گردے کی پیوند کاری میں پیشاب کی ویروم کی خرابی۔

رابطہ: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 ای میل:audrey.hu@wecistanche.com

تارا کے سگدل وغیرہ

انسانی مائکرو بایوم صحت کے لیے اہم ہے اور ضروری میٹابولک افعال اور بعض پیتھوجینز سے تحفظ میں کردار ادا کرتا ہے۔ اس کے برعکس، مائیکرو بایوم کا dysbiosis مختلف بیماریوں کے تناظر میں دیکھا جاتا ہے۔ حالیہ مطالعات نے روشنی ڈالی ہے کہ سینکڑوں بیکٹیریا پر مشتمل ایک پیچیدہ مائکروبیل کمیونٹی صحت مند پیشاب کی نالی کو نوآبادیاتی بناتی ہے، لیکن صحت اور بیماری میں انسانی پیشاب کے وائرس کے بارے میں بہت کم معلومات ہیں۔ کے سیاق و سباق میں انسانی پیشاب کے وائروم کا جائزہ لیناگردہٹرانسپلانٹیشن (tx)، پیشاب کے وائروم کی ساخت میں تغیرات کا جائزہ عام صحت مند رضاکاروں کے ساتھ ساتھ مریضوں کے پیشاب کے نمونوں میں کیا گیا۔گردہبیماریان کے گردے کا ٹی ایکس کروانے کے بعد۔ مائع کرومیٹوگرافی-ماس اسپیکٹومیٹری/ماس اسپیکٹرومیٹری تجزیہ 142 کے منتخب گروپ پر کیا گیا تھا۔گردےtx مریض اور عام صحت مند کنٹرول، 770 کے بڑے بائیو بینک سےگردہبایپسی پیشاب کے نمونوں سے مماثل ہے۔ عام صحت مند کنٹرول پیشاب کے تجزیہ کے علاوہ، کے کوہورٹگردہtx مریضوں میں بایپسی سے تصدیق شدہ فینوٹائپ کی درجہ بندی تھی، جو پیشاب کے نمونے کے تجزیہ سے مطابقت رکھتی تھی، اسٹیبل گرافٹس (STA)، ایکیوٹ ریجیکشن، BK وائرس نیفرائٹس، اور دائمی ایلوگرافٹ نیفروپیتھی۔ ہم نے 37 منفرد وائرسوں کی نشاندہی کی جن میں سے 29 کی شناخت پہلی بار انسانی پیشاب کے نمونوں میں کی جا رہی ہے۔ انسانی پیشاب کی ویروم کی ساخت صحت اور گردے کی چوٹ میں مختلف ہوتی ہے، اور پیشاب کی نالی میں وائرل پروٹین کی تقسیم IS کی نمائش، خوراک، اور مختلف کیڑے مار ادویات اور کیڑے مار ادویات کے ماحولیاتی، غذائی، یا جلد کی نمائش سے مزید متاثر ہو سکتی ہے۔

مطلوبہ الفاظ: گردہٹرانسپلانٹیشن، وائروم، پیشاب، پروٹومکس، بائیو مارکر

Cistanche tubulosa گردے کی بیماری سے بچاتا ہے، نمونہ حاصل کرنے کے لیے یہاں کلک کریں۔

تعارف

انسانی مائکرو بایوم کا وسیع پیمانے پر مطالعہ کیا گیا ہے مختلف بائیو فلوئڈز، جیسے کہ خون (1)، پیشاب (2–4)، تھوک (5، 6)، دماغی اسپائنل فلوئڈ (7)، اور برونچوئلویولر لیویج (8، 9)، اس کے اثر و رسوخ کے لیے۔ انسانی صحت اور بیماری پر (10)۔ انسانی جسم کے مختلف خطوں میں مائیکروبائیومز کی تشخیص کے بارے میں متعدد رپورٹس رپورٹ کی گئی ہیں جن میں پھیپھڑے اور آنت (11–15) شامل ہیں۔ تاہم، گردے کی پیوند کاری (tx) (16، 17) کے بعد گردے کی چوٹ کے تناظر میں پیشاب کے مائکرو بایوم اور اس کی تبدیلیوں کے بارے میں بہت کم معلومات ہیں۔ زیادہ تر انسانی مائکرو بایوم اسٹڈیز نے بیکٹیریل پروفائلنگ (18) کے لیے 16S rRNA کا نقشہ بنایا ہے، اور پیشاب کے وائروم کی جانچ کرنے والے ڈیٹا کا صرف ایک چھوٹا سا حصہ ہے (19, 20)، اور ایک ہی شائع شدہ مطالعہ نے وائرل جینومک اجزاء کا نقشہ بنانے کے لیے اگلی نسل کی ترتیب کا استعمال کیا ہے۔ گردے کی پیوند کاری کے مریضوں کے پیشاب میں (19)۔

مائکرو بایوم کا ڈیس بائیوسس متعدد بیماریوں سے منسلک ہے جیسے سوزش والی آنتوں کی بیماری، بڑی آنت کا کینسر، موٹاپا، اور پلمونری بیماری (21-25)، لیکن انسانی جسم کے رطوبتوں میں وائروم کی تبدیلیوں کے بارے میں بہت کم معلوم ہے، جیسے تھوک، برونچوئلولر لیویج، اور پیشاب. یہ تسلیم کیا جاتا ہے کہ مائکرو بایوم کے مختلف اجزاء ضروری کام انجام دیتے ہیں جن میں کوفیکٹرز اور وٹامنز کی بایو سنتھیسز، ضروری مرکبات کا میٹابولزم، اور پیتھوجینز (26–28) سے رکاوٹ کا تحفظ شامل ہے۔ اسی طرح کے dysbiotic اور حفاظتی افعال بھی پیشاب کے وائرس سے منسوب کیے جا سکتے ہیں۔ لہذا، صحت اور بیماری میں انسانی وائرس کی ساخت کا پتہ لگانا ضروری ہے۔ اس مطالعہ کے مقاصد کے لیے، ہم نے ان مطالعات کو پیشاب میں صحت اور گردے tx کے بعد IS کی نمائش کے تناظر میں، گردے کے مستحکم فعل کے دوران، اور گردے tx کی چوٹ کے تناظر میں کرنے کا انتخاب کیا۔ مطالعہ کا محور وائرس کے ذخیرے کا جائزہ لینا تھا جیسا کہ انسانی پیشاب میں موجود پیپٹائڈس اور IS کے سامنے آنے کے بعد ان کی ہنگامہ آرائی اور گردے کی شدید، دائمی اور متعدی چوٹ کی مختلف وجوہات کا تعین کرنا تھا۔

