رینل سیل کارسنوما میں وی ای جی ایف اے کا نظام تجزیہ: اظہار، تشخیص، جین ریگولیشن نیٹ ورک اور ریگولیشن اہداف
Mar 08, 2022
تعارف
رینل سیل کارسنوما (RCC)، سب سے زیادہ عام مہلک ٹیومرگردہدنیا بھر میں 10 سب سے زیادہ عام کینسروں میں سے ایک ہے۔گردہ گردوںپیپلیری سیل کارسنوما (KIRP) واقعات کے لحاظ سے دوسرے نمبر پر ہے، جو RCCs کے 10 فیصد -15 فیصد کے حساب سے، مندرجہ ذیلگردوں کے گردوںکلیئر سیل کارسنوما (KIRC) 75 فیصد -80 فیصد کے واقعات کے ساتھ۔گردہchromophobe (KICH) RCC کی ایک نادر ذیلی قسم ہے، جو تقریباً 4 فیصد –5 فیصد RCCs کا حصہ ہے۔4 ایڈوانسڈ RCC ایک مہلک بیماری ہے، جس میں 5-سال کی بقا کی شرح صرف 11.7 فیصد ہے۔5 سرجری اور ٹارگٹڈ تھراپی RCC کے بنیادی طبی علاج کے طریقے ہیں۔ طبی درخواست میں. RCC کے علاج کے لیے مزید امید افزا علاج کے اہداف اور طریقوں کی نشاندہی کرنے کی فوری ضرورت ہے۔
ویسکولر اینڈوتھیلیل گروتھ فیکٹر اے (وی ای جی ایف اے)، ایک اہم انجیوجینک عنصر، آر سی سی کے مریضوں میں ٹیومر سے متعلق ایک اہم عنصر ہے اور ٹیومر انجیوجینیسیس اور بڑھنے میں ایک اہم کردار ادا کرتا ہے۔ 9 1.10 کئی VEGFA inhibitors طبی طور پر مفید ہیں۔ 11,12 Sunitinib، VEGF کے avascular tyrosine kinase inhibitor، کو جدید RCC کے پہلی اور دوسری لائن کے علاج کے لیے منظور کیا گیا ہے۔ تاہم، sunitinib ممکنہ طور پر اس کا سبب بن سکتا ہے۔گردے کا نقصاناور قلبی خرابی. اور KIRP) ابھی تک غیر واضح ہے۔ لہذا، VEGFA اظہار اور RCC کی موجودگی کے درمیان تعلقات کے بارے میں مزید مفید معلومات حاصل کرنا ضروری ہے۔ موجودہ مطالعہ میں، ہم نے RCC والے مریضوں میں اظہار کی سطح، جین ریگولیشن نیٹ ورک، پروگنوسٹک ویلیو، اور VEGFA کے ریگولیشن ہدف کی شناخت کے لیے متعدد مفت آن لائن ڈیٹا بیسز کا استعمال کیا۔ مزید یہ کہ، اس مطالعے کا مقصد VEGFA اظہار اور RCC کی موجودگی کے درمیان تعلق کو مزید دریافت کرنا اور RCC والے مریضوں کے ہدف کے علاج میں نئی بصیرت فراہم کرنا ہے۔
مطلوبہ الفاظ:رینل سیل کارسنوما، کڈنی رینل کلیئر سیل کارسنوما، کڈنی کرومو فوب، کڈنی رینل پیپلیری سیل کارسنوما، وی ای جی ایف اے، جین ریگولیشن نیٹ ورک، ہدف کی پیشن گوئی
CISTANCHE گردے/ گردوں کی بیماری کو بہتر کرے گا۔
مواد اور طریقے
UALCAN تجزیہUALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html) ایک آن لائن ڈیٹا بیس ہے جو ٹیومر کے ذیلی گروپ جین کے اظہار اور بقا کے تجزیہ کے لیے ایک ٹول کے طور پر استعمال ہوتا ہے۔ALCAN ڈیٹا بیس کا "اظہار تجزیہ" ماڈیول TCGA جین اظہار کے اعداد و شمار کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا، اور اسکریننگ کا معیار مندرجہ ذیل ترتیب دیا گیا تھا: (a) جین: VEGFA؛ (b) ڈیٹاسیٹ: KIRC، KICH، اور KIRP؛ (c) حد کی ترتیب کی شرائط: P-value cutoff =0.05. طالب علم کا ٹی ٹیسٹ تقابلی تجزیہ کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔جین ایکسپریشن پروفائلنگ تجزیہجین ایکسپریشن پروفائلنگ تجزیہ (GEPIA) (http://gepia.کینسر-pku.cn/index.html) ایک مفت آن لائن پلیٹ فارم ہے جو 9736 ٹیومر اور 8587 نارمل نمونوں کا RNA سیکوینسنگ ایکسپریشن ڈیٹا فراہم کرتا ہے تاکہ اس مطالعہ میں 14 ڈیفرینشل mRNA ایکسپریشن، پروموٹر میتھیلیشن، پیتھولوجیکل اسٹیج، اور ارتباطی تشخیص کا تجزیہ کیا جا سکے۔ اسکریننگ کے معیار مندرجہ ذیل تھے: (a) جین: VEGFA؛ (b) ڈیٹاسیٹ: KIRC، KICH، اور KIRP؛ (c) حد کی ترتیب کی شرائط: P-value cutoff =0.05. طالب علم کے ٹی ٹیسٹ کا استعمال VEGFA کے اظہار اور RCC کے پیتھولوجیکل مرحلے کا تجزیہ کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔ کپلن – میئر وکر کا استعمال RCC والے مریضوں کی تشخیص کا تجزیہ کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔سی بائیو پورٹل تجزیہcBioPortal (http://cbioportal.org) ایک کھلا آن لائن ڈیٹا بیس ہے جو کینسر کے جینیاتی ڈیٹا کو دیکھنے، مطالعہ کرنے اور تجزیہ کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ 9}} وی ای جی ایف اے کے بدلے ہوئے پڑوسی جین) کو سی بائیو پورٹل ڈیٹا بیس کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا تھا۔ اسکریننگ کے معیار مندرجہ ذیل تھے: (a) بالترتیب KIRC، KICH، اور KIRP کے 446، 66، اور 274 نمونوں کا تجزیہ کیا گیا۔ (b) تمام نمونوں کے نسبت mRNA ایکسپریشن زیڈ اسکورز (لاگ RNA Seq V2 RSEM) ±2.0 کی زیڈ سکور کی حد کا استعمال کرتے ہوئے حاصل کیے گئے تھے۔ (c) جین: وی ای جی ایف اے۔STRING تجزیہSTRING (https://string-db.org/cgi/input.pl) ایک آن لائن مفت ڈیٹا بیس ہے جو ٹارگٹ پروٹینز کے درمیان پروٹین-پروٹین انٹریکشن (PPI) نیٹ ورکس کی تعمیر کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ کم اعتماد کے ساتھ اسکریننگ کے حالات (0.150) اور پرجاتیوں کو ہومو سیپینز کے طور پر بیان کیا گیا ہے۔جینیمانیا تجزیہGeneMANIA (http://www.genemania.org) PPIs بنانے، جین کے فنکشن کے بارے میں مفروضے پیدا کرنے، جین کی فہرستوں کا تجزیہ کرنے، اور فنکشن کے تعین کے لیے جین کی ترتیب کے لیے ایک تجزیہ کا آلہ ہے۔ وی ای جی ایف اے اور ٹاپ 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینز۔میٹا اسکیپ تجزیہMetascape (https://metascape.org) ایک سادہ اور طاقتور جین فنکشن تشریح اور تجزیہ کا ٹول ہے جو صارفین کو جین یا پروٹین کے فنکشن کو سمجھنے کے لیے بیچ جینز اور پروٹین کے تجزیہ کے لیے فی الحال مقبول بایو انفارمیٹکس تجزیہ کے طریقوں کو لاگو کرنے میں مدد کر سکتا ہے۔ مطالعہ، جین اونٹولوجی (جی او) فنکشن اور کیوٹو انسائیکلوپیڈیا آف جینز اینڈ جینومس (کے ای جی جی) وی ای جی ایف اے کے راستے کی افزودگی کے تجزیے اور آر سی سی میں اس کے بدلے ہوئے پڑوسی جینوں کی جانچ میٹا اسکیپ کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی۔ٹرسٹ تجزیہٹرسٹ (https://www.grnpedia.orgtrrust/) انسانی ٹرانسکرپشن ریگولیٹری نیٹ ورکس کا دستی طور پر تیار کردہ ڈیٹا بیس ہے جس میں 800 انسانی ٹرانسکرپشن فیکٹرز کے 8444 اور 6552 ٹرانسکرپشن-فیکٹر-ٹارگٹ ریگولیٹری تعلقات شامل ہیں۔ اس مطالعہ میں، ہم نے کوشش کی TRUST ڈیٹا بیس کا استعمال کرتے ہوئے RCC والے مریضوں میں VEGFA اور اس کے تبدیل شدہ پڑوسی جین کے اظہار کو منظم کرنے والے کلیدی عنصر کی شناخت کریں۔لنکڈ اومکس تجزیہLinkedOmics (http://www.linkedomics.org) ایک عوامی آن لائن پلیٹ فارم ہے جس میں تمام 32 TCGA کینسر کی اقسام کا ملٹی اومکس ڈیٹا شامل ہوتا ہے۔ ہمارے مطالعے میں، کنیز ٹارگٹ افزودگی، miRNA ٹارگٹ افزودگی، اور VEGFA کے ساتھ تعلق میں مختلف جینز کو LinkedOmics کے "LinkInterpreter" ماڈیول کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا تھا۔ اسکریننگ کا معیار اس طرح مقرر کیا گیا تھا: (a) تین جینز کی کم از کم تعداد (سائز)؛ (ب) کینسر کی قسم: KIRC، KICH، اور KIRP؛ (c) 500 کا تخروپن؛ (d) تلاش کا انتساب: VEGFA اور ٹاپ 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینز؛ (e) ہدف ڈیٹاسیٹ: RNA-seq (ڈیٹا کی قسم)۔ٹائمر تجزیہTIMER (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) ٹیومر میں دراندازی کرنے والے مدافعتی خلیوں کے منظم تجزیہ کے لیے ایک جامع وسیلہ ہے، بشمول B خلیات، CD4 پلس T خلیات، CD8 پلس T خلیات، نیوٹروفیلز، میکروفیجز، اور ڈینڈرٹک۔ 21 ہمارے مطالعے میں، VEGFA اظہار کی سطح اور مدافعتی خلیوں کی دراندازی کے درمیان ارتباط کا اندازہ TIMER کے "جین ماڈیول" سے کیا گیا۔
نتائج
RCC والے مریضوں میں VEGFA اظہارہم نے عام انسانی بافتوں والے RCC والے مریضوں میں VEGFA کے اظہار کی سطحوں کا موازنہ کیا، اور پتہ چلا کہ نمونے کی قسم، جنس، اور KIRC کے پیتھولوجیکل مرحلے کے لحاظ سے VEGFA کی نقل کی سطح کو نمایاں طور پر اپ گریڈ کیا گیا تھا (P < {{0}}}="" {7}}01)="" (شکل="" 1(a)="" سے="" (c))۔="" اسی="" طرح،="" kich="" ٹشوز="" میں="" vegfa="" کے="" اظہار="" کی="" سطح="" کو="" نمونے="" کی="" قسم،="" جنس،="" اور="" kich="" اسٹیج="" 2="" (p=""><0.05) (شکل="" 1(d)="" سے="" (f))="" کی="" بنیاد="" پر="" بڑھایا="" گیا="" تھا۔="" تاہم،="" kirp="" ٹشوز="" میں="" vegfa="" کے="" اظہار="" کی="" سطح="" کو="" نمونے="" کی="" قسم="" اور="" مردانہ="" جنس="" (p=""><0.05) (شکل="" 1(g)="" اور="" (h))="" کی="" بنیاد="" پر="" کم="" کیا="" گیا="" تھا۔="" مزید="" برآں،="" ہم="" نے="" vegfa="" کے="" امتیازی="" اظہار="" اور="" rcc="" والے="" مریضوں="" میں="" پیتھولوجیکل="" اسٹیج="" کے="" درمیان="" ارتباط="" کا="" اندازہ="" کیا۔="" ہمارے="" نتائج="" نے="" vegfa="" کے="" اظہار="" اور="" kirc="" (p="0.0471)" اور="" kirp="" (p="4.36e-6)" کے="" مریضوں="" میں="" پیتھولوجیکل="" اسٹیج="" کے="" درمیان="" ایک="" اہم="" ارتباط="" ظاہر="" کیا="" (شکل="" 2)="" .