RNA کی ترتیب کی بنیاد پر گردے کی عمر بڑھنے میں LncRNA کے کردار کی پیش گوئی کریں۔

خلاصہ

پس منظر: طویل نان کوڈنگ RNAs (lncRNAs) جسمانی اور پیتھولوجیکل عمل میں شامل ہیں۔ تاہم، lncRNAs اور گردوں کی عمر بڑھنے کے درمیان تعلق پر کوئی مطالعہ نہیں کیا گیا ہے۔ نتائج: سب سے پہلے، ہم نے نوجوان (3-ماہ کے) اور بوڑھے (24-ماہ کے) C57BL/6J ماؤس گردوں کی ہسٹوپیتھولوجی کا جائزہ لیا۔ میسن ٹرائکروم سٹیننگ اور پی اے ایس سٹیننگ نے بیچوالا کولیجن جمع اور فبروسس، میسنجیئل میٹرکس کی توسیع، ایک موٹی تہہ خانے کی جھلی اوررینل بیچوالا فبروسسin old mouse kidneys. Senescence-associated β-galactosidase (SA-β-gal)-positive areas in the kidneys of old mice were significantly elevated compared to those of young mice. Then, we analyzed the differential expression of lncRNAs and mRNAs in the kidneys of young and old mouse kidneys by RNA-seq analysis. 42 known and 179 novel differentially expressed lncRNAs and 702 differential mRNAs were detected in the mouse kidney. Next, we focused on the differentially expressed mRNAs and lncRNAs by RNA-seq. GO and KEGG analyses were performed based on differentially expressed mRNAs between young and old mouse kidneys. Transregulation based on research and the correlation coefficient of mRNA-lncRNA were also calculated. The mRNA-lncRNA network was constructed by choosing a Spearman correlation coefficient>0.9 یا<-0.9. GO and KEGG pathway enrichment analyses revealed that differentially expressed mRNAs participated in aging-related pathways. A total of 10 lncRNAs and trans-regulated mRNAs were constructed. Finally, we validated the role of lncRNA Gm43360 by CCK-8, flow cytometry, western blot, and SA-β-gal staining. The expression level of Adra1a was positively correlated and Csnk1a1 was negatively correlated with lncRNA Gm43360. The cell counting kit-8 (CCK-8) results showed that lncRNA Gm43360 promoted cell viability. LncRNA Gm43360 increased the percentage of S-phase cells and decreased the percentage of G1-phase cells compared with the negative control. LncRNA Gm43360 decreased the expression of p53, p21 and SA-β-gal. Conclusions: lncRNA Gm43360 may play aگردے کی عمر بڑھنے میں حفاظتی کردار.

مطلوبہ الفاظ:lncRNA، گردے، عمر رسیدہ

گردے کے کام کے لیے 25% ایکیناکوسائیڈ اور 9% ایکٹیوسائیڈ کے ساتھ قدرتی آرگینک سیسٹانچ ایکسٹریکٹ حاصل کرنے کے لیے یہاں کلک کریں۔

Wecistanche کی معاون خدمت - چین میں سب سے بڑا cistanche برآمد کنندہ:

ای میل:wallence.suen@wecistanche.com

واٹس ایپ٪ 2ftel٪3a٪7b٪7b0٪7d٪7d

مزید تفصیلات کے لیے خریداری کریں:

https://www.xjcistanche.com٪2014-شاپ

پس منظر

اقوام متحدہ کے اعدادوشمار کے مطابق، پچھلے 200 سالوں میں زیادہ تر ترقی یافتہ ممالک میں اوسط انسانی متوقع عمر دوگنی ہو گئی ہے۔ لہذا، بزرگوں کے معیار زندگی کو کیسے بہتر بنایا جائے کا سوال صحت عامہ کا ایک بڑا مسئلہ بن گیا ہے [1، 2]۔ بڑھاپا ایک مسلسل اور بتدریج عمل ہے اور اسے عام طور پر کئی کے لیے ابتدائی جگہ کے طور پر پہچانا جاتا ہے۔پرانی بیماریاںسمیتقلبی نظام کی بیماری[3]، میٹابولک نظام کی خرابی [4]، کینسر [5، 6]، اور نیوروڈیجینریٹیو بیماری [7]۔ دیگلوومرولر فلٹریشن کی شرح(GFR) عمر بڑھنے کے ساتھ کم ہوتا ہے، گردے میٹابولک ٹاکسن کو سست رفتار سے پروسس کرتے ہیں، اور میٹابولک ٹاکسن کا جمع ہونا عمر بڑھنے کو تیز کرتا ہے [8، 9]۔ گردے کی عمر بڑھنے کے طریقہ کار کی کھوج اس کی موجودگی اور نشوونما میں تاخیر کے لیے بہت اہمیت کی حامل ہو گی۔گردوں کی عمر بڑھنے. اگرچہ گردوں کی عمر بڑھنے کے بارے میں بہت کم مطالعہ کیے گئے ہیں، لیکن گردوں کی عمر بڑھنے کے طریقہ کار کو سمجھنا اب بھی معنی خیز ہے۔