مائکرو بایوم وقت کے ساتھ تبدیل ہوتا ہے اور حیاتیات کے تنوع سے منسلک ہوتا ہے۔ مائیکرو بایوم تجزیہ کو ترتیب فائیلوجنی کی بنیاد پر آپریشنل ٹیکونومک اکائیوں کی بنیاد پر ساختی تجزیہ اور میٹاجینومکس کی ترتیب اور پروٹومکس (29، 30) پر مبنی فنکشنل تجزیہ دونوں میں الگ کیا جا سکتا ہے۔ مختلف بیماریوں میں شناخت شدہ مائکرو بائیوٹا کا مزید مطالعہ کاشت، فنکشنل میٹاجینومکس، اور ملٹی پلیکسڈ امیونو فلوروسینس اور سیٹو ہائبرڈائزیشن کے ذریعے کیا جا سکتا ہے۔ NIH انسانی مائکرو بایوم پروجیکٹ نے انسانی مائکرو بایوم کو 300 افراد (31) سے 15 باڈی سائٹس میں شائع کیا ہے۔

گردے کی بیماری کا علاج: CISTANCHE

مواد اور طریقے

اسٹینفورڈ یونیورسٹی اور یونیورسٹی آف کیلیفورنیا سان فرانسسکو کے کڈنی ٹی ایکس پروگراموں سے بالغوں اور بچوں کے نمونوں سے منظور شدہ باخبر رضامندی کے ذریعے 2016 پر مشتمل بائیو ریپوزٹری سے کل 142 منفرد نمونوں کا جائزہ لیا گیا، پیشاب کے نمونوں کے درمیان جن میں سے 770 مماثل گردے کے ساتھ تھے۔ سنٹرلائزڈ پیتھالوجی ہسٹولوجی کے ساتھ tx باکس، چوٹ کے ذریعے گردے کے ٹی ایکس اسکور کرنے کے لیے معیاری بنف اسکیما (32) کا استعمال کرتے ہوئے کمپارٹمنٹ اسکورز (شکل 1)۔ اس مطالعہ کو یونیورسٹی آف کیلیفورنیا، سان فرانسسکو کے انسانی ریسرچ پروٹیکشن پروگرام نے منظور کیا تھا۔ پیشاب کے نمونوں کو مماثل کڈنی بی ایکس پیتھالوجی کی بنیاد پر پانچ گروپوں میں فینوٹائپ کیا گیا تھا: صحت مند کنٹرول (HC؛ n=9)، مستحکم گرافٹ (STA؛ n=40)، شدید مسترد (AR؛ n {{) 7}})، دائمی ایلوگرافٹ نیفروپیتھی (CAN؛ n=39)، اور BK وائرس نیفرائٹس (BKVN؛ n=17)۔ پیشاب کی تلچھٹ سے چھٹکارا پانے کے لیے پیشاب کو 2،000 ×g 4 ڈگری پر 20 منٹ کے لیے سینٹرفیوج کیا گیا۔ سپرنٹنٹ کو 10 kDa کی فلٹر جھلی سے گزرا گیا تاکہ 10 kDa سائز سے بڑے برقرار پروٹین سے مقامی پیپٹائڈس کو ہٹایا جا سکے۔ اس کے بعد کل پروٹین کو ٹرپسن ہضم کیا گیا اور نتیجے میں ٹریپٹک پیپٹائڈس کا تجزیہ LC-MS پلیٹ فارم (Orbitrap Velos MS) کے ذریعے کیا گیا۔ پروٹین کی تیاری اور تجزیوں کے تفصیلی طریقے کہیں اور رپورٹ کیے گئے ہیں (33)۔

ہمارے گروپ (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf) کے ذریعہ تیار کردہ MSGF پلس حسب ضرورت الگورتھم، مشترکہ انسانی پروٹین سیکوینس ڈیٹا بیس اور NCBI وائرل ڈیٹا بیس کے خلاف MS/MS سپیکٹرا کو تلاش کرنے کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ پیپٹائڈس کو ابتدائی طور پر درج ذیل معیارات کو لاگو کرتے ہوئے ڈیٹا بیس کی تلاش سے شناخت کیا گیا تھا: MSGF اسپیکٹرم E-value (پیپٹائڈ کی MS/MS اسپیکٹرم سے مماثلت کی کم قیمت کے ساتھ صحیح میچ ہونے کا زیادہ امکان)<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