="" مزید="" یہ="" کہ،="" ہم="" نے="" rcc="" والے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" اظہار="" کی="" تشخیصی="" قدر="" کا="" اندازہ="" کرنے="" کے="" لیے="" gepia="" کا="" استعمال="" کیا۔="" kirp="" والے="" مریضوں="" میں="" مجموعی="" طور="" پر="" بقا="" طویل="" تھی="" جو="" کہ="" اعلی="" vegfa="" اظہار="" کی="" سطح="" (p="0.00044)" (شکل="" 3(c))="" کی="" بجائے="" کم="" ہے۔="" 100="" مہینوں="" (p="0.0016)" (شکل="" 3(f))="" سے="" پہلے="" kirp="" کے="" اعلی="" vegfa="" اظہار="" کی="" سطح="" سے="" کم="" رکھنے="" والے="" مریضوں="" میں="" فیصد="" بقا="" زیادہ="" تھی۔="" تاہم،="" kirp="" (شکل="" 3(f))="" کے="" مریضوں="" میں="" 100="" ماہ="" کے="" بعد="" ایک="" برعکس="" نتیجہ="" پایا="">
RCC والے مریضوں میں VEGFA اظہار کی جینیاتی تبدیلی اور پروموٹر میتھیلیشن لیولآر سی سی والے مریضوں میں وی ای جی ایف اے کی جینیاتی تبدیلیوں کا ٹی سی جی اے کا استعمال کرتے ہوئے جائزہ لیا گیا۔ ہمارے نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ KIRC (ضمنی شکل 1 (a)) کے مریضوں میں VEGFA اظہار میں 4 فیصد تبدیلی کی گئی تھی۔ تاہم، VEGFA اظہار کی پروموٹر میتھیلیشن لیول KIRC والے مریضوں میں عام انسانوں کی نسبت کم تھی (ضمنی شکل 1(b))۔ مزید یہ کہ، ہمیں KICH (ضمنی شکل 1(c)) کے مریضوں میں 8 فیصد VEGFA اظہار کی سطح میں ردوبدل پایا گیا۔ اسی طرح، KIRP (ضمنی اعداد و شمار 1 (e)) کے مریضوں میں VEGFA اظہار میں 4 فیصد تبدیلی کی گئی۔ تاہم، وی ای جی ایف اے اظہار کی پروموٹر میتھیلیشن لیول پیتھولوجیکل اسٹیج 1 کے آئی آر پی والے مریضوں میں عام افراد کی نسبت زیادہ تھی (ضمنی شکل 1(f))
RCC والے مریضوں میں پڑوسی جین کی تبدیلی اور VEGFA بات چیت کا نیٹ ورکRCC والے مریضوں میں VEGFA اظہار کے پڑوسی جین کی تبدیلی کا تجزیہ cBioPortal سافٹ ویئر کا استعمال کرتے ہوئے کیا گیا۔ ہم نے KIRC، KICH، اور KIRP کے مریضوں میں VEGFA ہمسایہ جین کی تبدیلی کی تعدد 11.11 فیصد سے زیادہ یا اس کے برابر، 20 فیصد سے زیادہ یا اس کے برابر، اور 9.09 فیصد (50 اکثر تبدیل شدہ پڑوسی جین) سے زیادہ یا اس کے برابر پائی، بالترتیب (ضمنی جدولیں 1-3)۔ KIRC کے مریضوں میں اکثر تبدیل ہونے والے VEGFA پڑوسی جینز VHL (72.22 فیصد)، PBRM1 (33.33 فیصد)، اور MUC16 (22.22 فیصد) (ضمنی جدول 1) تھے۔ اس کے علاوہ، TRRAP (6000 فیصد)، PABPC1 (6000 فیصد)، اور MUC5B (6000 فیصد) مریضوں میں اکثر تبدیل ہونے والے VEGFA پڑوسی جین تھے۔ KICH (ضمنی) جدول 2)۔ KIRP کے مریضوں میں سب سے زیادہ تبدیل ہونے والے VEGFA پڑوسی جینز BAP1 (27.27 فیصد)، MS4A15 (18.18 فیصد)، اور TGM7 (18.18 فیصد) (ضمنی جدول 3) تھے۔
اس کے بعد ہم نے VEGFA اور اس کے پڑوسی جینوں کے درمیان ممکنہ تعاملات کی کھوج کی۔ PPI نیٹ ورک STRING سافٹ ویئر کا استعمال کرتے ہوئے بنایا گیا تھا۔ ہم نے KIRC (ضمنی شکل 2(a)) کے مریضوں میں PPI نیٹ ورکس میں 43 نوڈس اور 95 کنارے حاصل کیے۔ مزید برآں، پیپٹائیڈل لائسین ٹرائیمیتھیلیشن، پیپٹائیڈل لائسین میتھیلیشن، ایکسٹرا سیلولر میٹرکس، اور پروٹین O- لنکڈ گلائکوسیلیشن KIRC (ضمنی شکل 2(b)) کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جین کے بنیادی کام تھے۔ ہم نے KICH (ضمنی شکل 2(c)) کے مریضوں میں PPI نیٹ ورکس میں 44 نوڈس اور 125 کنارے بھی حاصل کیے ہیں۔ وی ای جی ایف اے اور اس کے ہمسایہ جینز کے آئی سی ایچ کے مریضوں میں درج ذیل کام ہوتے ہیں: O-glycan پروسیسنگ، Golgi lumen، b پروٹین O-linked glycosylation، اپیتھیلیل ڈھانچے کی دیکھ بھال، اور انٹرمیڈیٹ فلیمینٹ سائٹوسکلٹن تنظیم (ضمنی شکل 2(d))۔ مزید برآں، KIRP (ضمنی شکل 2(e)) کے مریضوں میں PPI نیٹ ورکس میں 30 نوڈس اور 57 کنارے حاصل کیے گئے تھے۔ پٹھوں کی ساخت کی نشوونما، پٹھوں کے خلیوں کی تفریق، پٹھوں کے بافتوں کی نشوونما، اور پٹھوں کے بافتوں کے ساختی جزو کی ترقی KIRP (ضمنی شکل 2(f)) کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جینز کے بنیادی کام تھے۔ وی ای جی ایف اے اپنے پڑوسی جینز سے ایک پیچیدہ تعامل کے نیٹ ورک میں شریک اظہار، جسمانی تعاملات، پیش گوئی شدہ مشترکہ پروٹین ڈومینز، اور شریک لوکلائزیشن (ضمنی شکل 2(b) سے (f)) کے ذریعے جڑا ہوا ہے۔
