ سے متضاد حالات کا گروپ ہے جس کی خصوصیات مائیکرو سیفلی کے ساتھ ساتھ پیدائش سے پہلے اور بعد از پیدائش دونوں کی ترقی کی روک تھام سے ہوتی ہے۔ اس حالت کو سب سے پہلے 1982 میں Majewski Ranke، اور Schinzel نے بیان کیا تھا [1]۔ Primordial dwarfsm (PD) کی چھتری کے نیچے بیان کیا گیا ہے جو کئی ذیلی قسموں پر مشتمل ہے: Seckel syndrome، Russell Silver syndrome، Meier-Gorlin syndrome، اور Majewski Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) I/III اور III۔ فی الحال، MOPD قسم II سب سے عام ذیلی قسم کے طور پر جانا جاتا ہے۔ یہ ایک آٹوسومل ریسیسیو ڈس آرڈر کے طور پر وراثت میں ملا ہے جو پیری سینٹرین (PCNT) جین [2، 3] میں فنکشن میوٹیشن کے بائیلیلک نقصان کی وجہ سے ہوتا ہے۔ جو لوگ اس حالت میں مبتلا ہوتے ہیں ان کے چہرے نمایاں ہوتے ہیں جن میں نمایاں ناک اور غیر متناسب خصوصیات شامل ہیں، کنکال ڈسپلاسیا، پیدائش کے بعد کے پورے عرصے کے دوران خراب نشوونما برقرار رہتی ہے اور بالغوں کے سائز کو رک جانا (بلوغت کے بعد کی اوسط اونچائی 40 سینٹی میٹر اور بالغ اونچائی 100 سینٹی میٹر سے کم ہوتی ہے۔ )، غیر معمولی دندان سازی اور انسولین مزاحمت [4، 5]۔ نیکسٹ جنریشن سیکوینسنگ جیسی اعلی تھرو پٹ سیکوینسنگ ٹیکنالوجیز کی بڑھتی ہوئی رسائی کی وجہ سے اب ان مریضوں کی دیکھ بھال میں اضافہ ہوا ہے۔ ان کے آرتھوپیڈک مظاہر، انسولین مزاحمت، ہیماتولوجیکل اسامانیتاوں، اور نظامی ہائی بلڈ پریشر اور گردوں کی پیچیدگیوں سمیت نیوروواسکولر بیماریوں کے لیے حساسیت کو دور کرنے کے لیے ایک زیادہ فعال طریقہ اختیار کیا جا سکتا ہے۔ اس طرح، دماغی بیماری اور ترقی کی نگرانی [2، 6] کو روکنے کے لئے انہیں باقاعدگی سے اسکریننگ سے گزرنے کے لئے حوصلہ افزائی کی جانی چاہئے. اگرچہ MOPD قسم II اوسط سے چھوٹے دماغ کے سائز سے منسلک ہے، ان کا IQ معمول کے قریب ہے [7]۔ کروموسوم 21q22.3 پر واقع pericentrin (PCNT) جین مائٹوٹک اسپنڈل کی تشکیل اور کروموسومل علیحدگی [8] میں ملوث ہے۔ اس جین کے ذریعہ انکوڈ شدہ پیری سینٹرین پروٹین (~370 kD) ایک اینکرنگ پروٹین ہے جو سینٹروسومس میں ظاہر ہونے والے کیلموڈولن سے منسلک ہوتا ہے۔ مزید برآں، یہ سیل سائیکل ریگولیٹر ہے۔ پروٹین انتہائی محفوظ کوائلڈ کوائل ڈومینز کی ایک سیریز پر مشتمل ہے۔ اس طرح اب تک کلینوار میں 41 پیتھوجینک مختلف حالتیں اور 3 ممکنہ پیتھوجینک مختلف حالتوں کی اطلاع دی گئی ہے [9]۔ اس مطالعہ میں، ہم PCNT جین c.9535dup (p. Val3179fs) میں ایک نئے مرکب heterozygous variant کی وضاحت کرتے ہیں۔