نتائج

ہمارے گروپ نے پہلے ان پیشاب کے نمونوں میں حیاتیاتی طور پر متعلقہ انسانی پروٹینوں کا ایک تفصیلی تجزیہ شائع کیا ہے جو گردے کی پیوند کاری کے وصول کنندگان سے مختلف گرافٹ انجری فینوٹائپس کے ساتھ جمع کیے گئے ہیں، جیسا کہ بایپسی پر مماثل کڈنی ٹرانسپلانٹ ہسٹوپیتھولوجی سے تصدیق ہوتی ہے، پیشاب کے نمونے کے ساتھ ہی جمع کیا گیا تھا۔ یہ ڈیٹا پروٹومک MassIVE ریپوزٹری (الحاق MSV000079262) اور ProteomeXchange ریپوزٹری (الحاق PXD002761) (33) میں جمع کیا گیا ہے۔ اس مطالعہ میں، ہم نے صرف گردے کی پیوند کاری کے مریضوں کے ایک ہی گروہ میں وائرل پروٹین کی شناخت اور تجزیہ پر توجہ مرکوز کی، جس میں صحت اور گردے کی چوٹ دونوں میں وائرل پروٹین کا اندازہ کرنے کے لیے عمر اور جنس کے مطابق صحت مند کنٹرول انسانی پیشاب کے نمونے بھی شامل کیے گئے۔ . یہ نوٹ کرنا ضروری ہے کہ پیشاب میں انسانی اور وائرل پروٹینوں کا مجموعی تجزیہ کیا گیا ہے، صرف وائرل پروٹین ہی تشکیل پاتے ہیں۔<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

اس مقالے میں پیش کردہ نتائج وائرل پیپٹائڈ میپنگ سے آتے ہیں، وائرل اجزاء کی جینومک ترتیب کے برعکس جیسا کہ پچھلی اشاعتوں کے ذریعہ رپورٹ کیا گیا ہے (19)۔ ابتدائی تجزیے کے طور پر، ہم STA، AR، CAN، اور BKVN کے ہر گردے کی پیوند کاری کے فینوٹائپ کے لیے مخصوص پیشاب کے وائرل پروٹین کے پھیلاؤ پر توجہ مرکوز کرتے ہیں، اور صحت مند کنٹرول پیشاب کے وائرس پر نوٹ کیے گئے تغیرات پر۔ ہر نمونے کے لئے پیشاب کے وائرل پروٹین کے اعداد و شمار کو نمونے کی کثرت کے لئے جانچا گیا تھا جو نمونے کی پوری آبادی میں اس وائرس کی اوسط سطح کے مقابلہ میں تھا۔ ہم نے پایا کہ اوسطاً، 22 فیصد (حد 4-67 فیصد) کڈنی ٹرانسپلانٹ کے مریضوں کے پیشاب میں مختلف وائرل پروٹینز پائے جاتے ہیں، بی کے وی این والے مریضوں کو چھوڑ کر، جہاں پیشاب میں بی کے وائرس کا پتہ لگانے کی توقع کی جاتی ہے، جیسا کہ یہ مریض ان کے پیشاب کی نالی اور کڈنی ٹرانسپلانٹ میں بی کے وائرس کا انفیکشن ہے۔ مختلف tx چوٹ کی حالتوں اور عام صحت میں مختلف وائرل پروٹین کی تقسیم کو گرمی کے پھیلاؤ کے نقشے میں دکھایا گیا ہے (شکل 2)۔ مجموعی طور پر، 37 منفرد وائرسوں میں سے کل 57 وائرل پروٹینز کی نشاندہی کی گئی، ان میں سے بہت سے غیر متوقع تھے اور پہلے انسانی پیشاب میں "commensals" کے طور پر بیان نہیں کیے گئے تھے۔ ان منفرد وائرسوں میں سے، 8 وائرس سنگل اسٹرینڈڈ RNA وائرس تھے، 1 وائرس سنگل اسٹرینڈ RNA-RT وائرس تھا، اور 28 وائرس ڈبل پھنسے ہوئے DNA وائرس تھے (ٹیبل 1)۔ 142 مریضوں میں سے، تمام مریضوں کے پیشاب میں کم از کم ایک وائرل پروٹین تھا، اوسطاً 10.23 ± 4.57 وائرل پروٹین/نمونہ۔

انسانی پیشاب وائرل پروٹین کا پھیلاؤ

صحت مند کنٹرول گروپ میں 20 منفرد وائرل پروٹین تھے جن کی گروپ اوسط 13.67 ± 1.32 وائرل پروٹین تھی۔ دیکھ بھال IS اور مستحکم گردے tx فنکشن والے گردے کے tx کے مریضوں میں گروپ میں منفرد وائرسوں کی تعداد شماریاتی طور پر نمایاں طور پر کم تھی (8.08 ± 2.78؛ p=7e-10) جب صحت مند گروہ (عام گردے) کے مقابلے میں فنکشن اور ایک عام مدافعتی نظام)، بغیر کسی IS کی نمائش کے۔ صحت مند کنٹرولوں کے مقابلے STA گروپ میں اس کے بجائے نو نئے وائرل پروٹینز کا پتہ چلا ہے، جن کا تعلق درج ذیل وائرسوں سے ہے: جنن وائرس، کوٹیسیا کانگریگاٹا براکووائرس، ایگروٹیس سیجٹم نیوکلیوپولی ہیڈرو وائرس، پیسیٹاسڈ ہرپیس وائرس 1، سیوڈوکوپاؤ وائرس، اسپوڈوپٹیرا فروگائیوائرس، ایک سے زیادہ وائرس۔ کاؤپیا موٹل وائرس، اور ہیلی کوورپا زی سنگل نیوکلیو پولی ہیڈرو وائرس۔ tx کے بعد گردے کی چوٹ (IS کی مسلسل نمائش کے باوجود)، STA tx کوہورٹ کے مقابلے میں منفرد وائرل پروٹینز کی تعداد میں مجموعی طور پر اضافہ، CAN مریض گروپ (11.46 ± 3.52; p {{) میں پیشاب کے وائرل پروٹینز میں نمایاں اضافہ کے ساتھ۔ 16}}e-10)، اور BKVN مریضوں کا گروپ (15.76 ± 5.65؛ p=13.7e-10)۔ پیشاب کے وائرل پروٹینوں کا ذخیرہ مختلف tx چوٹ کے زمرے میں بالکل الگ نظر آتا ہے (شکل 3)۔ پیشاب میں BKV وائرل پروٹین کا پھیلاؤ AR میں 60-70 فیصد، CAN کے مریضوں میں 70-80 فیصد، اور BKVN والے مریضوں میں 100 فیصد تک بڑھ جاتا ہے (شکل 2) اس بات کو نمایاں کرتا ہے کہ پیشاب میں BK وائرس کی کثرت کا نتیجہ ہو سکتا ہے۔ IS کے اضافے سے، جیسا کہ AR زمرہ میں دیکھا گیا ہے، اور TX کے بعد زیادہ وقت کے ساتھ، جیسا کہ CAN زمرہ میں دیکھا گیا ہے۔ BKVN پیشاب کے نمونے پیشاب کے وائرل پروٹین کے زیادہ سے زیادہ فرق کو ظاہر کرتے ہیں، جیسا کہ توقع ہے۔ چار وائرل پروٹین جو دیگر تمام نمونوں میں مستقل طور پر موجود ہیں، بشمول نارمل صحت مند کنٹرولز (کینری پوکس وائرس، ٹاکاریب وائرس، سمین وائرس 12، ایسڈیانس فلیمینٹس وائرس 8)، اب BKVN کوہورٹ میں نہیں دیکھے جاتے ہیں۔ جیسا کہ BKV ایک DNA وائرس ہے، ہم نے جانچا کہ آیا پیشاب کے وائرس میں ہونے والی تبدیلیاں زیادہ تر BKVN میں نئے DNA وائرس کے ابھرنے سے متعلق ہیں۔ پانچ نئے وائرل پروٹین صرف BKVN کوہورٹ میں نوٹ کیے گئے ہیں (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, Invertebrate iridescent virus 6, Gallid herpesvirus 2)۔ BKVN کوہورٹ وائرس میں سے 4/5 ڈبل پھنسے ہوئے DNA وائرس تھے (ٹیبل 1)۔