GO اور KEGG پاتھ وے کی افزودگی کا تجزیہوی ای جی ایف اے کے جی او فنکشن اور کے ای جی جی پاتھ وے افزودگی کا تجزیہ اور آر سی سی والے مریضوں میں ٹاپ 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینز کو میٹا اسکیپ سافٹ ویئر کا استعمال کرتے ہوئے تلاش کیا گیا۔ ہمارے نتائج سے پتہ چلتا ہے کہ KIRC کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے ہمسایہ جین سے متعلق سیلولر اجزاء بنیادی طور پر تہہ خانے کی جھلی، caveola، adherens جنکشن، سپرم پارٹ، اور کنٹریکٹائل فائبر پارٹ (ضمنی شکل 3(a)) میں شامل تھے۔ مزید برآں، کورونری ویسکولیچر مورفوجینیسیس، کارڈیو مایوسائٹ ڈیولپمنٹ، ایکسون ایکسٹینشن کا مثبت ضابطہ، اور پلازما میمبرین سیل آسنجن مالیکیولز کے ذریعے ہیٹرو فیلک سیل سیل آسنجن وی ای جی ایف اے کے اظہار کے اہم حیاتیاتی عمل تھے اور اس کے بدلے ہوئے پڑوسی جینز کے ساتھ مریضوں میں KIRS کی تبدیلی 3(b))۔ KIRC کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے سب سے اوپر 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینز کے مالیکیولر فنکشنز میں بنیادی طور پر ایکسٹرا سیلولر میٹرکس سٹرکچرل جزو، سیل آسنجن مالیکیول بائنڈنگ، اور کیٹلیٹک سرگرمی کے ساتھ ساتھ RNA (ضمنی شکل 3(c)) پر عمل کرنا شامل ہے۔ VEGFA کا KEGG پاتھ وے اور KIRC میں اس کے ہمسایہ جین بنیادی طور پر ذیابیطس کی پیچیدگیوں میں AGE-RAGE سگنلنگ پاتھ وے اور PI3K-Akt سگنلنگ پاتھ وے (ضمنی شکل 3(d)) میں شامل تھے۔ گولگی لیمن، ایکسٹرا سیلولر میٹرکس، اے ٹی پیس کمپلیکس، اور زیڈ ڈسک KICH (ضمنی شکل 3(e)) کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جین کے اظہار سے متعلق سیلولر اجزاء تھے۔ اس کے علاوہ، KICH کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے سب سے اوپر 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینوں کے اظہار پر مشتمل اہم حیاتیاتی عمل معدے کے اپکلا کی دیکھ بھال، سیلولر اجزاء کی تنظیم کے منفی ضابطے، اور زخموں کی شفا یابی (ضمنی شکل 3(f)) تھے۔ . KICH کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے ہمسایہ جینز کے مالیکیولر افعال ATPase سرگرمی، ایکٹین فلیمینٹ بائنڈنگ، اور پروٹیز بائنڈنگ (ضمنی شکل 3(g)) تھے۔ اے ٹی پی بائنڈنگ کیسٹ (اے بی سی) ٹرانسپورٹرز اور ہیومن ٹی سیل لیوکیمیا وائرس 1 انفیکشن وی ای جی ایف اے کے کے ای جی جی پاتھ وے تجزیہ اور کے آئی سی ایچ (ضمنی شکل 3 (ایچ)) کے مریضوں میں اس کے ٹاپ 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینوں میں شامل تھے۔ مزید برآں، KIRP کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جین سے متعلق سیلولر اجزاء بنیادی طور پر گولگی لیمن اور سینٹریول (ضمنی شکل 3(I)) میں شامل تھے۔ مزید برآں، ٹشو ہومیوسٹاسس، مائیلوڈ سیل ہومیوسٹاسس، O-glycan پروسیسنگ اور لپڈس کے لیے سیلولر ردعمل KIRP (ضمنی شکل 3(j)) کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے بدلے ہوئے پڑوسی جین کے اظہار میں شامل اہم حیاتیاتی عمل تھے۔ KIRP کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے سب سے اوپر 50 تبدیل شدہ پڑوسی جینز کے مالیکیولر فنکشنز میں بنیادی طور پر ٹرانسکرپشن کوایکٹیویٹر سرگرمی، سسٹین قسم کی پیپٹائڈیس سرگرمی، اور کیلموڈولن بائنڈنگ (ضمنی شکل 3(k)) شامل ہیں۔ ویبریو کولری انفیکشن، ڈیلیٹڈ کارڈیو مایوپیتھی، اور ہیومن سائٹومیگالو وائرس انفیکشن KIRP (ضمنی شکل 3(l)) کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے تبدیل شدہ پڑوسی جینز کے KEGG پاتھ وے تجزیہ میں شامل تھے۔
CISTANCHE گردے/ گردوں کے انفیکشن کو بہتر بنائے گا۔
RCC والے مریضوں میں VEGFA کے ٹرانسکرپشن فیکٹر اہدافRCC والے مریضوں میں VEGFA کے ممکنہ ٹرانسکرپشن فیکٹر، kinase اور miRNA اہداف TRRUST سافٹ ویئر (ٹیبل 1) کا استعمال کرتے ہوئے حاصل کیے گئے تھے۔ Hypoxia-inducible factor 1 alpha subunit (HIF1A)، ٹرانسکرپشن فیکٹر AP-2 الفا (TFAP2A)، اور ایسٹروجن ریسیپٹر 1 (ESR1) KIRC کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جینز کے نیٹ ورک میں شامل کلیدی ٹرانسکرپشن عوامل تھے۔ (پی < 0۔{24}}5)۔="" rora،="" setd2،="" vegfa،="" اور="" vhl="" نے="" hif1a="" کے="" جین="" کو="" منظم="" کیا="" ہے۔="" اس="" کے="" علاوہ،="" tfap2a="" نے="" adra1a="" اور="" vegfa="" کے="" افعال="" کو="" منظم="" کیا۔="" nr5a2="" اور="" vegfa="" نے="" esr1="" کے="" جین="" کو="" منظم="" کیا="" ہے۔