کیس پریزنٹیشن

پروبینڈ 2 سال اور 6 ماہ کا مرد ہے۔ وہ سری لنکا سے تعلق رکھنے والے صحت مند غیر متضاد والدین کی اکلوتی اولاد ہے۔ اس کی پیدائش اس وقت ہوئی جب اس کی ماں 24 سال کی تھی، حمل کے 35 ہفتوں میں شدید oligohydramnios اور جنین کی نشوونما پر پابندی کی وجہ سے ہنگامی نچلے حصے کے سیزیرین سیکشن کے ذریعے۔ اس حمل سے پہلے قبل از پیدائش خون بہنے، جنین میں کمی، یا اسقاط حمل کی کوئی تاریخ نہیں تھی۔ 1 منٹ اور 5 منٹ پر اس کے اپگر کے اسکور بالترتیب 8 اور 10 تھے۔ پیدائش کے وقت، اس کے اینتھروپومیٹرک پیرامیٹرز مندرجہ ذیل تھے۔ پیدائش کا وزن — 1080 گرام، پیدائش کی لمبائی — 30 سینٹی میٹر، اور occipitofrontal فریم — 24 سینٹی میٹر۔ WHO کے معیاری ترقی کے چارٹس میں تمام پیرامیٹرز — 3SD سے نیچے تھے۔ بہت کم پیدائشی وزن کی وجہ سے اسے زندگی کے پہلے ہفتے کے دوران سپیشل کیئر بیبی یونٹ میں داخل کیا گیا تھا۔ پیدائش سے لے کر 6 ماہ تک، اس کا وزن میں کمی کے لیے بڑے پیمانے پر جائزہ لیا گیا تھا۔ تمام ریکارڈ شدہ بائیو کیمیکل تحقیقات معمول کی حد میں تھیں۔ تاہم، ترقی سے متعلق اینڈوکرائن تشخیص مالی رکاوٹوں کی وجہ سے نہیں کیے گئے۔ اس کے موجودہ ترقی کے پیرامیٹرز تصویر 1A-C میں دکھائے گئے ہیں جو کہ 3SD سے بھی نیچے ہیں۔ اس کی نشوونما کے سنگ میل پیدائش کے بعد سے ہی عمر کے لحاظ سے موزوں رہے اور کھانے میں عدم برداشت، میٹابولک یا مالابسورپشن سنڈروم کی کوئی علامت نہیں ہے۔ زیادہ سے زیادہ کیلوری کی مقدار کے باوجود، اس کی ترقی کی رفتار مستقل ہے۔ معائنے پر، مندرجہ ذیل dysmorphisms retrognathia، چھوٹے کان، ایک بڑی ناک کے ساتھ نمایاں ناک کی جڑ، microdontia، اور کھوپڑی کے ویرل بال (تصویر 2A، B) نوٹ کیے گئے۔ اس کے پاس ایک خصوصیت کی اونچی آواز بھی ہے۔ اوپری اعضاء میں ہائپوپگمنٹڈ پیچ نوٹ کیے گئے تھے، لیکن وہ بلاسکو لائنوں کی پیروی نہیں کرتے تھے۔ اعضاء کے معائنے سے دو طرفہ پانچویں انگلی کی کلینوڈیکٹی کا انکشاف ہوا۔ دیگر نظاموں کی اسکریننگ کے دوران، ایکو کارڈیوگرافی نے ایک چھوٹا سا آسٹیم سیکنڈم ایٹریل سیپٹل نقص ظاہر کیا۔ پیٹ کے الٹراساؤنڈ اسکین سے یہ بات سامنے آئی کہ پروبینڈ کے عام طور پر کام کرنے والے گردے نمایاں طور پر چھوٹے تھے۔ اس کے دائیں اور بائیں گردے کی پیمائش بالترتیب 4.5 سینٹی میٹر اور 3.8 سینٹی میٹر تھی۔ دائیں گردے کے لیے نارمل رینج 7.1 (6.8–7.4) سینٹی میٹر اور بائیں گردے کے لیے 7.0 (6.7–7.2) سینٹی میٹر ہے [9]۔ اس لیے، عمر کے حساب سے cm میں گردے کی لمبائی کے لیے پروبینڈ کڈنی 1st پرسنٹائل سے نیچے ہے۔ ہپ ریڈیو گراف میں چربی کے ایسٹابولم کے ساتھ ایک ناقص تشکیل شدہ تنگ شرونی دکھایا گیا ہے۔