انسانی پیشاب وائرل پروٹین کی کثرت

اس کے بعد ہم نے تمام tx مریضوں اور HC پیشاب کے نمونوں میں مختلف وائرل پروٹین کی کثرت کا اندازہ کیا۔ جانچے گئے 37 منفرد وائرسوں میں سے، درج ذیل وائرس STA IS کے مریضوں میں سب سے زیادہ پائے جاتے ہیں (Acidianus filamentous virus 8، Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus، BK polyomavirus، Canarypox وائرس، Cotesia congregata bracovirus، Cowpea mottle palliovirus، Glossipinavirus، Glossipina Virus، Glossipina Virus) Simian وائرس 12، Tacaribe وائرس)، اور مارسیلا وائرس کی بڑھتی ہوئی کثرت CAN اور BKVN دونوں میں دیکھی جاتی ہے۔ BKVN مریضوں میں BKV وائرس کے ساتھ انٹرارینل انفیکشن کے باوجود، ہم مشاہدہ کرتے ہیں کہ BK وائرس کی نچلی سطحوں کا پتہ تمام جانچ شدہ tx زمروں اور صحت مند کنٹرولوں میں بھی پایا جاتا ہے، امکان ہے کہ BK وائرس عام انسانی پیشاب کا کامنسل ہوتا ہے، انسانی uroepithelium میں اس کے استقامت کے ساتھ۔ تقریباً تمام معائنہ شدہ ہائی کورٹ اور گردے کے ٹی ایکس مریضوں میں کم سطح پر ہونا غیر متوقع نہیں ہے۔

گردے کی بیماری کا علاج: CISTANCHE

بحث

اعضاء کی پیوند کاری میں مائکرو بایوم کے کردار کا مطالعہ (13, 17, 34) کھانے کی مقدار، عمل انہضام، میٹابولزم، اور ترمیم کے اثرات کو مدنظر رکھتا ہے۔ تاہم، tx اور IS دوائیوں کی وجہ سے مائکروبیوٹا کا dysbiosis ایک اہم عنصر ہے جو بنیادی طور پر اہم جرثوموں میں کمی کرتا ہے اور اس کے نتیجے میں مجموعی تنوع میں کمی واقع ہوتی ہے، اور چند نئی غالب مائکروبیل آبادی کا ظہور ہوتا ہے (35)۔ اس تحقیق سے ایک بہت ہی دلچسپ دریافت یہ ہے کہ اس ڈیٹاسیٹ میں شناخت کیے گئے 37 وائرسوں میں سے صرف 8 کو پہلے انسانوں میں بیان کیا گیا ہے، اور ان میں سے بہت سے کو روگجنک بھی بتایا گیا ہے۔ انسانی انفیکشن کو کچھ شناخت شدہ وائرسوں کے ساتھ بیان کیا گیا ہے، جو تجویز کرتے ہیں کہ پیشاب میں ان کی موجودگی کا تعلق عام سیسٹیمیٹک یا بنیادی گردوں کی چوٹ کے روگجنن سے ہو سکتا ہے۔ جنین وائرس (ایک ارینا وائرس) انفیکشن کے نتیجے میں طبی انسانی بیماری ہو سکتی ہے جس میں بخار بھی شامل ہے، اور ساتھ ہی ارجنٹائن ہیمرجک بخار (36) کے نام سے جانا جاتا ہے۔ Tacaribe وائرس ایک ارینا وائرس ہے جو انسانی بخار اور ہیمرج کی بیماری کا سبب بھی بن سکتا ہے (36)۔ HHV-6 وائرس بچوں میں بہت زیادہ پھیلنے والا وائرس ہے اور بخار، اسہال، اور دانے (37) کا سبب بنتا ہے۔ Rhinoviruses سنگل پھنسے ہوئے RNA وائرس ہیں جو انسانوں میں سب سے زیادہ متعدی ایجنٹ ہیں اور عام زکام کے لیے سب سے زیادہ ممکنہ مجرم ہیں (38)۔ Acanthocystis سرفیس کلوریلا وائرس 1 44 فیصد صحت مند انسانوں (39) میں پایا گیا ہے اور اسے صرف oropharynx میں بیان کیا گیا ہے اور یہ انسانوں کے لیے روگجنک نہیں جانا جاتا ہے۔ مارسیل وائرس ایک نیوکلیو سائیٹوپلاسمک بڑا ڈی این اے وائرس ہے جسے نان فیبرائل لیمفاڈینوپیتھی (40) والے مریضوں کے خون اور پاخانہ میں بیان کیا گیا ہے۔