="" اس="" سے="" بھی="" بڑھ="" کر،="" وی="" ای="" جی="" ایف="" اے="" اور="" اس="" کے="" ہمسایہ="" جینز="" کے="" نیٹ="" ورک="" میں="" شامل="" کلیدی="" ٹرانسکرپشن="" عنصر="" کے="" اہداف="" سگنل="" ٹرانسڈیوسر="" اور="" ٹرانسکرپشن="" 3="" (stat3)="" کے="" ایکٹیویٹر،="" b-cells="" 1="" (nfkb1)="" میں="" کپا="" لائٹ="" پولی="" پیپٹائڈ="" جین="" بڑھانے="" والے="" جوہری="" عنصر،="" اور="" ہومیو="" ڈومین="" تھے۔="" kich="" (p="">< 0.01)="" کے="" مریضوں="" میں="" بات="" چیت="" کرنے="" والا="" پروٹین="" کناز="" 2="" (hipk2)۔="" stat3="" کے="" ریگولیٹڈ="" جین="" a2m،="" muc4،="" muc5b،="" tp53،="" اور="" vegfa="" تھے۔="" اس="" کے="" علاوہ،="" nfkb1="" نے="" a2m،="" muc5b،="" muc6،="" tnc،="" tp53،="" اور="" vegfa="" کے="" افعال="" کو="" منظم="" کیا۔="" tp53="" اور="" vegfa="" نے="" hipk2="" کے="" جین="" کو="" منظم="" کیا="" ہے۔="" مزید="" برآں،="" فورک="" ہیڈ="" باکس="" o3="" (foxo3)،="" tfap2a="" (ایکٹیویٹنگ="" اینہانسرس="" بائنڈنگ="" پروٹین="" 2="" الفا)،="" اور="" وی-ایٹس="" اریتھروبلاسٹوسس="" وائرس="" e26="" آنکوجین="" ہومولوگ="" 1="" (ets1)="" kirp="" کے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" اور="" اس="" کے="" پڑوسی="" جینز="" کے="" اہم="" ٹرانسکرپشن="" فیکٹر="" اہداف="" تھے۔="" پی=""><0.05)۔ مزید="" برآں،="" bcl2l11="" اور="" vegfa="" نے="" foxo3="" کے="" جین="" کو="" منظم="" کیا="" ہے۔="" مزید="" برآں،="" tfap2a="" نے="" muc4="" اور="" vegfa="" کے="" افعال="" کو="" منظم="" کیا۔="" casp1="" اور="" muc4="" ets1="" کے="" ذریعے="" ریگولیٹ="" کیے="" گئے="" جین="">
RCC والے مریضوں میں VEGFA کے Kinase اور miRNA اہداف ہم نے LinkedOmics (ٹیبل 2) کے ساتھ VEGFA نیٹ ورک کے سرفہرست تین کناز اہداف اور miRNA اہداف بھی حاصل کیے۔ KIRC میں VEGFA miRNA-ٹارگٹ نیٹ ورک ATAAGCT MIR-21 (P < 0="" سے="" وابستہ="" تھا۔{5}}5)۔="" مزید="" برآں،="" kich="" (p="">< 0۔{13}}5)="" والے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" کے="" کناز="" اہداف="" کناز="" atm="" تھے۔="" مزید="" برآں،="" kirp="" (p=""><0.05) والے="" مریضوں="" میں="" kinase="" cdk1="" اور="" kinase="" aurkb="" vegfa="" کے="" کناز="" ہدف="" تھے۔="" kirp="" (p=""><0.05) والے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" کے="" mirna="" اہداف="" (tcgatgg)="" mir-213،="" (tctgatc)="" mir-383،="" اور="" (caggtcc)="" mir-492="">
آر سی سی والے مریضوں میں مختلف جینز اور وی ای جی ایف اے اظہار کا باہمی تعلقہم نے LinkedOmics کے TCGA ڈیٹا بیس میں KIRC والے 533 مریضوں کا mRNA سیکوینسنگ ڈیٹا حاصل کیا۔ جیسا کہ ضمنی شکل 4(a) میں دکھایا گیا ہے، 20،158 جین VEGFA سے قریبی تعلق رکھتے تھے۔ ان میں سے، 11,417 اور 8741 جینوں نے VEGFA اظہار کے ساتھ بالترتیب مثبت اور منفی ارتباط ظاہر کیا۔ اس کے علاوہ، KIRC (P <0.05) (ضمنی="" شکل="" 4(b)="" اور="" (c))="" کے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" اظہار="" کے="" ساتھ="" 50="" اہم="" جین="" مثبت="" اور="" منفی="" طور="" پر="" منسلک="" تھے۔="" مزید="" یہ="" کہ،="" vegfa="" کے="" اظہار="" کا="" notch4="" (pearson="" correlation="" coefficient="0.7023," p="2.076e–80)" (ضمنی="" شکل="" 5(a))،="" gpr4="" (پیئرسن="" ارتباط="2)" کے="" ساتھ="" مضبوط="" مثبت="" تعلق="" تھا۔="" {19}}.702،="" p="2.63e–80)" (ضمنی="" شکل="" 5(b))،="" اور="" trib2="" (پیئرسن="" ارتباط="0.6972،" p="8.902e–79" )="" (ضمنی="" شکل="" 5(c))="" اظہار۔="" مزید="" برآں،="" ہم="" نے="" tcga="" ڈیٹا="" بیس="" میں="" kich="" والے="" 66="" مریضوں="" کے="" mrna="" کی="" ترتیب="" کے="" ڈیٹا="" کا="" تجزیہ="" کیا="" اور="" پایا="" کہ="" 19,216="" جین="" vegfa="" اظہار="" سے="" گہرا="" تعلق="" رکھتے="" ہیں۔="" ان="" میں="" سے،="" 8820="" اور="" 10,396="" جینوں="" نے="" بالترتیب="" vegfa="" اظہار="" (ضمنی="" شکل="" 4(d))="" کے="" ساتھ="" مثبت="" اور="" منفی="" ارتباط="" ظاہر="" کیا۔="" ہم="" نے="" 50="" اہم="" جینوں="" کی="" بھی="" نشاندہی="" کی="" جو="" kich="" (ضمنی="" شکل="" 4(e)="" اور="" (f))="" کے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" اظہار="" کے="" ساتھ="" مثبت="" اور="" منفی="" طور="" پر="" منسلک="" تھے۔