مکمل ایکسوم سیکوینسنگ اور بایو انفارمیٹک تجزیہ

مکمل ایکسوم سیکوینسنگ کرنے سے پہلے ہم نے پروبینڈ کے والدین سے ایک پروٹوکول کے تحت تحریری باخبر رضامندی حاصل کی جسے کولمبو یونیورسٹی آف میڈیسن کی فیکلٹی کی ایتھکس ریویو کمیٹی نے منظور کیا۔ بلڈ لیوکوائٹس سے جینومک ڈی این اے کا اخراج کارخانہ دار کے پروٹوکول کے مطابق QIAamp DNA Mini Kit کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا تھا۔ Sure SelectXT® Human(Mouse) All Exon V6 5190-886 کٹ Illumina® NovaSeq® 6000 نیکسٹ جنریشن سیکوینسر میں پوری Exome ترتیب کے لیے استعمال کی گئی تھی۔ تیار کردہ ڈیٹا کا تجزیہ کرنے کے لیے اندرون خانہ بایو انفارمیٹکس پائپ لائن استعمال کی گئی۔ GrCh37 ہیومن ریفرنس جینوم اور ویرینٹ کالنگ کے لیے پیئر اینڈ سیکوینسنگ ڈیٹا کو سیدھ میں لانا BWA-mem الگورتھم اور Genome Analysis Tool Kit (GATK) کا استعمال کرتے ہوئے انجام دیا گیا۔ Refseq، کلینیکل، اور آبادی کی فریکوئنسی ڈیٹا بیس کی مدد سے SNP-ef کا استعمال کرتے ہوئے تیار کردہ مختلف حالتوں کی کالنگ فارمیٹ فائل کی تشریح کی گئی۔ دس ایک ورچوئل جین پینل جینوں پر مشتمل ہے جو کنکال ڈسپلاسیا (ٹیبل 1) کی وجہ سے جانا جاتا تھا جو پروبینڈ کے فینوٹائپ سے متعلقہ مختلف حالتوں کو فلٹر کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ معیاری ACMG رہنما خطوط (https://www.acgs.uk.com/media/ 11631/uk-practice-guidelines-for-variant-classifcation v4-01-2020.pdf) کے مطابق، بے نظیر متغیرات کو فلٹر کر دیا گیا تھا۔ سلیکو فنکشنل پریڈیکشن ٹولز میں (میوٹیشن ٹسٹر، SIFT، پولی فین 2، اور پروین) کا استعمال کیا گیا تاکہ پتہ چلنے والی مختلف حالتوں کی عملی اہمیت کا اندازہ لگایا جا سکے۔ پروٹین کے ڈھانچے پر فنکشنل اثرات اور رہائش پذیر علاقے کے تحفظ کو مختلف حالتوں کی مزید جانچ پڑتال کے لیے استعمال کیا گیا۔ فلٹریشن کے بعد، نتائج نے PCNT جین c میں ایک پیتھوجینک کمپاؤنڈ heterozygous frameshift variant کا انکشاف کیا۔{15}}delAA|ص Asn1687fs (ناول ویرینٹ) اور c.9535dup (p. Val3179fs)۔ اس کے والدین کی اسکریننگ پر، اس کی ماں اور باپ مختلف حالتوں کے لیے متضاد پائے گئے (تصویر 3)۔