SV40 وائرس ایک DNA پولیوما وائرس ہے جو ممکنہ طور پر آلودہ ویکسین (41) کے ذریعے انسانی آبادی میں متعارف کرایا گیا تھا اور اس وائرس کا انفیکشن اکثر BK وائرس کے انفیکشن کے ساتھ مل کر متاثر ہوتا ہے، یہ tx آبادی میں تقریباً غیر متزلزل پایا جاتا ہے۔ حالیہ مطالعات نے انسانی کینسر (42) کے ساتھ دائمی SV40 انفیکشن کے کردار پر بھی روشنی ڈالی ہے۔ SV40 کے T antigen کے خلاف اینٹی باڈیز BK اور JC وائرسز کے T antigens کے ساتھ کراس رد عمل ظاہر کرتی ہیں، جو کہ تمام polyomavirus خاندان میں ہیں، اور SV40 داغ BKVN میں BK وائرس انفیکشن کی تشخیص کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ BK وائرس کی نمائش، گردے میں، عام آبادی کے 90 فیصد میں دیکھی جاتی ہے، اور ہمارے اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ پیشاب کے وائرس کے نمونے کے تمام صحت مند کنٹرولوں میں BK وائرل پروٹین کے نشانات ہیں۔

BK وائرس کی نقل 10-60 فیصد گردے کے tx مریضوں میں دیکھی جاتی ہے جنہیں اپنے پیشاب میں BK وائرس بہانے کے لیے بیان کیا گیا ہے، جس کی تصدیق ہمارے ڈیٹا (شکل 2) سے ہوتی ہے۔ بی کے وائرس گردوں کے نلی نما اپکلا خلیوں میں پوشیدہ ہے اور اس کا پھیلاؤ مدافعتی dysfunction اور امیونوسوپریشن کی نمائش (43) کو بڑھانے کے لئے جانا جاتا ہے۔ اس مطالعے میں، ہم پیشاب کے وائرس سے متعلق کسی ایسے فرق کی نشاندہی نہیں کر سکے جو AR اور BKVN گروپوں میں فرق کر سکے، باوجود یہ کہ یہ حالات امیونولوجیکل طور پر الگ ہیں اور علاج کے بہت مختلف طریقوں کی ضرورت ہوتی ہے، یعنی BKVN میں امیونوسوپریشن کو کم کرنا اور AR میں امیونوسوپریشن میں اضافہ۔ اے آر زمرہ کی تصدیق کی گئی تھی اور باکس کے ٹشو میں ایک منفی SV40 داغ تھا۔ بہر حال، یہ اعداد و شمار بتاتے ہیں کہ گردے کے tx کے مریضوں میں BKVN کی کھوج کم رپورٹ کی جا سکتی ہے، اور ہسٹولوجیکل تبدیلیاں خراب ہو سکتی ہیں جس کے نتیجے میں BKVN بیماری کی کم تشخیص ہوتی ہے۔

بقیہ 19 وائرسوں میں سے جن کی پہلے انسانوں میں وضاحت نہیں کی گئی تھی، درج ذیل کو کیڑے مار دوائیوں/کیڑے مار ادویات کے طور پر استعمال کرنے کے لیے نوٹ کیا گیا ہے (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconspersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, singleoverpa armigera nucleopolyhedrous. صحت عامہ کے استعمال میں کیڑے مار ادویات کا مقصد بیماری کے امکانات کو محدود کرنا ہوتا ہے لیکن وہ انسانی بافتوں/جسمانی رطوبتوں میں داخل ہونے کے لیے جانا جاتا ہے اگر مناسب طریقے سے سنبھالا نہ جائے اور یہ کہ نامیاتی غذا بچوں کے پیشاب میں کیڑے مار ادویات کی تعداد کو محدود کرتی ہے (44, 45) . انسانی پیشاب کے نمونوں میں ان وائرل پروٹینوں کی تلاش ان پہلے سے دریافت شدہ، ممکنہ آلودگیوں سے ماحولیاتی نمائش کا سوال اٹھاتی ہے۔

صرف صحت مند کنٹرول گروپ میں کچھ وائرسوں کے 100 فیصد پھیلاؤ کی تلاش سے پتہ چلتا ہے کہ وائرل کمنسلز ہیں جو یا تو بغیر نقصان کے موجود ہوسکتے ہیں یا مدافعتی موافقت میں مدد کرنے کے لئے قیاس بھی کیا جاسکتا ہے۔ ان وائرسوں کا فائیلوجینیٹک ٹری تجزیہ دلچسپ ہو سکتا ہے، کیونکہ کچھ وائرس جیسے کہ بیکٹیریوفیجز پیتھوجینک بیکٹیریا کو ہٹا کر اور فطری قوت مدافعت کو بڑھانے میں مدد کرتے ہوئے صحت میں اہم کردار ادا کرتے ہیں (16)۔ حفاظتی وائرس یا فیز میں کمی کے نتیجے میں بیکٹیریا کے پھیلاؤ میں اضافہ ہو سکتا ہے جو کہ گردے کے ٹی ایکس کے بعد آئی ایس کے تناظر میں دیکھا جاتا ہے۔ IS کے تحت tx مریضوں میں پائی جانے والی نئی وائرل پرجاتیوں کی میٹجینومک ترتیب اس بات کی نشاندہی کر سکتی ہے کہ آیا IS کی نمائش نے کچھ وائرسوں کے مزاحمتی نمونوں یا مزاحمت کو تبدیل کر دیا ہے، خاص طور پر وہ جو کہ سوزش اور قوت مدافعت کا زیادہ شکار ہیں (16)۔ سلور نینو پارٹیکل ٹریٹمنٹ گٹ وائرل اور بیکٹیریل آبادی کو کم کرنے کے لئے دکھایا گیا ہے جو سوزش کے حامی ہیں (46)۔ Mucinophilic microbiomes غیر میزبان حفاظتی استثنیٰ فراہم کرنے کا زیادہ امکان رکھتے ہیں، اور IS کے ساتھ کسی بھی eosinophilic وائرس/مائکروبس کا نقصان بھی tx کے بعد مریضوں میں دیکھے جانے والے سیسٹائٹس اور پیشاب کی نالی کے انفیکشن کے بڑھتے ہوئے خطرے کا محرک ہو سکتا ہے۔