لانگ چین نان کوڈنگ RNAs (lncRNAs) لمبائی میں 200 سے زیادہ نیوکلیوٹائڈز ہیں۔ LncRNAs مقامی (cis) اور ڈسٹل (ٹرانس) میکانزم کے ذریعے ٹرانسکرپشن اور پوسٹ ٹرانسکرپشنل RNA پروسیسنگ، ترجمہ، DNA میتھیلیشن، اور کرومیٹن فن تعمیر کو منظم کرتے ہیں۔ یہ عام طور پر سمجھا جاتا ہے کہ وہ پروٹین کو انکوڈ نہیں کرتے ہیں لیکن مختلف میں شامل ہوسکتے ہیں۔حیاتیاتی ریگولیٹری افعال. لن نے تجویز کیا کہ lncRNA HOTAIR miR کو نشانہ بنا کر پارکنسنز کی بیماری کی نشوونما کو فروغ دیتا ہے-126 [10]۔ گو نے تجویز کیا کہ lncRNA EBF3-AS الزائمر کی بیماری میں نیورونل اپوپٹوس کو فروغ دیتا ہے [11]۔ جے ایکس پین نے تجویز کیا کہ lncRNA H19 atherosclerosis کے بڑھنے کو فروغ دیتا ہے۔ LncRNA H19 کو حال ہی میں MAPK اور NF-kB سگنلنگ پاتھ وے کو چالو کرنے اور ایتھروسکلروسیس [3] کی شمولیت میں اہم کردار ادا کرنے کی اطلاع ملی ہے۔ lncRNAs ذیابیطس نیفروپیتھی [12]، گلومیرولر بیماری [13]، اور رینل فبروسس [14] کے بڑھنے میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ lncRNA Arid-IR NLRC5 ٹرانسکرپشن کو نشانہ بنا کر NF-kB ثالثی گردے کی سوزش کو فروغ دیتا ہے [15]۔ عمر بڑھنے کے دوران سیل سائیکل تبدیل ہوتا ہے۔ پچھلے مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ lncRNAs سیل کے پھیلاؤ سے متعلق ہیں اور سیل سائیکل کی ترقی سے قریبی تعلق رکھتے ہیں۔ LncRNA ANRIL سیل سائیکل گرفتاری کو کم کرکے عروقی ہموار پٹھوں کے خلیوں کے سنسنی کو روکتا ہے [16]۔ lncRNA CASC11 سیل سائیکل کے عمل کو تیز کرکے گیسٹرک کینسر سیل اپوپٹوس کو فروغ دے سکتا ہے [17]۔ گردے کی عمر بڑھنے میں lncRNAs کا مطالعہ ابھی بھی ابتدائی دور میں ہے، اور ہم نے پوچھا کہ کیا lncRNAs گردے کی عمر بڑھنے کے عمل کو منظم کر سکتے ہیں۔

اس مطالعہ میں، ہم نے مختلف عمروں کے ماؤس گردوں کے درمیان lncRNAs کے اظہار کی تبدیلیوں کی تحقیقات کرنا تھا اور گردوں کی عمر بڑھنے میں lncRNA کے کردار کو روشن کرنے کے لیے ایک lncRNA-mRNA coexpression نیٹ ورک بنایا تھا۔ ہماری تلاشیں lncRNA-mRNA سابق صحت سے متعلق نیٹ ورک کے ممکنہ کردار کو سمجھنے کے لیے نئے ثبوت فراہم کرتی ہیں۔گردوں کی عمر بڑھنے کے روگجنن.

نتائج

جب تک کہ دوسری صورت میں بیان نہ کیا گیا ہو، ہم نے طالب علم کے ٹی ٹیسٹ کا استعمال کرتے ہوئے تمام شماریاتی موازنہ انجام دیے۔

ماؤس کڈنی پیتھالوجیاور SA-gal staining Renal histopathology کی جانچ PAS سٹیننگ اور میسن ٹرائیکروم سٹیننگ (تصویر 1) کے ذریعے کی گئی۔ پرانے ماؤس کے گردے میں نیلے رنگ کے داغ والے حصے نے بیچوالا فبروسس اور کولیجن جمع ہونے کی نشاندہی کی (تصویر 1a)، اور فبروسس اسکور میں اضافہ ہوا (P<0.05) (Fig. 1b). Old mouse kidneys exhibited thicker glomerular basement membranes, mesangial matrix expansion, and renal interstitial fibrosis by PAS staining (Fig. 1c). SA-β-gal-positive areas in the kidneys of old mice were significantly elevated compared to those in the kidneys of young mice (P<0.05) (Fig. 1d-e). These results indicated that aging leads to the aggravation of renal fibrosis.