ان سلیکو تجزیہ

موجودہ کیس کے جینومک تجزیہ کے لیے، ہومو سیپینز پیری سنٹرن B (PCNT2) mRNA کی FASTA ترتیب، GenBank ID کے ساتھ مکمل cds: 10020 bp کا AF515282.1 NCBI نیوکلیوٹائڈ ڈیٹا بیس سے ڈاؤن لوڈ کیا گیا تھا (https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/ AF515282)۔ جنگلی قسم کی ترتیب میں، سی ڈی این اے پوزیشنز 5059 اور 5060 پر دو ایڈنائن نیوکلیوٹائڈز تھے۔ اس نیوکلیوٹائڈ جوڑے کو دستی طور پر حذف کرنے کا عمل پروبینڈ سی۔{8}}ڈیل اے اے سے متعلق مختلف قسم کو پیدا کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔ کوڈنگ امینو ایسڈ میں فرق کا اندازہ لگانے کے لیے دونوں ایم آر این اے کی ترتیبیں ORF ٹول میں جمع کرائی گئیں۔ پڑھنے کے فریم میں تبدیلی کی وجہ سے ہم نے امینو ایسڈ کی ترتیب میں تبدیلی دیکھی۔ اس طرح، تبدیل شدہ پروٹین میں 1687 ویں پوزیشن پر امینو ایسڈ asparagine "N" کو گلوٹامین "Q" سے تبدیل کیا گیا۔ مزید برآں، ابتدائی امینو ایسڈ کی تبدیلی کے بعد 10 ٹرپلٹ کوڈن کے بعد TGA (یعنی، ٹرمینیشن کوڈن) کی ظاہری شکل تھی۔ اس کے نتیجے میں پروٹین کی ترکیب کا قبل از وقت خاتمہ ہوا۔ آپ نے جنگلی قسم کے پروٹین (UniProtKB ID-O95613, PCNT_HUMAN) کی FASTA ترتیب ڈاؤن لوڈ کی ہے جس میں 3336 امینو ایسڈ کی باقیات تھیں اور SPDBV آفائن سافٹ ویئر کا استعمال کرتے ہوئے 3D ماڈلنگ کی گئی تھی۔ جنگلی قسم اور تبدیل شدہ PCNT کی ماڈلنگ ہومولوجی اپروچ کے ذریعے 1JQN کو بطور ٹیمپلیٹ ڈھانچہ لے کر کی گئی تھی۔ دو پروٹینوں کے 3D ماڈلز کے مطابق، امینو ایسڈ کے نمبر بالترتیب 643 اور 615 تھے۔ ہم نے نان گلائسین اور نان پرولین اوشیشوں کی تعداد کا موازنہ کیا جو بالترتیب 600 اور 576 تھیں۔ یہ بھی دیکھا گیا کہ تبدیل شدہ پروٹین میں ایک امینو ایسڈ نامنظور علاقے میں پایا گیا اس طرح غیر مستحکم ترتیری ڈھانچے میں حصہ ڈالتا ہے (تصویر 4)۔ ان گہاوں کے ارد گرد تبدیل شدہ امینو ایسڈ کنفیگریشن کے ساتھ اتپریورتی پروٹین میں جنگلی قسم میں 4 سے 5 تک گہاوں کی تعداد میں بھی اضافہ ہوا (تصویر 5)۔

Wecistanche کی معاون خدمت - چین میں سب سے بڑا cistanche برآمد کنندہ:

ای میل:wallence.suen@wecistanche.com

Whatsapp/Tel:+86 15292862950

مزید تفصیلات کے لیے خریداری کریں:

https٪3a٪2f٪2fwww.xjcistanche.com٪2fcistanche-shop

گردے کے انفیکشن کے لیے 25% ایکیناکوسائیڈ اور 9% ایکٹیوسائیڈ کے ساتھ قدرتی آرگینک سیسٹانچ ایکسٹریکٹ حاصل کریں