مائکرو بایوم صحت اور بیماری کی حالتوں کو آپس میں جوڑتا ہے۔ کیڑے مار ادویات/کیڑے مار ادویات کے طور پر استعمال ہونے والے وائرس کی ایک بڑی تعداد کا نیا پتہ لگانا ایک حیران کن تلاش ہے۔ ان وائرسوں کی شناخت جن کے پیشاب میں موجود ہونے کی توقع نہیں کی جاتی ہے ان کے جسم کے نظام میں داخل ہونے کے امکان کی طرف اشارہ کرتا ہے ادخال (کھانے، پانی، یا دیگر مشروبات جیسے دودھ کی آلودگی) یا جلد میں جذب (مثلاً، ہاتھ سے غلط دھونا)۔ درحقیقت، وفاقی قانون کے مطابق، انسانی خوراک کے کیڑے مار ادویات/کیڑے مار ادویات کی ایک چھوٹی باقیات کو تسلیم اور قبول کیا جاتا ہے (41، 47)، حالانکہ آج تک کسی نے پیشاب میں ان کی موجودگی کی جانچ نہیں کی ہے۔ یہ بھی ممکن ہے کہ یہ وائرس چڑھتے ہوئے انفیکشن کے ذریعے پیشاب کی نالی میں نوآبادیات یا حملہ کر دیں، خاص طور پر گردے کے ٹی ایکس مریض میں IS کے تناظر میں، جہاں میزبان مدافعتی دفاع کم ہوتا ہے۔

گردے کی چوٹ کی مختلف وجوہات والے مریضوں کے مختلف جغرافیائی اور آبادیاتی گروہوں میں انسانی وائروم کے ذخیرے کی تشخیص کے ذریعے ان نتائج کی مزید توثیق بہتر طور پر اس بات کی نشاندہی کرے گی کہ آیا اس تحقیق میں مشاہدہ کیا گیا وائرل پروٹین کا خاص ذخیرہ کسی مریض، ان کے جغرافیہ، ان کے لیے مخصوص ہے۔ ڈیموگرافی، یا گردے کی بیماری کی ذیلی قسم۔ پیشاب کے وائرل پی سی آر اسیسز کے ذریعے توثیق کے اضافی مطالعات گردے کی چوٹ کے دوسرے گروہوں میں ان وائرسوں کے طبی اثرات کا تیزی سے جائزہ فراہم کر سکتے ہیں۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ شناخت شدہ وائرل پیپٹائڈس کے ذخیرے میں، ہم نے کسی بھی مرحلے کا مشاہدہ نہیں کیا۔ اس کی وجہ پیشاب کے سپرناٹینٹ سے پیپٹائڈ کی تیاری کے لیے استعمال کیے جانے والے طریقہ کار سے منسوب ہے، جو بیکٹیریا (جو چھرے سے باہر نکلتے ہیں) پر قبضہ نہیں کرتے، فیج وائرس (48) کے میزبان ہیں۔ ڈی این اے کی ترتیب کے تجزیہ پر مبنی وائروم رپورٹ نے بھی شائع شدہ رپورٹ (19) میں مراحل کی شناخت نہیں کی۔ پیشاب کے وائروم مطالعہ جس نے سیزیم کلورائد کثافت میلان کا استعمال کرتے ہوئے پیوریفائیڈ بیکٹیریوفیج آئسولیشن کا استعمال کیا ہے اس نے فیز (20) کی شناخت کی اطلاع دی ہے۔ یہ تمام مضامین اس بات کی تائید کرتے ہیں کہ نمونے کی تیاری کا طریقہ کار حتمی نتائج کو متاثر کرتا ہے۔