="" اس="" کے="" علاوہ،="" vegfa="" اظہار="" مثبت="" طور="" پر="" ckmt2="" (پیئرسن="" ارتباط="0.6474،" p="4.236e–9)" (ضمنی="" شکل="" 5(d))،="" rragd="" (پیئرسن="" ارتباط="0" کے="" ساتھ="" مثبت="" طور="" پر="" وابستہ="" تھا۔="" .6279،="" p="1.673e–8)" (ضمنی="" شکل="" 5(e))،="" اور="" ppargc1a="" (pearson="" ارتباط="0.6086," p="5.93e–8)" (ضمنی="" شکل="" 5(f))="" اظہار۔="" آخر="" میں،="" ہم="" نے="" tcga="" ڈیٹا="" بیس="" میں="" kirp="" والے="" 290="" مریضوں="" کے="" mrna="" کی="" ترتیب="" کے="" ڈیٹا="" کا="" تجزیہ="" کیا۔="" مزید="" برآں،="" 20,023="" جین="" vegfa="" اظہار="" سے="" گہرا="" تعلق="" رکھتے="" تھے۔="" ان="" میں="" سے،="" 11,130="" اور="" 8893="" جینوں="" نے="" بالترتیب="" vegfa="" اظہار="" vegfa="" (ضمنی="" شکل="" 4(g))="" کے="" ساتھ="" مثبت="" اور="" منفی="" ارتباط="" ظاہر="" کیا۔="" ہم="" نے="" 50="" اہم="" جینوں="" کی="" نشاندہی="" کی="" جو="" kirp="" (ضمنی="" شکل="" 4(h)="" اور="" (i))="" کے="" مریضوں="" میں="" vegfa="" اظہار="" کے="" ساتھ="" مثبت="" اور="" منفی="" طور="" پر="" منسلک="" تھے۔="" vegfa="" کا="" اظہار="" مثبت="" طور="" پر="" flt1="" (pearson="" correlation="0.8184," p="2.909e–71)" (ضمنی="" شکل="" 5(g))،="" c6orf223="" (پیئرسن="" ارتباط="0" کے="" ساتھ="" مثبت="" طور="" پر="" وابستہ="" تھا۔="" 7779،="" p="4.606e–60)" (ضمنی="" شکل="" 5(h))،="" اور="" esm1="" (pearson="" correlation="0.7602," p="6.983e–56)" (ضمنی="" شکل="" 5="" (i))="">
CISTANCHE گردے/ گردوں کے درد کو بہتر کرے گا۔
RCC والے مریضوں میں مدافعتی خلیوں کی دراندازی اور VEGFA اظہارRCC والے مریضوں میں مدافعتی خلیوں کی دراندازی اور VEGFA اظہار کے درمیان تعلق کو مزید ظاہر کرنے کے لیے، ہم نے TIMER سافٹ ویئر کا استعمال کرتے ہوئے مدافعتی خلیوں کی دراندازی اور VEGFA اظہار کے درمیان ارتباط کی جانچ کی۔ KIRC کے مریضوں میں VEGFA کے اظہار کی سطح مثبت طور پر CD8 پلس T خلیات (Cor=0.197، P=3.36e-5)، CD4 پلس T خلیات ( کور= 0.301، P=4.41e-11)، اور نیوٹروفیلز (Cor =0.223، P= 1.44e -6) (ضمنی شکل 6(a))۔ مزید برآں، ہم نے KICH کے مریضوں میں مدافعتی خلیوں کی دراندازی اور VEGFA اظہار کے درمیان ارتباط کا تجزیہ کیا۔ B (Cor=0.349، P=4.39e-3)، CD8 پلس T (Cor= 0.398، P=1.03e -5)، اور ڈینڈریٹک خلیات (Cor=0.253، P=4.18e-2) VEGFA کے اظہار کے ساتھ مثبت طور پر وابستہ تھے (ضمنی شکل 6(b)) . آخر میں، KIRC کے مریضوں میں VEGFA کے اظہار کی سطح مثبت طور پر B (Cor= 0.16، P=1.04e-2)، CD8 پلس T (Cor{) کی دراندازی سے وابستہ تھی۔ {41}}.179، P=0.384e-3)، اور CD4 پلس T سیل (Cor=0.157، P=1.14e-2 ) (ضمنی شکل 6(c))۔ تاہم، میکروفیج کی دراندازی (Cor=−0.226, P=3.22e-4) منفی طور پر VEGFA اظہار (ضمنی شکل 6(c)) کے ساتھ وابستہ تھی۔
بحث
وی ای جی ایف اے، وی ای جی ایف فیملی کا ایک رکن، ایک اہم سائٹوکائن ہے اور انجیوجینیسیس کا ایک سرکردہ محرک ہے۔ 22 پری کلینیکل اسٹڈیز نے رپورٹ کیا ہے کہ آر سی سی والے مریضوں میں وی ای جی ایف اے کا زیادہ اظہار ہوتا ہے۔ .25,26 ٹیومر انجیوجینیسیس RCC کے بڑھنے میں اہم کردار ادا کرتا ہے۔ ٹیومر انجیوجینیسیس کو نشانہ بنانے والی دوائیں تقریباً 20 سالوں سے RCC کے علاج میں استعمال ہو رہی ہیں۔ ہم نے RCC والے مریضوں میں جین ریگولیشن نیٹ ورک، پروگنوسٹک ویلیو، اور VEGFA کی ٹارگٹ پیشن گوئی کو ظاہر کرنے کی کوشش کی۔
مزید یہ کہ ہم نے VEGFA کے اظہار کی سطح اور VEGFA کے امتیازی اظہار اور RCC والے مریضوں میں پیتھولوجیکل اسٹیج کے درمیان ارتباط کی کھوج کی۔ VEGFA اظہار عام افراد کی بجائے KIRC اور KICH کے مریضوں میں اپ گریڈ کیا گیا تھا۔ اس کے باوجود، KIRP کے مریضوں میں VEGFA اظہار کو کم کیا گیا تھا۔ یہ نتائج KIRC, KICH, اور KIRP, 26,28 کے مریضوں میں پچھلے مطالعے کے نتائج سے ملتے جلتے تھے اور KICH کے مریضوں میں پچھلے مطالعے کے نتائج کے برعکس تھے۔ آر سی سی ہم نے پایا کہ KIRC، KICH، اور KIRP کے بالترتیب 4 فیصد، 8 فیصد، اور 4 فیصد مریضوں میں جینیاتی تبدیلیاں واقع ہوئیں۔ مزید برآں، VEGFA کا پروموٹر میتھیلیشن لیول صحت مند افراد کے مقابلے KIRC کے مختلف مراحل والے مریضوں میں کم تھا۔ اس کے برعکس، VEGFA کا پروموٹر میتھیلیشن لیول اسٹیج 1 KIRP والے مریضوں میں زیادہ تھا۔ تاہم، KICH والے مریضوں اور صحت مند افراد کے درمیان VEGFA کے پروموٹر میتھیلیشن کی سطح میں کوئی فرق نہیں پایا گیا۔ لہذا، ہم فرض کرتے ہیں کہ VEGFA کی جینیاتی تبدیلی اور میتھیلیشن RCC والے مریضوں میں VEGFA کے مختلف تاثرات کی سب سے بڑی وجہ ہو سکتی ہے۔ VEGFA اظہار اور KIRC اور KIRP پیتھولوجیکل مراحل۔ مزید برآں، KIRP والے مریضوں کی بقا VEGFA اظہار کی سطح کم رکھنے والے KIRP والے مریضوں کی نسبت زیادہ VEGFA اظہار کی سطح رکھنے والے مریضوں سے زیادہ تھی۔ خاص طور پر، ہم نے بیماری سے پاک بقا کے منحنی خطوط پر مبنی KIRP والے مریضوں میں 100 ماہ کے بعد الٹا نتائج حاصل کیے۔ اس طرح، KIRP کے مریضوں میں VEGFA اظہار کی سطح ایک تشخیصی اشارے ہوسکتی ہے۔ کچھ مطالعات نے اشارہ کیا ہے کہ VEGF اظہار اعلی درجے کی RCC کی ایک لازمی خصوصیت ہو سکتی ہے۔ CD147/VEGF شریک اظہار کا پتہ لگانے سے اعلی درجے کی RCC والے مریضوں کی تشخیص کی پیش گوئی کرنے میں مدد مل سکتی ہے۔
مزید یہ کہ، 50 سب سے زیادہ کثرت سے آنے والے VEGFA پڑوسی جینوں کو RCC والے مریضوں میں درج ذیل تعدد کے مطابق تبدیل کیا گیا: 11.11 فیصد (KIRC) سے زیادہ یا اس کے برابر، 20 فیصد (KICH) سے زیادہ یا اس کے برابر، اور 9.09 سے زیادہ یا اس کے برابر فیصد (KIRP)۔ اس کے بعد ہم نے VEGFA اور اس کے ہمسایہ جینز کے ممکنہ تعاملات اور افعال کی کھوج کی۔ ان میں پیچیدہ اور سخت کنکشن نیٹ ورک پائے گئے۔ KIRC کے مریضوں میں، یہ جین بنیادی طور پر پروٹین میتھیلیشن میں شامل تھے۔ تاہم، KICH کے مریضوں میں، VEGFA پڑوسی جینز پروٹین گلائکوسیلیشن اور سیل ڈھانچے کی دیکھ بھال میں کام کرتے ہیں۔ مزید برآں، VEGFA پڑوسی جین بنیادی طور پر KIRP کے مریضوں میں پٹھوں میں فائبر کی نشوونما اور تفریق سے متعلق تھے۔ پروٹین میتھیلیشن میں متحرک تبدیلیاں سیل کی قسمت کے تعین اور سیل کی نشوونما کے لیے ضروری ہیں۔ پروٹین میتھیلیشن بنیادی طور پر Lys اور Arg کی باقیات کی سائیڈ چینز پر ہوتی ہے۔ 30 مثال کے طور پر، ہسٹون میتھیلیشن عام طور پر Lys اور Arg کی باقیات میں میتھیلیشن کے ساتھ کینسر میں دیکھی جاتی ہے۔ Aberrant O-glycosylation کینسر کے خلیوں میں oncogenic خصوصیات کی براہ راست شمولیت کے ذریعے کینسر کی نشوونما میں معاون ہے۔ 32 KIRP ایک مہلک ٹیومر ہے۔گردوںپیرینچیما جس میں ریشے دار برتن کے محور کے ساتھ پیپلیری یا نلی نما پیپلیری ڈھانچہ ہوتا ہے۔ KIRP کی موجودگی کا تعلق RCCs کے ساتھ angioleiomyoma-like stroma (جسے ہموار عضلات یا leiomyoma stroma بھی کہا جاتا ہے) کے ساتھ ان کے امیونو ہسٹو کیمیکل فینوٹائپس میں کافی مماثلت کی وجہ سے ہوسکتا ہے۔ آر سی سی کی ترقی
CISTANCHE گردے/ رینل ڈائیلاسز کو بہتر کرے گا۔
مزید برآں، GO افزودگی کے تجزیے سے یہ بات سامنے آئی ہے کہ KIRC کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے پڑوسی جینز کے افعال بنیادی طور پر سیل آسنجن مالیکیول بائنڈنگ اور کیٹلیٹک سرگرمی کے ساتھ ساتھ RNA پر عمل کرنے سے متعلق ہیں۔ اپیٹیلیل سیل آسنجن مالیکیول (EPCAM) نے حال ہی میں مختلف ٹیومر کی تشخیص، تشخیص اور علاج کے لیے امیدوار پروٹین کے طور پر توجہ حاصل کی ہے۔ ای پی سی اے ایم آر سی سی میں ایک آزاد پروگنوسٹک مالیکیولر مارکر ہے، اور بہتر تشخیص کے لیے معاون معلومات فراہم کر سکتا ہے۔ KICH35 کے مریضوں میں مائٹوکونڈریل مورفولوجیکل اور فنکشنل تبدیلیاں معلوم ہوتی ہیں۔ ATPase سرگرمی میں ردوبدل ایک ممکنہ روگجنک طریقہ کار ہو سکتا ہے۔ تاہم، اس طریقہ کار کی تصدیق کے لیے مزید مطالعات کی ضرورت ہے۔ ہمارے مطالعے میں، KIRP کے مریضوں میں VEGFA اور اس کے بدلے ہوئے پڑوسی جینز کے مالیکیولر افعال میں بنیادی طور پر ٹرانسکرپشن کوایکٹیویٹر سرگرمی، سسٹین قسم کے پیپٹائڈیس سرگرمی، اور کیلموڈولن بائنڈنگ شامل ہیں۔ کالموڈولن ایک ہر جگہ موجود انٹرا سیلولر کیلشیم بائنڈنگ پروٹین ہے جو مبینہ طور پر سیل سائیکل سے وابستہ ہے۔ RCC والے مریض ٹیومر کیلموڈولن کے مواد اور ٹیومر کی نشوونما کی شرح کے درمیان ایک مثبت تعلق کو ظاہر کرنے کے لیے جانا جاتا ہے۔ 36 ہم نے پایا کہ ذیابیطس کی پیچیدگیوں میں AGE-RAGE سگنلنگ پاتھ وے، PI3K-Akt سگنلنگ پاتھ وے، ABC ٹرانسپورٹر ایکشن، اور انسانی ٹی سیل لیوکیمیا وائرس۔ 1 انفیکشن بنیادی طور پر VEGFA اور RCC والے مریضوں میں اس کے پڑوسی جین کے KEGG پاتھ وے تجزیہ میں شامل تھے۔ یہ عمل کینسر کے ہونے اور بڑھنے سے گہرا تعلق رکھتے ہیں۔ 37 اس طرح، ان سگنلنگ راستوں کو ریگولیٹ کرنا ممکنہ RCC علاج کا ہدف ہو سکتا ہے۔