نوجوان اور بوڑھے چوہوں کے گردے کے درمیان lncRNAs اور mRNAs کا امتیازی اظہار عمر رسیدہ چوہوں میں RNAs کے طریقہ کار کا تعین کرنے کے لیے، ہم نے RNA کی ترتیب کے ذریعے مختلف عمروں کے C57BL/6J چوہوں کے گردوں میں lncRNA اور mRNA اظہار کا تجزیہ کیا۔ مجموعی طور پر 79,320 mRNA ٹرانسکرپٹس، 10,662 معروف lncRNA ٹرانسکرپٹس، اور 11,412 ناول lncRNA ٹرانسکرپٹس کو ترتیب کے ذریعے دریافت کیا گیا۔ ماؤس کے گردے میں کل 42 معروف اور 179 ناولوں کا فرق lncRNAs اور 702 تفریق mRNAs کا اظہار کیا گیا تھا۔ ہسٹوگرام اور آتش فشاں پلاٹ سے پتہ چلتا ہے کہ پرانے ماؤس کے گردے میں 347 اپریگولیٹڈ mRNA ٹرانسکرپٹس اور 355 ڈاؤن ریگولیٹڈ mRNA ٹرانسکرپٹس تھے اور 130 اپ ریگولیٹڈ lncRNA ٹرانسکرپٹس اور 91 نیچے ریگولیٹڈ lncRNA ٹرانسکرپٹس تھے۔پرانے ماؤس گردے(تصویر 2)۔

عمر بڑھنے سے متعلق امتیازی طور پر اظہار کردہ mRNAs

گردوں کی عمر بڑھنے کے عمل میں mRNAs کے کردار کو مزید دریافت کرنے کے لیے، GO اور KEGG کے تجزیے mRNAs پر کیے گئے جن کا اظہار ماؤس کے گردے (تصویر 3) میں کیا گیا تھا۔ GO افزودگی کے تجزیے سے پتہ چلتا ہے کہ امتیازی طور پر ظاہر کیے گئے mRNAs کو حیاتیاتی عمل میں افزودہ کیا گیا تھا (مثال کے طور پر، فاسفوریلیشن، آکسیڈیشن – کمی کا عمل)، سالماتی افعال (پروٹین بائنڈنگ، میٹل آئن بائنڈنگ) اور سیلولر اجزاء (مثلا، جھلی، سائٹوپلازم) (تصویر 3a)۔ KEGG پاتھ وے کی افزودگی کے تجزیے سے یہ بات سامنے آئی ہے کہ عمر سے متعلقہ راستے جیسے کہ آکسیڈیٹیو فاسفوریلیشن، AMPK سگنلنگ پاتھ وے، Wnt سگنلنگ پاتھ وے، Rap1 سگنلنگ پاتھ وے، اور عمر سے متعلقہ بیماری (تصویر 3b) میں امتیازی طور پر اظہار شدہ mRNAs نے حصہ لیا۔ ہیٹ میپ کے تجزیے (تصویر 3 سی) میں واضح طور پر ظاہر کردہ ایم آر این اے شامل تھے۔

mRNA‑lncRNA coexpression نیٹ ورک اور lncRNAs کی qRT–PCR تصدیق

We observed the potential trans-regulated target genes of lncRNAs using RIsearch analysis. A total of 22,917 pairs were obtained between mRNAs and lncRNA transcripts based on trans energy >-70. Then, we choose the pairs with Spearman correlation coefcients>0.9 یا<-0.9 between mRNA-lncRNA based on the RNA expression levels, including a total of 11 mRNAs and 28 lncRNA transcripts (Fig. 4a). Ten, 5 known lncRNAs and 5 novel lncRNAs in the mRNA-lncRNA expression network were selected to validate the accuracy and reliability of the RNA-seq data. The lncRNAs were described in the heatmap analysis. We designed appropriate primers and amplified lncRNAs. Similar to the RNA-seq data, the qRT–PCR results showed that 5 known lncRNA transcripts, ENSMUST00000145042, ENSMUST00000208671, ENSMUST00000220013, ENSMUST00000205549, and ENSMUST00000197656 (Gm43360), and 3 novel lncRNA transcripts, MSTRG.34276.1, MSTRG.39067.1, and MSTRG.3870.1, were consistent with the sequence data (Fig. 4b-c). In addition, the other two lncRNAs were consistent with the sequencing results, but the results were not statistically signifcant (Fig. 4c). In general, the qRT–PCR results were consistent with RNA-seq data.