کالونائزیشن، مزاحمت، اور مائکروبیل ماحولیات کو مائکروبیل انفیکشن (49) کے تناظر میں بیان کیا گیا ہے اور اچھی طرح سے مطالعہ کیا گیا ہے، اور یہ دکھایا گیا ہے کہ اینٹی بائیوٹک علاج (جانوروں میں انفیکشن کے علاج کے تناظر میں جو کھانے کی مصنوعات بناتے ہیں یا اس کے حصے کے طور پر۔ tx کے بعد کے پہلے 3-6 مہینوں میں tx کے مریضوں کے لیے اینٹی وائرل پروفیلیکسس) گٹ اور دیگر جسمانی رطوبتوں سے بہت سے کامنسل بیکٹیریل اور وائرل پرجاتیوں کو ختم کرتا ہے اور antimicrobial دفاع کو کم کرتا ہے (50)۔ ابتدائی زندگی میں مائیکرو بائیوٹا کے ذریعے کالونائزیشن مدافعتی نظام کو تشکیل دیتی ہے اور ہومیوسٹیٹک ریاست کے لیے مواقع کی کھڑکی پیدا کرتی ہے، جس میں اگر خلل پڑتا ہے، tx اور IS کے تناظر میں، سوزش میں حصہ ڈال سکتا ہے۔ مستقبل میں صحت سے متعلق ادویات کے نقطہ نظر صحت سے متعلق دوائیوں کے لئے "مائکرو بائیوٹا سینٹرڈ" اور "میزبان سینٹرڈ" نقطہ نظر سے تھراپی کو اپنی مرضی کے مطابق بنانا چاہتے ہیں۔ کچھ عرصہ پہلے تک، ہم نے فوڈ مائیکرو بایوم پر زیادہ توجہ نہیں دی ہے اور یہ سمجھنا کہ بہت سے ابھرتے ہوئے انفیکشنز کھانے کی اشیاء سے متاثر ہو سکتے ہیں۔ ایک میٹاجینوم ٹریکر ٹول تیار کرنے کی موجودہ کوششیں جو مختلف انفیکشنز کے اثرات کا جائزہ لے گی — بیکٹیریل، وائرل، اور فنگل اور ان کے فنگر پرنٹس جو ہم کھاتے ہیں اس کے تناظر میں، جو کہ محیطی درجہ حرارت، جانوروں کے گروپ کی ناقص بقا کی وجہ سے متاثر ہو سکتے ہیں۔ اور زرعی طریقوں بشمول مٹی کے علاج (میتھائل برومائڈ کے بطور کیڑے مار دوا کے علاج کے نتیجے میں بیسیلس پرجاتیوں میں بہت زیادہ اضافہ ہوتا ہے)، پانی کے ذرائع [تالاب میں مختلف مائکروبیل بوجھ بمقابلہ کنویں کے پانی (51)]، فوڈ پلانٹ کی کاشت کی جینیات اس کے نتیجے میں جرثوموں، پودوں اور کیڑے مار ادویات کے لیے پودوں کے دفاع میں تبدیلی ہو سکتی ہے (51)۔ وائرل اور بیکٹیریل لیپو پروٹینز مدافعتی ماڈیولیٹری خصوصیات کے لیے ذمہ دار ہو سکتے ہیں، اور حالیہ مطالعات مائیکرو بایوم تنوع کو منظم کرنے اور انفیکشن کو کنٹرول کرنے کے لیے فطری قوت مدافعت کے تعامل کے لیے بھی ایک کردار کی تجویز کرتے ہیں، مخصوص خلیے کے نسبوں جیسے کہ میوکوسل انویرینٹ ٹی سیلز (MAIT خلیات)۔ لہذا، اضافی مطالعات جو انسانی بافتوں کے مائکروبیل تنوع کی وجہ اور سوزش اور مدافعتی ردعمل پر اس کے اثرات پر توجہ مرکوز کرتے ہیں مستقبل کی تحقیق کے حصے کے طور پر انجام دینے کے لئے اہم ہوں گے۔

گردے کی بیماری کا علاج: CISTANCHE

اخلاقیات کا بیان

مطالعہ کے تمام نمونے اسٹینفورڈ یونیورسٹی کے لوسائل پیکارڈ چلڈرن ہسپتال میں 2000 اور 2011 کے درمیان پیڈیاٹرک اور نوجوان بالغ وصول کنندگان سے جمع کیے گئے تھے۔ اس مطالعہ کو اسٹینفورڈ یونیورسٹی میڈیکل اسکول اور یو سی ایس ایف میڈیکل سینٹر کی اخلاقیات کمیٹیوں نے منظور کیا تھا۔ تمام بالغ مریضوں اور غیر بالغ مریضوں کے والدین/سرپرستوں نے ہیلسنکی کے اعلامیے کی مکمل پابندی کرتے ہوئے تحقیق میں حصہ لینے کے لیے تحریری باخبر رضامندی فراہم کی۔

مصنف کی شراکتیں۔

MS اور TS نے مطالعہ کے ڈیزائن میں حصہ لیا؛ ایس این، ٹی ایس، این ایم، اور ایم ایس نے مضمون کی تحریر اور نتائج کی تشریح میں حصہ لیا۔ NM نے اعداد و شمار کے تجزیے اور نتائج کی تشخیص کی۔ CN, KB-J، اور W-JQ نے خام ڈیٹا تیار کیا اور اس پر کارروائی کی۔

فنڈنگ

ہم یونیورسٹی آف کیلیفورنیا سان فرانسسکو کے تعاون کو تسلیم کرتے ہیں۔ مصنفین NIDDK R01DK083447 (MS)، DP3 DK110844 (W-JQ)، اور P41 GM103493 (W-JQ) کی جانب سے فنڈنگ ​​سپورٹ کو تسلیم کرتے ہیں۔

گردے کی بیماری کا علاج: CISTANCHE

حوالہ

1. Potgieter M, Bester J, Kell DB, Pretorius E. دائمی، سوزش کی بیماریوں میں غیر فعال خون کا مائکرو بایوم۔FEMS مائکروبیول Rev(2015) 39(4):567–91۔ doi:10.1093/female/fuv013

2. Zhang Y, Zhao F, Deng Y, Zhao Y, Ren H. میٹاجینومک اور چوہوں میں ٹرائی-کلورواسیٹامائڈ-حوصلہ افزائی گٹ مائکرو بایوم اور پیشاب میٹابولوم کی خرابی کے زہریلے اثرات کا میٹابولومک تجزیہ۔J پروٹوم Res(2015) 14(4):1752–61۔ doi:10.1021/pr5011263

3. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Marchesi JR, et al. انسانی پیشاب کی مائکروبیوم؛ غیر علامتی بالغوں کے پیشاب میں بیکٹیریل ڈی این اے۔سامنے والا سیل متاثر کرنا مائکروبیول(2013) 3:41۔ doi:10.3389/fcimb.2013.00041

4. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, et al. 16S rDNA اور metaproteomics کی مربوط اگلی نسل کی ترتیب ریڑھ کی ہڈی کی چوٹ سے وابستہ نیوروپیتھک مثانے میں غیر علامتی بیکٹیریوریا سے صحت مند پیشاب مائکرو بایوم کو الگ کرتی ہے۔J ترجمہ میڈ(2012) 10:174۔ doi:10.1186/1479-5876-10-174