ہم نے RCC والے مریضوں میں VEGFA کے اہداف اور ریگولیٹرز کا بھی تجزیہ کیا۔ ہم نے سب سے پہلے RCC والے مریضوں میں VEGFA اور اس کے ہمسایہ جین کے ٹرانسکرپشن فیکٹر اہداف کی کھوج کی، اور پایا کہ HIF1A، TFAP2A، اور ESR1 KIRC کے مریضوں میں اہم ریگولیٹری عوامل تھے۔ HIF-1 ایک کلیدی جین ریگولیٹر ہے جو ہائپوکسیا کے سیلولر ردعمل میں شامل ہے۔ HIF-1 اوور ایکسپریشن RCC روگجنن سے وابستہ ہے۔ مزید برآں، HIF1A کی فنکشنل پولیمورفزم RCC کے لیے حساسیت کا باعث بن سکتی ہے، اور HIF1A پولیمورفزم RCC کی تکرار، بڑھنے اور بقا کو متاثر کر سکتا ہے۔ ہم نے یہ بھی پایا کہ KICH کے مریضوں میں STAT3، NFKB1، اور HIPK2 نمایاں طور پر منظم عوامل تھے۔ STAT3 پروٹین اہم ٹرانسکرپشن عوامل ہیں جو غیر معمولی طور پر مختلف خرابیوں میں فعال ہوتے ہیں، بشمول RCC۔ 39 STAT3 روکنا RCC سیل کی منتقلی اور حملے میں رکاوٹ بن سکتا ہے۔
NFKB1 کا تعلق RCC سمیت بہت سے مہلک ٹیومر کے روگجنن سے ہے۔ فنکشنل NFKB1 پروموٹر پولیمورفزم RCC کے بڑھتے ہوئے خطرے سے وابستہ ہے۔ 41 HIPK2 سیل اپوپٹوسس اور پھیلاؤ کے ضابطے کے ساتھ ساتھ DNA کو پہنچنے والے نقصان کی مرمت اور دیگر بنیادی عملوں میں ایک منفرد کردار ادا کرتا ہے۔ اس طرح، HIPK2 نے بڑھتی ہوئی توجہ مبذول کرائی ہے۔ HIPK2 کے ذریعے FOXM1 فاسفوریلیشن RCC والے مریضوں میں ٹرانسکرپشن سرگرمی اور FOXM1 سیل کے پھیلاؤ کو فروغ دیتا ہے، جو کہ RCC کے علاج کا ایک ممکنہ طریقہ کار ہو سکتا ہے۔ KIRP کے مریضوں میں۔ FOXO3-ثالثی phosphofructokinase-M اظہار RCC سیل کی نشوونما، منتقلی، اور یلغار کو روکتا ہے، 43 FOXO3 کو ایک نئے بائیو مارکر کے طور پر RCC علاج میں ایک نئے علاج کے ہدف کے طور پر استعمال کیا جا سکتا ہے۔ انجیوجینیسیس کے دوران میٹرکس کی دوبارہ تشکیل؛ یہ RCC انجیوجینیسیس میں شامل ہو سکتا ہے۔ 45 ہم نے VEGFA سے وابستہ کناز اہداف (KICH میں ATM کے ساتھ ساتھ KIRP میں CDK1 اور AURKB) اور VEGFA سے وابستہ miRNA اہداف (MIR-21 KIRC میں؛ MIR{ {23}}، MIR-383، اور MIR-492 KIRP میں)۔ پچھلی دہائی کے دوران، بہت سے مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ پروٹین کناز کی خرابی یا تغیرات کینسر کی موجودگی میں ایک اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ کینسر کی تحقیق نے انسانی ٹیومرجینیسیس اور کینسر کے بڑھنے میں بہت سے پروٹین کنیز کے اہم کردار کو ظاہر کیا ہے، جس سے ان مالیکیولز کو نئے ٹارگٹڈ علاج کے لیے موثر امیدوار بنایا گیا ہے۔ کوڈنگ RNAs جو جین کے اظہار کے ضابطے میں ایک اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ miRNA inhibitors ہدف جین کے 3′ غیر ترجمہ شدہ خطے کے ساتھ تعامل کرکے ہدف کے جین کے اظہار کو کم کرتے ہیں۔ ٹیومر کو دبانے والے جینز اور آنکوجین اظہار کے اظہار کو منظم کرنے میں ان کا اہم کردار ٹیومرجنیسیس میں ان کے کردار کو بڑھاتا ہے۔ RCC علاج کے لیے ممکنہ علاج کے اہداف کے طور پر ریگولیٹڈ عوامل، کنیز، اور miRNAs کا تجزیہ۔
ہم نے آر سی سی کے مریضوں میں امتیازی طور پر اظہار کردہ جین اور وی ای جی ایف اے اظہار کے مابین ارتباط کی کھوج کی۔ RCC والے مریضوں میں VEGFA اظہار کے ساتھ 10 سے زیادہ،000 جین مثبت اور منفی طور پر منسلک تھے۔ ان میں سے، VEGFA کے ساتھ سب سے زیادہ تعلق رکھنے والے جین RCC کے مریضوں میں پائے گئے: KIRC میں NOTCH4، GPR4، اور TRIB2؛ KICH میں CKMT2، RRAGD، اور PPARGC1A؛ اور KIRP میں FLT1، C6orf223، اور ESM1۔ تاہم، کینسر سے متعلق ان جینوں کو نشانہ بنانا RCC کے لیے معاون علاج فراہم کر سکتا ہے۔ آر سی سی کی امیونو انفلٹریشن کا کلینیکل تشخیص سے گہرا تعلق ہے۔ 50 کینسر کی جگہوں پر مدافعتی خلیوں کی آمدورفت بنیادی طور پر خون کی نالیوں کے ذریعے ہوتی ہے۔ جیسا کہ توقع کی گئی ہے، ہم نے پایا کہ آر سی سی کے مریضوں میں وی ای جی ایف اے کا اظہار مثبت طور پر مدافعتی خلیوں کی دراندازی سے وابستہ تھا، جس میں سی ڈی 8 پلس ٹی سیل، سی ڈی 4 پلس ٹی سیل، میکروفیجز، نیوٹروفیلز اور ڈینڈریٹک سیل شامل ہیں۔ ہم VEGFA یا VEGFA سے متعلقہ ریگولیٹری اہداف پر کام کرنے والی دوائیں تیار کرکے RCCs کے مدافعتی خلیوں کی دراندازی کو بہتر بنانے کی امید کرتے ہیں۔ آخر میں، RCC والے مریضوں میں VEGFA کے اظہار کی سطح اور جین ریگولیشن نیٹ ورک کو تلاش کرکے، ہم نے RCC کے مطالعہ اور علاج کے بارے میں مزید بصیرت فراہم کی ہے۔ مزید برآں، ہم نے RCC مریض کی بقا کی درست پیشین گوئی کے لیے نئے علاج کے اہداف اور پروگنوسٹک بائیو مارکر کی نشاندہی کی۔