5. Lim Y, Totsika M, Morrison M, Punyadeera C. تھوک کے مائکرو بایوم پروفائلز جمع کرنے کے طریقوں یا DNA نکالنے کے پروٹوکول سے کم سے کم متاثر ہوتے ہیں۔سائنس نمائندہ(2017) 7(1):8523۔ doi:10.1038/s41598-017-07885-3

6. Nasidze I, Quinque D, Li J, Li M, Tang K, Stoneking M. بار کوڈڈ پائروسیکوینسنگ اور کلوننگ اپروچز کے ذریعے انسانی تھوک کے مائکرو بایوم تنوع کا تقابلی تجزیہ۔مقعد بائیو کیم(2009) 391(1):64–8۔ doi:10.1016/j.ab.2009.04.034

7. وانگ وائی، کاسپر ایل ایچ۔ مرکزی اعصابی نظام کی خرابیوں میں مائکروبیوم کا کردار۔دماغ برتاؤ امیون(2014) 38:1–12۔ doi:10.1016/j.bbi.2013.12.015

8. Lee SH, Sung JY, Yong D, Chun J, Kim SY, Song JH, et al. سومی ماس جیسے گھاووں کے مقابلے میں پھیپھڑوں کے کینسر کے مریضوں کے برونکولویولر لیویج سیال میں مائکرو بایوم کی خصوصیت۔پھیپھڑا کینسر(2016) 102:89–95۔ doi:10.1016/j.lungcan.2016.10.016

9. Twigg HL III، Morris A، Ghedin E، Curtis JL، Huffnagle GB، Crothers K، et al. سانس کے مائکرو بایوم کا اندازہ لگانے کے لیے برونکولویولر لیویج کا استعمال: شور میں سگنل۔لینسیٹ سانس میڈ(2013) 1(5):354–6۔ doi:10.1016/S2213-2600 (13)70117-6

10. ہیومن مائکروبیوم پروجیکٹ کنسورشیم۔ انسانی مائکرو بایوم ریسرچ کے لیے ایک فریم ورک۔فطرت(2012) 486(7402):215–21۔ doi:10.1038/nature11209

11. Kroemer A، Elsabbagh AM، Matsumoto CS، Zasloff M، Fishbein TM. آنتوں کی پیوند کاری میں مائکرو بایوم اور اس کے مضمرات۔کرر رائے عضو ٹرانسپلانٹ(2016) 21(2):135–9۔ doi:10.1097/MOT.00000000000000278

12. ویبر ڈی، اوفنر پی جے، ہائرجسٹ اے، کوسٹلر جے، گیسنر اے، ویبر ایم، وغیرہ۔ ٹرانسپلانٹیشن کے اوائل میں پیشاب میں انڈوکسائل سلفیٹ کی کم سطح ایک خلل شدہ مائکرو بایوم کی عکاسی کرتی ہے اور اس کا تعلق خراب نتائج سے ہوتا ہے۔خون(2015) 126(14):1723–8۔ doi:10.1182/blood-2015-04-638858

13. Vindigni SM, Surawicz CM. گٹ مائکروبیوم: ٹرانسپلانٹیشن میں طبی لحاظ سے اہم کھلاڑی؟ماہر Rev کلین امیونول(2015) 11(7):781–3۔ doi:10۔{6}}/1744666X.2015.1043894

14. Becker J, Poroyko V, Bhorade S. پھیپھڑوں کے ٹرانسپلانٹیشن کے بعد پھیپھڑوں کا مائکرو بایوم۔ماہر Rev سانس میڈ(2014) 8(2):221–31۔ doi:10.1586/17476348۔{8}}.890518

15. Hartman AL، Lough DM، Barupal DK، Fiehn O، Fishbein T، Zasloff M، et al. چھوٹے آنتوں کی پیوند کاری کے بعد انسانی آنتوں کا مائکرو بایوم ایک متبادل حالت اختیار کرتا ہے۔پروک ناٹل اکاد سائنس U S A(2009) 106(40):17187–92۔ doi:10.1073/pnas.0904847106

16. Rani A, Ranjan R, McGee HS, Andropolis KE, Panchal DV, Hajjiri Z, et al. گردے کی پیوند کاری کے مریضوں کے Urinary microbiome dysbiosis کو ظاہر کرتا ہے جس میں اینٹی بائیوٹک مزاحمت کی صلاحیت ہے۔ترجمہ Res(2017) 181:59–70۔ doi:10.1016/j trsl.2016.08.008

17. Fricke WF، Maddox C، Song Y، Bromberg JS. رینل ٹرانسپلانٹیشن کے دوران انسانی مائکرو بائیوٹا کی خصوصیت۔ایم J ٹرانسپلانٹ(2014) 14(2):416–27۔ doi:10.1111/ajt.12588

18. Lee JR، Muthukumar T، Dadhania D، Toussaint NC، Ling L، Pamer E، et al. گٹ مائکروبیل کمیونٹی کی ساخت اور گردے کی پیوند کاری کے بعد پیچیدگیاں: ایک پائلٹ مطالعہ۔ٹرانسپلانٹیشن(2014) 98(7):697–705۔ doi:10.1097/ TP.0000000000000370

19. رانی اے، رنجن آر، میک جی ایچ ایس، میٹوالی اے، ہجیری زیڈ، برینن ڈی سی، وغیرہ۔ کڈنی ٹرانسپلانٹ کے مریضوں میں ایک متنوع وائرس مختلف پولیمورفزم کے ساتھ متعدد وائرل ذیلی قسموں پر مشتمل ہوتا ہے۔سائنس نمائندہ(2016) 6:33327۔ doi:10.1038/srep33327

20. Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. انسانی پیشاب وائروم پیشاب کی نالی کے انفیکشن سے وابستہ ہے۔سامنے والا مائکروبیول(2015) 6:14۔ doi:10.3389/fmicb.2015.00014